| Fabrication and Use of the Dual-Flow-RootChip for the Imaging of Arabidopsis Roots in Asymmetric Microenvironments
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] This protocol provides a detailed description of how to fabricate and use the dual-flow-RootChip (dfRootChip), a novel microfluidic platform for investigating root nutrition, root-microbe interactions and signaling and development in controlled asymmetric conditions. The dfRootChip was developed primarily to investigate how plants roots interact with their environment by simulating environmental heterogeneity. The goal of this protocol is to provide a detailed resource for researchers in the biological sciences wishing to employ the dfRootChip in particular, or microfluidic devices in general, in their laboratory.
[摘要] 该协议提供了如何制造和使用双流RootChip（dfRootChip）的详细描述，这是一种新型微流体平台，用于研究根管营养，根 - 微生物相互作用以及受控不对称条件下的信号传导和发育。 dfRootChip的开发主要是为了研究植物根系如何通过模拟环境异质性与环境相互作用。 该协议的目标是为希望在其实验室中特别使用dfRootChip或一般微流体装置的生物科学研究人员提供详细资源。
【背景】地下条件是高度异质和动态的，因此植物根部暴露于各种刺激，因此必须适应这种复杂的环境。尽管这些发展适应的重要性，但潜在的机制仍有待阐明。微流体装置已被证明可用于在受控的微环境中培养标本，并有助于从亚细胞到有机物水平的动态过程的实时成像（Crane 等人，，2010）。由于微流体可以以受控方式操纵小流体体积，以高通量进行实验，提取定量信息并进行延时测量，微流体装置已经进入了有机体研究。对于模式植物拟南芥，已经开发了一系列微流体装置，能够在根发育过程中监测基因表达（Busch et al。，2012），信号事件（Keinath et al。，2015）和基于传感器的营养摄取成像（Grossmann et al。，2011; Lanquar et al。， 2014）。此外，使用微流体平台的最新进展包括高分辨率表型分析（Jiang et al。，2014; Xing ...
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| Identifying Protein Interactions with Histone Peptides Using Bio-layer Interferometry
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Histone post-translational modifications (PTMs) regulate numerous cellular processes, including gene transcription, cell division, and DNA damage repair. Most histone PTMs affect the recruitment or exclusion of reader proteins from chromatin. Here, we present a protocol to measure affinity and interaction kinetics between histone peptides and the recombinant protein using Bio-layer interferometry.
[摘要] 组蛋白翻译后修饰（PTM）调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复。 大多数组蛋白PTM影响从染色质中募集或排除读取蛋白。 在这里，我们提出了一个协议，使用生物层干涉测量法测量组蛋白肽和重组蛋白之间的亲和力和相互作用动力学。
【背景】真核染色质结构大致分为常染色质和异染色质（Cheung和Lau，2005），异染色质结构根据组蛋白翻译后修饰（PTM）的组合进一步细分。这些PTM不仅改变染色质构象，还在基因表达和蛋白质募集中建立直接调节作用（Felsenfeld和Groudine，2003; Allshire和Madhani，2017）。组蛋白PTM的无数组合 - 包括乙酰化，磷酸化，甲基化，泛素化，生物素化，SUMO化和脯氨酸异构化，统称为“组蛋白标记” - 可以被发现，特别是在从核小体核心突出的非结构化N末端尾部（ Guetg和Santoro，2012）。这些PTM通过不同“读者”或效应蛋白的活动调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复（Suganuma和Workman，2011）（Musselman et al。， 2012）。因此，已经做出很大努力来识别读者的组蛋白修饰。
使用常规方法（例如，表面等离子体共振[SPR]和SPR成像[SPRi]生物传感器）研究读取蛋白与其靶蛋白PTM之间的相互作用通常需要大量底物或复杂的多步实验方法并且由于各种方法特定的限制而变得复杂。这些问题排除了量化相互作用强度的简便性和准确性（Phizicky和Fields，1995; ...
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| High-throughput Microscopic Analysis of Salmonella Invasion of Host Cells
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Salmonella is a Gram-negative bacterium causing a gastro-enteric disease called salmonellosis. During the first phase of infection, Salmonella uses its flagella to swim near the surface of the epithelial cells and to target specific site of infection. In order to study the selection criteria that determine which host cells are targeted by the pathogen, and to analyze the relation between infecting Salmonella (i.e., cooperation or competition), we have established a high-throughput microscopic assay of HeLa cells sequentially infected with fluorescent bacteria. Using an automated pipeline of image analysis, we quantitatively characterized a multitude of parameters of infected and non-infected cells. Based on this, we established a predictive model that ...
[摘要] 沙门氏菌是革兰氏阴性细菌，引起称为沙门氏菌病的胃肠疾病。在感染的第一阶段，沙门氏菌使用其鞭毛在上皮细胞表面附近游泳并靶向特定的感染部位。为了研究确定哪种宿主细胞被病原体靶向的选择标准，并分析感染沙门氏菌（ ie ，合作或竞争）之间的关系，我们有建立了对荧光细菌依次感染的HeLa细胞的高通量显微镜检测。使用自动化图像分析管道，我们定量表征了感染和未感染细胞的众多参数。基于此，我们建立了一个预测模型，使我们能够识别宿主细胞易受感染的参数。我们发现宿主细胞易损性有两个来源：病原体诱导的细胞易感性从沙门氏菌摄取中出现并持续存在于感染过程的后期阶段;以及与细胞固有属性相关的宿主细胞固有的脆弱性，例如局部细胞拥挤和胆固醇含量。我们的方法基于形态学或分子宿主细胞参数预测单层上皮细胞中沙门氏菌感染的概率。在这里，我们提供了工作流程的详细描述，包括基于计算机的分析管道。我们的方法有可能应用于研究宿主 - 病原体相互作用的其他组合。
【背景】鼠伤寒沙门氏菌血清型鼠伤寒沙门氏菌通过摄入受污染的食物或水感染宿主，引起沙门氏菌病。一旦细菌到达肠道的远端回肠，它们就会侵入广泛的宿主细胞，包括肠上皮细胞（Watson和Holden，2010）。在宿主细胞入侵的第一阶段，沙门氏菌选择其目标，使用其鞭毛游泳并扫描上皮表面（Misselwitz et ...
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