| Reduced Representation Bisulfite Sequencing in Maize
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] DNA methylation is an epigenetic modification that regulates plant development (Law and Jacobsen, 2010). Whole genome bisulfite sequencing (WGBS) is a state-of-the-art method for profiling genome-wide methylation patterns with single-base resolution (Cokus et al., 2008). However, for an organism with a large genome, e.g., the 2.1 Gb genome of maize, WGBS may be very expensive. Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) has been developed in mammalian studies (Smith et al., 2009). By digesting the genome with MspI with a size selection range of approximately 40-220 bp, CG-rich regions covering only ~1% of the human genome can be specifically sequenced. However, unlike mammalian genomes, plant genomes do not exhibit clear CpG islands. Therefore ...
[摘要] DNA甲基化是调节植物发育的表观遗传修饰（Law and Jacobsen，2010）。全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）是用单碱基分辨率分析全基因组甲基化模式的最先进的方法（Cokus et al。，2008）。然而，对于具有大基因组的生物体，例如玉米的2.1Gb基因组，WGBS可能非常昂贵。代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）已经在哺乳动物研究中发展（Smith等人，2009）。通过用大小选择范围大约40-220bp的 Msp 消化基因组，可以对仅涵盖〜1％人类基因组的CG富含区域进行特异性测序。然而，与哺乳动物基因组不同，植物基因组不显示清楚的CpG岛。因此原来的RRBS协议不适用于工厂。因此，我们开发了一种计算机管道来选择特定的酶以生成感兴趣区域（ROI） - 富集的，例如，富含启动子的，减少的植物表达基因组（例如， Hsu et al。，2017）。通过用MseI消化玉米基因组并选择40-300bp片段，我们测序了大约四分之一的玉米基因组，同时保留了84.3％的启动子信息。该协议已在玉米中成功建立，可广泛应用于任何基因组。我们的计算机管道系统与RRBS文库制备方案相结合，允许进行计算分析和实验验证。
【背景】DNA甲基化是一种可遗传的表观遗传修饰，通过调节基因表达和染色质结构在动物，植物和真菌的许多发育过程中发挥重要作用（Law and ...
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| Extraction of DNA from Murine Fecal Pellets for Downstream Phylogenetic Microbiota Analysis by Next-generation Sequencing
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Mouse models are widely used to evaluate the potential impact of the gut microbial composition on health and disease. Standardized protocols for sampling and storing murine feces, as well as for extracting DNA from these fecal pellets are needed to limit experimental variation between different studies. Both efficient lysis of the microbiota and the quality of the obtained fecal DNA are important for allowing the downstream next-generation sequencing to cover the phylogenetic diversity of both Gram-negative and Gram-positive bacteria living in the mouse gut. Here we present a detailed protocol for fecal sample collection and DNA extraction that we validated in a study on the impact of inflammasomes on the murine gut microbiota. This protocol for DNA extraction from murine fecal pellets ...
[摘要] 小鼠模型被广泛用于评估良好的微生物组成对健康和疾病的潜在影响。 为了限制不同研究之间的实验差异，需要用于取样和储存鼠粪的标准化方案，以及从这些粪便颗粒中提取DNA。 微生物群的有效裂解和产生的粪便DNA对于允许下游的下一代测序覆盖革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的系统发育多样性是重要的。 在这里，我们提出了一个详细的粪便样本采集和DNA提取方案，我们在炎症小鼠对小鼠肠道微生物群的影响的研究中进行了验证。 这种从鼠粪球中提取DNA的方案利用了机械和化学溶解的组合，这与最近推荐的用于从人类粪便中提取DNA的基准方案一致。
【背景】限制实验室内部和实验室之间的技术变化对于再现性是必要的，因此也是实验研究的科学进步所必需的。在扩大的肠道微生物群研究群体中，使用了大量的方法来描述肠道生态系统的系统发育成分。微生物学分析过程中的每个步骤都受到技术变化的影响。例如，来自鼠粪便的DNA据报道在同一实验室中获得的结果有多重差异（Ferrand等，2014）。因此，有必要对多个不同研究进行荟萃分析。
为了分析人类粪便微生物研究人员组成的大型国际财团日前相比，在几个独立的实验室以及微生物分析流水线的每一个步骤的许多技术方法的效果（科斯泰亚的等的，2017年） ...
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| Tumorigenicity Assay in Nude Mice
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Author:
Date:
2017-07-05
[Abstract] Tumorigenicity refers to the ability of cultured cells to develop viable tumors in immune-deficient animals. The goal of this protocol is to illustrate tumorigenicity assay by subcutaneous tumor-cell-transplantation in nude mice. Target cells are transplanted to 6-week-old nude mice subcutaneously and the tumor growth is monitored over a period of observation or treatment. When tumor grows to a pre-determined size or by the end of the limited period, the nude mice will be euthanatized and the xenograft will be removed for further examination.
[摘要] 致瘤性是指培养的细胞在免疫缺陷型动物中发展活肿瘤的能力。 该方案的目的是通过裸鼠皮下肿瘤细胞移植来说明致瘤性测定。 将靶细胞皮下移植到6周龄的裸鼠中，并在观察或治疗期间监测肿瘤生长。 当肿瘤生长至预定大小或在有限期结束时，裸鼠将被安乐死，异种移植物将被去除以进一步检查。
【背景】肿瘤发病率高，死亡率高，是导致死亡的主要原因之一，也是一个重大的公共卫生问题。 每年进行广泛的研究，以探索肿瘤发病机制和抗肿瘤治疗。 在癌症研究的过程中，裸鼠中的致瘤性测定是用于监测体内肿瘤生长的广泛使用的实验（Giovanella et al。，1974）。 用于致瘤性测定的最常用的动物系统是无胸腺裸鼠（Petricciani等人，1973），其中恶性细胞可以皮下或肾下 - 荚膜移植（van Meir，1997）。 对于具有相对低致瘤性能力的细胞，通过照射（30-60Gy）或植入Matrigel（Pretlow等人，1991）可以提高摄取率。 致瘤性测定提供了产生人细胞衍生的肿瘤组织用于测量肿瘤细胞恶性肿瘤和评价抗肿瘤药物功效的方法。
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