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Date:
2017-06-20
[Abstract] Genomic sequencing efforts can implicate large numbers of genes and de novo mutations as potential disease risk factors. A high throughput in vivo model system to validate candidate gene association with pathology is therefore useful. We present such a system employing Drosophila to validate candidate congenital heart disease (CHD) genes. The protocols exploit comprehensive libraries of UAS-GeneX-RNAi fly strains that when crossed into a 4XHand-Gal4 genetic background afford highly efficient cardiac-specific knockdown of endogenous fly orthologs of human genes. A panel of quantitative assays evaluates phenotypic severity across multiple cardiac parameters. These include developmental lethality, larva and adult heart morphology, and adult longevity. These ...
[摘要] 基因组测序工作可能涉及大量基因和从头突变作为潜在的疾病风险因素。 因此，用于验证候选基因与病理学关联的高通量体内模型系统是有用的。 我们提出了使用果蝇来验证候选先天性心脏病（CHD）基因的这种系统。 这些方案利用了UAS-GeneX-RNAi飞行菌株的综合文库，当跨越4XHand-Gal4遗传背景时，提供了人类基因内源性直向同源物的高效心脏特异性敲低。 一组定量测定评估多种心脏参数的表型严重程度。 这些包括发育致死率，幼虫和成人心脏形态以及成年人的长寿。 这些方案最近被用于评估患者全外显子测序所涉及的100多个候选CHD基因（Zhu等，2017）。
【背景】（Bier和Bodmer，2004; Cagan，2011; Zhang et al。，2013; Owusu-Ansah和Perrimon，2014; Diop和Bodmer，2015; Na et al。等等，2015），75％的人类疾病相关基因由飞行基因组中的功能同系物表示（Reiter et al。，2001）。尽管将果蝇发育表型直接与患者症状联系起来是一个挑战，果蝇可以作为一个非常复杂和有效的平台来测试和验证候选疾病基因功能在开发中，这可以很容易地扩大到评估大量的候选基因从患者基因组测序工作中确定。基于进化保守的心脏发育遗传机制，果蝇已被用于研究与冠心病相关20多年的基因（Bier和Bodmer，2004; ...
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