Drosophila Fecal Sampling
|
Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Fecal sampling is a non-invasive method which raises the possibility to study the development and the changes in the microbial community throughout different time points of a fly population or throughout different treatments. This method allows precise manipulation to trigger the fly’s physiology by nutritional interventions, bacterial infections or other stressors.
As in most other animals, the intestinal microbiota is essential for a healthy fly-life. Because Drosophila only harbors a relative simple bacterial community with a small variety of round about 8 to 10 different species, it is rather easy to build up the microbial community and to investigate microbial changes after treatment.
Another positive effect using the fly’s feces is that bacteria that ...
[摘要] 粪便取样是一种非侵入性方法,提高了在飞行群体的不同时间点或整个不同处理过程中研究微生物群落的发展和变化的可能性。这种方法允许精确的操纵通过营养干预,细菌感染或其他压力源触发苍蝇的生理学。 与大多数其他动物一样,肠道微生物群对健康的飞行生命至关重要。因为果蝇只拥有一个相对简单的细菌群落,有大约8到10个不同种类的小种,很容易建立微生物群落,并在处理后调查微生物的变化。 使用蝇的粪便的另一个积极作用是不是肠微生物群的一部分的细菌,例如Wolbachia,可以直接从分析中排除,因为它们不会排泄。 使用这种方法,生成的数据集可能反映了在简单飞行模型中研究微生物组织相关疾病的一个很好的范例,此外,可以以高通量方法测试药物。
|
|
Tagged Highly Degenerate Primer (THDP)-PCR for Community Analysis of Methane- and Ammonia-oxidizing Bacteria Based on Copper-containing Membrane-bound Monooxygenases (CuMMO)
|
Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] We describe a two-step PCR strategy using tagged highly degenerate primer (THDP-PCR) targeting copper-containing membrane-bound monooxygenases (CuMMO) genes for community analysis of methane- or ammonia-oxidizing bacteria. This strategy consists of a primary CuMMO gene-specific PCR followed by a secondary PCR with a tag as a single primer. This strategy remarkably increases the divergence of CuMMO gene amplicons while maintaining PCR efficiency without obvious amplification bias. This THDP-PCR strategy can be extended to other functional gene-based community analysis with design of new highly degenerate primer covering target functional gene sequences.
[摘要] 我们描述了使用标记的高度简并引物(THDP-PCR)的靶向含铜膜结合单加氧酶(CuMMO)基因进行甲烷或氨氧化细菌的社区分析的两步PCR策略。 该策略由初级CuMMO基因特异性PCR组成,随后是标签作为单一引物的二次PCR。 这种策略显着增加了CuMMO基因扩增子的分歧,同时保持了PCR效率,而没有明显的放大偏差。 这种THDP-PCR策略可以扩展到其他基于功能的基于基因的社区分析,并设计了覆盖目标功能基因序列的新的高度简并引物。 【背景】CuMMO超家族中的基因类型是不同的,现有的引物组只能覆盖一些CuMMO类型(Tuomivirta等,2009)。 为了覆盖CuMMO超家族中不同类型的基因,高度退化的引物是不可避免的,但是当应用于环境样品时,使用高度简并引物的以前策略具有局限性,如低PCR效率或非特异性扩增(Ledeker和De Long,2013)。 我们最近采用了两步PCR PCR方法,标记的高度简并引物,命名为THDP-PCR,扩增了CuMMO家族中广泛的基因,其PCR效率令人满意,没有明显的放大偏差(Wang et al。,2017)。
|
|