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Company: Thermo Fisher Scientific
Catalog#: 3521-HR
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Tagged Highly Degenerate Primer (THDP)-PCR for Community Analysis of Methane- and Ammonia-oxidizing Bacteria Based on Copper-containing Membrane-bound Monooxygenases (CuMMO)
Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract]  We describe a two-step PCR strategy using tagged highly degenerate primer (THDP-PCR) targeting copper-containing membrane-bound monooxygenases (CuMMO) genes for community analysis of methane- or ammonia-oxidizing bacteria. This strategy consists of a primary CuMMO gene-specific PCR followed by a secondary PCR with a tag as a single primer. This strategy remarkably increases the divergence of CuMMO gene amplicons while maintaining PCR efficiency without obvious amplification bias. This THDP-PCR strategy can be extended to other functional gene-based community analysis with design of new highly degenerate primer covering target functional gene sequences. [摘要]  我们描述了使用标记的高度简并引物(THDP-PCR)的靶向含铜膜结合单加氧酶(CuMMO)基因进行甲烷或氨氧化细菌的社区分析的两步PCR策略。 该策略由初级CuMMO基因特异性PCR组成,随后是标签作为单一引物的二次PCR。 这种策略显着增加了CuMMO基因扩增子的分歧,同时保持了PCR效率,而没有明显的放大偏差。 这种THDP-PCR策略可以扩展到其他基于功能的基于基因的社区分析,并设计了覆盖目标功能基因序列的新的高度简并引物。
【背景】CuMMO超家族中的基因类型是不同的,现有的引物组只能覆盖一些CuMMO类型(Tuomivirta等,2009)。 为了覆盖CuMMO超家族中不同类型的基因,高度退化的引物是不可避免的,但是当应用于环境样品时,使用高度简并引物的以前策略具有局限性,如低PCR效率或非特异性扩增(Ledeker和De Long,2013)。 我们最近采用了两步PCR PCR方法,标记的高度简并引物,命名为THDP-PCR,扩增了CuMMO家族中广泛的基因,其PCR效率令人满意,没有明显的放大偏差(Wang et al。,2017)。

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