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QubitTM Assay Tubes

Company: Thermo Fisher Scientific
Catalog#: Q32856
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to manipulate root-associated microbiota for increased crop productivity. Due to the reduced cost and increasing throughput of next-generation sequencing, major advances in deciphering these communities ... [摘要]  植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落,即与根系相邻的土壤中的微生物群落,每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞(Raynaud和Nunan,2014),并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面(根毛菌)和根内部(内生孢子)定居,与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量,因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里,我们首先提出一个协议,用于解剖来自各种根室的微生物群,这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后,我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。

【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落(微生物群落)(Bulgarelli et al。,2012; Lundberg等人,2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人,2015年; Wagner等人,2016年)。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力,因此可能以不同方式影响宿主植物的健康(Finkel等人,2017)。可以通过使用16S ...

Isolation of Commensal Escherichia coli Strains from Feces of Healthy Laboratory Mice or Rats
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract]  The colonization abundance of commensal E. coli in the gastrointestinal tract of healthy laboratory mice and rats ranges from 104 to 106 CFU/g feces. Although very well characterized, the family that E. coli belongs to has a very homogeneous 16S rRNA gene sequence, making the identification from 16S rRNA sequencing difficult. This protocol provides a procedure of isolating and identifying commensal E. coli strains from a healthy laboratory mouse or rat feces. The method can be applied to isolate commensal E. coli from other laboratory rodent strains. [摘要]  共生E的殖民丰度。 大肠杆菌在健康实验小鼠和大鼠的胃肠道中的范围为10 4至10 6 CFU / g粪便。 虽然描述得非常好,但那个家族就是这样的。 大肠杆菌属于具有非常均一的16S rRNA基因序列,使得从16S rRNA测序鉴定困难。 该协议提供了分离和识别共生E的程序。 来自健康实验室小鼠或大鼠粪便的大肠杆菌菌株。 该方法可以应用于隔离共生电子。 来自其他实验室啮齿类动物的大肠杆菌。

【背景】大肠杆菌是革兰氏阴性兼性厌氧菌,其仅构成脊椎动物肠道微生物群的一小部分,但在微生物相互作用,免疫调节和代谢功能中起关键作用(Tenaillon等人。,2010)。作为最好的模式微生物之一,共生E。已经越来越多地研究大肠杆菌菌株以揭示肠道共生微生物适应独特生态位并影响宿主生理机制。然而,不同菌株之间的高度同源性在共生E的鉴定和表征上提出了困难。基于16S rRNA测序方法的大肠杆菌。由于新一代测序技术的发展和全基因组的大规模分析,我们能够识别共生E。根据基因组中毒力基因的存在,分离自不同宿主的胃肠道的大肠杆菌菌株。在这个协议中,我们展示了一种分离和识别共生E的方法。使用选择性培养基和全基因组测序从实验室小鼠或大鼠获得大肠杆菌菌株。但是,应该指出的是,共生E的存在。大肠杆菌在实验室动物中取决于设施的供应商和环境条件。

Adapting the Smart-seq2 Protocol for Robust Single Worm RNA-seq
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  Most nematodes are small worms that lack enough RNA for regular RNA-seq protocols without pooling hundred to thousand of individuals. We have adapted the Smart-seq2 protocol in order to sequence the transcriptome of an individual worm. While developed for individual Steinernema carpocapsae and Caenorhabditis elegans larvae as well as embryos, the protocol should be adaptable for other nematode species and small invertebrates. In addition, we describe how to analyze the RNA-seq results using the Galaxy online environment. We expect that this method will be useful for the studying gene expression variances of individual nematodes in wild type and mutant backgrounds. [摘要]  大多数线虫是小蠕虫,缺乏足够的RNA用于常规的RNA-seq协议,而没有汇集成千上万的个体。 我们已经调整了Smart-seq2协议来排序单个蠕虫的转录组。 虽然针对Steinernema carpocapsae和Caenorhabditis elegans幼虫以及胚胎开发,但该方案应该适用于其他线虫物种和小无脊椎动物。 另外,我们介绍如何使用Galaxy在线环境分析RNA-seq结果。 我们预计这种方法将有助于研究野生型和突变体背景个体线虫的基因表达差异。

【背景】低输入RNA-seq方案和扩增试剂盒,例如Smart-seq(Takara Bio,USA,Inc)和SuperAmp(Miltenyl Biotec,Inc),已经越来越多地开发和商业化,作为对低输入RNA-基于小组织,单一微生物和单细胞的seq研究。这些研究经常探索并解决特定群体(例如细胞群体,复杂组织或微生物群体)的个体中的异源基因表达。针对微生物(如线虫)的低输入RNA-seq方案的改进和适应将通过允许在单一线虫水平上分析基因表达异质性而极大地有益于线虫领域。在这里,我们已经调整了单细胞RNA-seq方案Smart-seq2(Picelli等人,2013和2014; Trombetta等人,2014),对于单线虫RNA测序。我们成功地在昆虫寄生线虫Steinernema ...

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