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QubitTM Assay Tubes

Company: Thermo Fisher Scientific
Catalog#: Q32856
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Long-term in vitro Culture of Cryptosporidium parvum
Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract]  Continuous in vitro growth of Cryptosporidium parvum has proved difficult and conventional in vitro culture techniques result in short-term (2-5 days) growth of the parasite resulting in thin-walled oocysts that fail to propagate using in vitro cultures, and do not produce an active infection using immunosuppressed or immunodeficient mouse models (Arrowood, 2002). Here we describe the use of hollow fiber bioreactors (HFB) that simulate in vivo conditions by providing oxygen and nutrients to host intestinal cells from the basal surface and permit the establishment of a low redox, high nutrient environment on the apical surface. When inoculated with 105 C. parvum (Iowa isolate) oocysts the bioreactor produced 108 ... [摘要]  Cryptosporidium parvum 的连续体外生长已证明是困难的,并且常规体外培养技术导致短期(2-5天)生长寄生虫导致薄壁卵囊不能使用体外培养物繁殖,并且不使用免疫抑制或免疫缺陷小鼠模型产生活跃感染(Arrowood,2002)。在这里,我们描述了中空纤维生物反应器(HFB)的使用,通过提供氧气和营养物质从基础表面宿主肠细胞模拟体内条件,并允许建立低氧化还原,高营养环境顶面。当接种10 5 C时。 parvum (爱荷华州分离物)卵囊生物反应器在14天后每ml产生10个 8 卵囊(20ml额外毛细血管体积),并保持2年以上。使用TCR-α免疫缺陷小鼠模型的体内感染性研究显示,在6,12和18个月时从生物反应器产生的卵囊与用于启动培养的亲本Iowa分离物无法区分。 HFB产生的卵囊具有与亲本爱荷华分离物类似的百分比分析。

【背景】 Cryptosporidium parvum 是人和其他哺乳动物肠道的细胞内专性寄生虫,导致急性腹泻。该疾病在免疫功能正常的个体中是自限性的,然而,在免疫功能低下的成人和幼儿中,该疾病可能危及生命(Kotloff,2017)。它是经济资源低的国家中三种被诊断出的儿童肠道疾病之一(Kotloff et al。,2013; Sow et ...

Extraction and 16S rRNA Sequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Plant roots associate with a wide diversity of bacteria and archaea across the root-soil spectrum. The rhizosphere microbiota, the communities of microbes in the soil adjacent to the root, can contain up to 10 billion bacterial cells per gram of soil (Raynaud and Nunan, 2014) and can play important roles for the fitness of the host plant. Subsets of the rhizospheric microbiota can colonize the root surface (rhizoplane) and the root interior (endosphere), forming an intimate relationship with the host plant. Compositional analysis of these communities is important to develop tools in order to manipulate root-associated microbiota for increased crop productivity. Due to the reduced cost and increasing throughput of next-generation sequencing, major advances in deciphering these communities ... [摘要]  植物根系与根 - 土壤谱中的各种细菌和古细菌相关联。根际微生物群落,即与根系相邻的土壤中的微生物群落,每克土壤可含有高达100亿个细菌细胞(Raynaud和Nunan,2014),并且可以在宿主植物的适应性方面发挥重要作用。根际微生物群的亚群可以在根表面(根毛菌)和根内部(内生孢子)定居,与寄主植物形成密切关系。这些群落的成分分析对于开发工具以操纵根系相关微生物群以提高作物生产力非常重要。由于降低了成本并提高了下一代测序的通量,因此主要通过使用16S rRNA基因的扩增子测序来最终破解这些群落的主要进展。在这里,我们首先提出一个协议,用于解剖来自各种根室的微生物群,这些根室是以水稻为模型开发的。接下来我们介绍一种使用双指数方法扩增16S rRNA基因片段的方法。最后,我们提供了一个简单的工作流程来分析生成的测序数据以进行生态推理。

【背景】各种植物根生态位寄主于源自土壤的不同微生物群落(微生物群落)(Bulgarelli et al。,2012; Lundberg等人,2012; Edwards等人。2015年; Zarraonaindia等人,2015年; Wagner等人,2016年)。由每个根生态位获得的不同微生物群可能具有不同的代谢潜力,因此可能以不同方式影响宿主植物的健康(Finkel等人,2017)。可以通过使用16S ...

Isolation of Commensal Escherichia coli Strains from Feces of Healthy Laboratory Mice or Rats
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract]  The colonization abundance of commensal E. coli in the gastrointestinal tract of healthy laboratory mice and rats ranges from 104 to 106 CFU/g feces. Although very well characterized, the family that E. coli belongs to has a very homogeneous 16S rRNA gene sequence, making the identification from 16S rRNA sequencing difficult. This protocol provides a procedure of isolating and identifying commensal E. coli strains from a healthy laboratory mouse or rat feces. The method can be applied to isolate commensal E. coli from other laboratory rodent strains. [摘要]  共生E的殖民丰度。 大肠杆菌在健康实验小鼠和大鼠的胃肠道中的范围为10 4至10 6 CFU / g粪便。 虽然描述得非常好,但那个家族就是这样的。 大肠杆菌属于具有非常均一的16S rRNA基因序列,使得从16S rRNA测序鉴定困难。 该协议提供了分离和识别共生E的程序。 来自健康实验室小鼠或大鼠粪便的大肠杆菌菌株。 该方法可以应用于隔离共生电子。 来自其他实验室啮齿类动物的大肠杆菌。

【背景】大肠杆菌是革兰氏阴性兼性厌氧菌,其仅构成脊椎动物肠道微生物群的一小部分,但在微生物相互作用,免疫调节和代谢功能中起关键作用(Tenaillon等人。,2010)。作为最好的模式微生物之一,共生E。已经越来越多地研究大肠杆菌菌株以揭示肠道共生微生物适应独特生态位并影响宿主生理机制。然而,不同菌株之间的高度同源性在共生E的鉴定和表征上提出了困难。基于16S rRNA测序方法的大肠杆菌。由于新一代测序技术的发展和全基因组的大规模分析,我们能够识别共生E。根据基因组中毒力基因的存在,分离自不同宿主的胃肠道的大肠杆菌菌株。在这个协议中,我们展示了一种分离和识别共生E的方法。使用选择性培养基和全基因组测序从实验室小鼠或大鼠获得大肠杆菌菌株。但是,应该指出的是,共生E的存在。大肠杆菌在实验室动物中取决于设施的供应商和环境条件。

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