| Ex vivo Assessment of Mitochondrial Function in Human Peripheral Blood Mononuclear Cells Using XF Analyzer
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] Cellular health and function, as we know today, depend on a large extent on mitochondrial function. The essential function of mitochondria is the energy production, more precisely ATP production, via oxidative phosphorylation. Mitochondrial energy production parameters therefore represent important biomarkers. Studies on human cells have mainly been performed on in vitro cell cultures. However, peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) are particularly suitable for such examinations. That’s why this protocol describes a method to measure key parameters of mitochondrial function in freshly isolated PBMCs with the latest technology, the XF Analyzer. For this ex vivo approach PBMCs are first isolated out of human anticoagulated blood. Next, they are attached to the surface of special ...
[摘要] [摘要]正如我们今天所知，细胞的健康和功能在很大程度上取决于线粒体的功能。线粒体的基本功能是ENER GY生产，更精确的LY ATP生产，通过氧化磷酸化。因此，线粒体能量产生参数代表重要的生物标记。对人类细胞的研究主要是在体外细胞培养中进行的。然而，外周血单核细胞（PBMC）是特别升ý适于这样的检查。这就是为什么这个协议描述测量与最新的技术，新鲜分离的PBMC线粒体功能的关键参数的方法的XF分析。对于这个离体PBMC首先是从人抗凝血液中分离出来的。接下来，将它们附着到预先涂有Poly-D-Lysine的特殊微孔板的表面上。期间的氧消耗速率（OCR）以及细胞外酸化率（ECAR）的应力试剂寡，羰氰化物随后的测量4 - （三氟甲氧基）苯腙（FCCP），鱼藤酮和抗霉素A被注入。可以从获得的结果中计算出几个线粒体参数。该协议的应用允许分析对人体细胞的各种影响，例如药物或环境因素。
[背景]线粒体在维持正常细胞功能中起关键作用。现在众所周知，它们不仅通过氧化磷酸化产生ATP，而且还参与氨基酸，脂质和核苷酸的代谢，潜水信号转导和氧化还原过程以及质量控制和降解过程，包括线粒体和磷酸化。细胞凋亡（Pfanner等，2019）。然而，线粒体代表正常细胞中ATP合成的主要位点（Akbari等人，2019）。为此，通过多亚基酶复合物I – ...
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| In planta Transcriptome Analysis of Pseudomonas syringae
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2018-09-05
[Abstract] Profiling bacterial transcriptome in planta is challenging due to the low abundance of bacterial RNA in infected plant tissues. Here, we describe a protocol to profile transcriptome of a foliar bacterial pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, in the leaves of Arabidopsis thaliana at an early stage of infection using RNA sequencing (RNA-Seq). Bacterial cells are first physically isolated from infected leaves, followed by RNA extraction, plant rRNA depletion, cDNA library synthesis, and RNA-Seq. This protocol is likely applicable not only to the A. thaliana–P. syringae pathosystem but also to different plant-bacterial combinations.
[摘要] 由于受感染植物组织中细菌RNA的丰度低，因此在植物中分析细菌转录组具有挑战性。 在这里，我们描述了一个描述叶子细菌病原体转录组的协议， Pseudomonas syringae pv。 番茄 DC3000，在感染早期的拟南芥叶中使用RNA测序（RNA-Seq）。 首先从感染的叶子中物理分离细菌细胞，然后进行RNA提取，植物rRNA消耗，cDNA文库合成和RNA-Seq。 该协议不仅适用于 A.拟南芥-P。 syringae 病理系统，但也适用于不同的植物 - 细菌组合。
【背景】植物已经进化出先天免疫系统以抵御病原体攻击。在过去的几十年中，已经深入研究了病原体识别和免疫信号传导途径的分子机制。然而，植物免疫如何影响病原体代谢以抑制病原体生长几乎不被理解，因为在植物中分析病原体反应很困难。在细菌病原体的情况下，植物叶内的转录组分析很难研究，因为细菌mRNA的量远低于植物的数量;由于植物中细菌的人口密度低，在感染的早期阶段尤其具有挑战性。为克服这一局限性，我们建立了一种从感染的植物叶片中分离细菌并用RNA-Seq分析细菌转录组的方法。该方法已成功用于分析模型细菌病原体 Pseudomonas syringae pv的转录组。 番茄 DC3000在模式植物 Arabidopsis thaliana 中的各种条件下（Nobori et al。，2018）. ...
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| Radioactive Tracer Feeding Experiments and Product Analysis to Determine the Biosynthetic Capability of Comfrey (Symphytum officinale) Leaves for Pyrrolizidine Alkaloids
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2018-02-05
[Abstract] This protocol delivers a method to determine the biosynthetic capability of comfrey leaves for pyrrolizidine alkaloids independently from other organs like roots or flowers.
The protocol applies and combines radioactive tracer experiments with standard and modern techniques like thin layer chromatography (TLC), solid-phase extraction (SPE), high-performance liquid chromatography (HPLC) and gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS).
[摘要] 该协议提供了一种方法来确定紫草叶生物合成能力的吡咯烷生物碱独立于其他器官，如根或花。
该协议将放射性示踪剂实验与薄层色谱法，固相萃取法，高效液相色谱法和气相色谱 - 质谱法等标准和现代技术相结合。
【背景】据了解，紫草根能够合成吡咯里西啶生物碱（Frölichet al。，2007），生物合成的关键酶高胡亚素合成酶（HSS）定位于内皮细胞。 除了这个合成位点之外，还有一些暗示，即某个发育阶段的叶子也许能够产生吡咯里西啶生物碱（Niemüller等人，2012）。 因此，开发一种方案来确定紫草叶合成吡咯里西啶生物碱的生物合成能力，以独立于其他植物器官。
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