| Analysis of 3D Cellular Organization of Fixed Plant Tissues Using a User-guided Platform for Image Segmentation
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] The advent of non-invasive, high-resolution microscopy imaging techniques and computational pipelines for high-throughput image processing has contributed to gain insights in plant organ morphogenesis at the cellular level. Confocal scanning laser microscopy (CSLM) allows the generation of three dimensional images constituted of serial optical sections reporting on stained subcellular structures. Fluorescent labels of cell walls or cell membranes, either chemically or through reporter proteins, are particularly useful for the analyses of tissue organization and cellular shapes in 3D. Image segmentation based on cell boundary signals is used as an input to generate 3D-segments representing cells. These digitalized, 3D objects provide quantitative data on cell shape, size, geometry, ...
[摘要] 非侵入性，高分辨率显微镜成像技术和高通量图像处理计算管道的出现有助于在细胞水平上获得植物器官形态发生的见解。共焦扫描激光显微镜（CSLM）允许产生由串联光学部件组成的三维图像，其报告染色的亚细胞结构。细胞壁或细胞膜的化学或通过报告蛋白的荧光标记对于3D中组织组织和细胞形状的分析特别有用。基于单元边界信号的图像分割被用作生成表示单元的3D段的输入。如果使用其他记录器，这些数字化3D对象提供有关细胞形状，大小，几何形状，位置或（细胞间）强度信号的定量数据。在这里，我们报告使用微观数据的图像分割的详细的注释工作流程。我们在拟南芥胚珠原基发育过程中对组织图案进行了研究。使用修改的假希夫碘化丙啶（mPS-PI）协议将整个心皮染色为细胞边界，通过CSLM以高分辨率获得3D图像，使用ImarisCell对单个细胞类型进行分段和注释。这允许与组织动力学研究相关的细胞形状和细胞数量的定量分析。
【背景】植物器官和组织动力学研究依赖于沿着发育进程的三维生长过程的分析。细胞数量，细胞大小和细胞形态的演变允许分别解释增殖，细胞扩增和各向异性的事件（Roeder等，2011; Barbier de Reuille等，2015; Bassel和Smith，2016; Coen和Rebocho， ...
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| Single-molecule Analysis of DNA Replication Dynamics in Budding Yeast and Human Cells by DNA Combing
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] The DNA combing method allows the analysis of DNA replication at the level of individual DNA molecules stretched along silane-coated glass coverslips. Before DNA extraction, ongoing DNA synthesis is labeled with halogenated analogues of thymidine. Replication tracks are visualized by immunofluorescence using specific antibodies. Unlike biochemical and NGS-based methods, DNA combing provides unique information on cell-to-cell variations in DNA replication profiles, including initiation and elongation. Finally, this assay can be used to monitor the effect of DNA lesions on fork progression, arrest and restart.
[摘要] DNA梳理方法允许在沿着硅烷涂覆的玻璃盖玻片拉伸的单个DNA分子的水平上分析DNA复制。在DNA提取前，进行的DNA合成用胸苷的卤化类似物标记。使用特异性抗体通过免疫荧光可视化复制轨迹。与生物化学和基于NGS的方法不同，DNA梳理提供了DNA复制谱中细胞间细胞变化的独特信息，包括引发和延长。最后，该测定可用于监测DNA损伤对叉进展，停止和重新启动的影响。
背景 在称为复制起点的真核染色体上的数千个位点处启动DNA合成。原始激活遵循由检查点激酶和染色质的表观遗传修饰（Prioleau和MacAlpine，2016）控制的定义良好的复制计时程序。复制叉在正常S阶段经常停顿。叉停止是由多个事件引起的，例如DNA损伤，紧密结合的蛋白质复合物和高表达基因的转录（Tourriere和Pasero 2007; Zeman and Cimprich，2013）。真核生物已经制定了不同的策略来应对这种复制压力，包括修复机制来重新启动捕获的叉子和激活休眠复制起源以抢救终末抓捕的叉。
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