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Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract] Screening with CRISPR/Cas9 technology has already led to significant discoveries in the fields of cancer biology, cell biology and virology. Because of the relatively low false discovery rates and the ability to perform high-throughput, pooled approaches, it has rapidly become the assay of choice for screening studies, including whole-genome screens. Here, we describe a CRISPR screening protocol that allows for efficient screening of the entire life cycle of HIV-1 through packaging of the HIV-CRISPR lentiviral genomes by infecting HIV-1 virus in trans.
[摘要] [摘要 ] CRISPR / Cas9技术的筛选已经在癌症生物学，细胞生物学和病毒学领域引起了重大发现。由于相对较低的错误发现率和执行高通量，合并方法的能力，它发展迅速。成为筛选研究（包括全基因组筛选）的首选检测方法。在此，我们描述了一种CRISPR筛选方案，该方案可通过感染HIV-CRISPR慢病毒基因组来包装，从而有效筛选HIV-1的整个生命周期。病毒1 在 跨。
[背景] 遗传筛选是鉴定影响包括人类免疫缺陷病毒（HIV）在内的病毒复制的新基因的有力工具。鉴定对HIV感染重要的宿主基因有助于增强对HIV复制，进化，传播和发病机制的认识，这是关键利益所在。特别是在过去十年中，通常是干扰素（IFN）刺激基因（ISG）的HIV限制因子的发现已成为逆转录病毒学领域的关键发展。限制因子已集中在过度表达筛选上，以鉴定作用广泛的抗病毒ISG （Schoggins 等，2011）或专门针对HIV的因子（Kane 等，2016）。通过转染对HIV限制因子进行了全基因组筛选siRNA的池池在靶细胞（刘等人，2011年）。然而，这些方法缺乏稳健性，Versa的钛Lity，和高通量方面 因此，我们使用CRISPR / Cas9技术开发了一种创新的ap 方法，并依靠HIV交叉包装通过CRISPR / Cas9文库转导的细胞中表达的慢病毒基因组的能力（OhAinle ...
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] Analysis of hypervariable regions (HVR) using pyrosequencing techniques is hampered by the ability of error correction algorithms to account for the heterogeneity of the variants present. Analysis of between-sample fluctuations to virome sub-populations, and detection of low frequency variants, are unreliable through the application of arbitrary frequency cut offs. Cumulatively this leads to an underestimation of genetic diversity. In the following technique we describe the analysis of Hepatitis C virus (HCV) HVR1 which includes the E1/E2 glycoprotein gene junction. This procedure describes the evolution of HCV in a treatment naïve environment, from 10 samples collected over 10 years, using ultradeep pyrosequencing (UDPS) performed on the Roche GS FLX titanium platform (Palmer et al. ...
[摘要] 使用焦磷酸测序技术的高变区（HVR）分析受到纠错算法解释存在的变异异质性的能力的阻碍。通过应用任意频率切断，对样本间波动与色情子群体的分析以及低频变体的检测是不可靠的。累积地导致遗传多样性的低估。在以下技术中，我们描述了包含E1 / E2糖蛋白基因连接的丙型肝炎病毒（HCV）HVR1的分析。该程序描述了HCV在治疗初始环境中的演变，从10年来收集的10个样品中，使用在Roche GS FLX钛平台上进行的超深度焦磷酸测序（UDPS）（2014年，Palmer等人） 。使用血清样品的初步克隆分析来通知允许达到更大序列深度的下游误差校正算法。已经针对HCV基因型1,2,3和4测试了该区域的PCR扩增。
背景 衍生自病毒扩增子的UDPS数据集的分析经常依赖于未针对扩增子分析进行优化的软件工具，假设随机并入测序突变，并且集中在找到真实序列而不是假变异体。存在于RNA病毒基因组中的高变区存在这些困难。许多利用UDPS的研究通过对数据应用任意的频率切断来寻求解决这些问题，从而导致小的变体的丢失。在这里，暂时匹配的克隆数据集以及旨在克服所概述的问题的纠错方法，有助于保留有价值的序列信息。
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