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Date:
2017-05-20
[Abstract] The basic unit of chromatin is the nucleosome, a histone octamer with 147 base pairs of DNA wrapped around it. Positions of nucleosomes relative to each other and to DNA elements have a strong impact on chromatin structure and gene activity and are tightly regulated at multiple levels, i.e., DNA sequence, transcription factor binding, histone modifications and variants, and chromatin remodeling enzymes (Bell et al., 2011; Hughes and Rando, 2014). Nucleosome positions in cells or isolated nuclei can be detected by partial nuclease digestion of native or cross-linked chromatin followed by ligation-mediated polymerase chain reaction (LM-PCR) (McPherson et al., 1993; Soutoglou and Talianidis, 2002). This protocol describes a nucleosome positioning assay using ...
[摘要] 染色质的基本单位是核小体，一个组织蛋白八聚体，其中包含147个碱基对的DNA。核小体相对于彼此和DNA元件的位置对染色质结构和基因活性具有强烈的影响，并且在多个水平（例如，DNA序列，转录因子结合，组蛋白修饰和变体）和染色质重塑酶（Bell et al。，2011; Hughes和Rando，2014）。可以通过天然或交联染色质的部分核酸酶消化，然后连接介导的聚合酶链反应（LM-PCR）（McPherson等人，1993; Soutoglou）检测细胞或分离的核中的核小体位置和Talianidis，2002）。该方案描述了使用微球菌核酸酶（MNase）消化甲醛固定染色质，然后进行LM-PCR的核小体定位测定。我们举例说明了在小鼠中编码核糖体RNA（rRNA基因或rDNA）的基因启动子的核小体定位测定，其具有两个相互排斥的配置。 rDNA启动子含有相对于转录起始位点的核苷酸-157至-2或位于-132位的下游核小体（NucD ）的上游核小体（NucU ）至+22（Li等人，2006; Xie等人，2012）。 LM-PCR产物的放射性标记，然后变性尿素 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳，允许两种配置的分辨和相对定量。如图1所示，核小体定位测定是通用的低至中等通量的方法，以半定量方式以高精度映射离散的核小体位置。
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