| Microarray, IPA and GSEA Analysis in Mice Models
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] This protocol details a method to analyze two tissue samples at the transcriptomic level using microarray analysis, ingenuity pathway analysis (IPA) and gene set enrichment analysis (GSEA). Methods such as these provide insight into the mechanisms underlying biological differences across two samples and thus can be applied to interrogate a variety of processes across different tissue samples, conditions, and the like. The full method detailed below can be applied to determine the effects of muscle-specific Notch1 activation in the mdx mouse model and to analyze previously published microarray data of human liposarcoma cell lines.
[摘要] 该协议详述了使用微阵列分析，独创性途径分析（IPA）和基因集富集分析（GSEA）在转录组水平分析两个组织样品的方法。 诸如此类的方法提供了对两个样品之间的生物学差异的潜在机制的洞察，因此可以应用于跨越不同组织样品，条件等询问各种过程。 下面详述的完整方法可用于确定肌肉特异性Notch1激活在 mdx 小鼠模型中的作用，并分析先前公布的人脂肪肉瘤细胞系的微阵列数据。
【背景】各种细胞类型的转录组学分析对于阐明细胞的功能元件至关重要，可以深入了解细胞特异性特征，并可突出与不同发育或疾病阶段相关的变化（Wang et al。，2009） 。虽然RNA测序变得越来越流行，但分析的相对成本和时间可能是一种负担。因此，微阵列分析是比较各种mRNA样品之间相对基因表达水平的替代工具（Read et al。，2001）。微阵列通常用于研究与疾病状态相关的变化，其疾病状态的基因表达模式可以被推断或已经被定义（Amaratunga et al。，2007）。 Ingenuity途径分析（IPA，QIAGEN）通常与大规模组学数据结合使用，并提供有关不同样本可能显着改变的途径，基因和其他特征的信息。基因集富集分析（GSEA）使用与各种疾病或途径相关的先验的基因集和特征，以便为感兴趣的样品提供生物学应用。
Bi及其同事使用下述方法来理解Notch信号传导在肌肉再生和脂肪肉瘤中的作用，脂肪肉瘤是一种常见的软组织癌类型（Bi ...
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| Advanced Design of Minimalistic Dumbbell-shaped Gene Expression Vectors
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Minimal DNA vectors exclusively comprising therapeutically relevant sequences hold great promise for the development of novel therapeutic regimen. Dumbbell-shaped vectors represent non-viral non-integrating DNA minimal vectors which have entered an advanced stage of clinical development (Hardee et al., 2017). Spliceable introns and DNA nuclear import signals such as SV40 enhancer sequences are molecular features that have found multiple applications in plasmid vectors to improve transgene expression. In dumbbells however, effects triggered by introns were not investigated and DNA-based nuclear import sequences have not found applications yet, presumably because dumbbell vectors have continuously been minimized with regard to size. We investigated the effects of an intron and/or ...
[摘要] 唯一包含治疗相关序列的最小DNA载体对于新型治疗方案的发展具有很大的希望。哑铃型载体代表已经进入临床发展的晚期阶段的非病毒非整合DNA最小载体（Hardee等人，2017）。可接合的内含子和DNA核输入信号如SV40增强子序列是在质粒载体中发现多个应用以改善转基因表达的分子特征。然而，在哑铃中，由内含子引发的效应未被研究，基于DNA的核导入序列尚未发现应用，可能是因为哑铃载体在尺寸上不断被最小化。我们调查内含子和/或SV40增强子衍生序列对哑铃载体驱动的报告基因表达的影响。发现可拼接内含子的实现在所有研究的细胞系中无条件地增强基因表达。相反，SV40增强子的使用改善了细胞类型依赖性的基因表达。虽然这两个特征显着增加哑铃载体大小，但内含子和增强子或两者的组合都不会对基因表达产生负面影响。相反，与质粒或对照哑铃相比，这两个特征在一起改善了哑铃驱动的基因表达，高达160-或56倍。因此，强烈建议考虑用于哑铃矢量设计的内含子和SV40增强子。这种先进的设计可以促进哑铃型DNA载体的临床前和临床应用。
【背景】虽然许多基因已经使用哑铃形DNA载体表达，但大多数这些应用使用包括启动子，编码序列（CDS）和转录终止子的基本设计。一些载体包括嵌合内含子，然而，没有报道通过这种设计增强了转基因表达（Schirmbeck等人，2001）。在这里，我们研究了分子特征引发的效应，这些特征经常在哑铃驱动基因表达的质粒设计中得到应用：1.已知来自人β-珠蛋白基因剪接的嵌合内含子促进RNA加工，核出口，随后基因表达（Luo ...
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| Formation of Minimised Hairpin Template-transcribing Dumbbell Vectors for Small RNA Expression
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] A major barrier for using non-viral vectors for gene therapy is the short duration of transgene expression in postmitotic tissues. Previous studies showed transgene expression from conventional plasmid fell to sub-therapeutic level shortly after delivery even though the vector DNA was retained, suggesting transcription was silenced in vivo (Nicol et al., 2002; Chen et al., 2004). Emerging evidence indicates that plasmid bacterial backbone sequences are responsible for the transcriptional repression and this process is independent of CpG methylation (Chen et al., 2008). Dumbbell-shaped DNA vectors consisting solely of essential elements for transgene expression have been developed to circumvent these drawbacks. This novel non-viral vector has been shown ...
[摘要] 使用非病毒载体进行基因治疗的主要障碍是在postmitotic组织中转基因表达的持续时间短。以前的研究表明，即使载体DNA被保留，传代质粒的转基因表达也在递送后不久就下降到亚治疗水平，提示转录在体内沉默（Nicol等人）。 ，2002; Chen等人，2004）。新出现的证据表明质粒细菌骨架序列负责转录抑制，该过程与CpG甲基化无关（Chen等人，2008）。仅开发了用于转基因表达的必需元件的哑铃型DNA载体已被开发出来，以规避这些缺点。已经显示这种新的非病毒载体在体外和体内改善转基因表达（Schakowski等人，2001和2007）。在这里我们描述一种快速有效地生产最小化的表达小RNA的哑铃载体的新方法。简言之，将PCR扩增的启动子序列连接到化学合成的发夹RNA编码DNA模板以形成共价闭合的哑铃载体。这种新技术可以促进哑铃型载体用于临床前研究和人类基因治疗的应用。
背景 关于递送，小的载体大小有利地改善细胞外转运，包括通过细胞外基质网络的外渗和扩散以及细胞摄取和核扩散。已经开发了各种哑铃载体生产方法，包括产生表达小RNA的哑铃的方法，例如小发夹RNA（shRNA）和微小RNA（miRNA）（Schakowski等人，2001; ...
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