| Lipidomic Analysis of Caenorhabditis elegans Embryos
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] Metabolomic is an emerging field of system biology. Lipidomic, a branch of metabolomic, aims to characterize lipophilic metabolites in biological systems. Caenorhabditis elegans (C. elegans) is a genetically tractable and versatile animal model for novel discovery of lipid metabolism. In addition, C. elegans embryo is simple and homogeneous. Here, we demonstrate detailed procedures of C. elegans culture, embryo isolation, lipid extraction and metabolomic data analysis.
[摘要] 在心肌梗死（MI）中，许多心肌细胞凋亡。 这些凋亡心肌细胞被吞噬细胞迅速吞噬。 如果死细胞没有被吞没，其有害物质被释放到外面，导致炎症的诱导。 因此，需要去除这些死细胞。 然而，每个吞噬细胞类型对梗塞心脏中凋亡细胞的去除的贡献仍未解决。 在这里，我们描述了吞噬作用测定的体外方案来比较心脏巨噬细胞和心脏肌成纤维细胞的吞噬能力。
【背景】长期以来一直认为，心脏巨噬细胞消除了在失败的心脏中产生的凋亡细胞。 然而，我们发现负责组织纤维化的心脏肌成纤维细胞也具有在MI后吞噬凋亡细胞的能力（Nakaya等，2017）。 这一发现促使我们比较心脏巨噬细胞和心脏肌成纤维细胞的吞噬能力。 在这里，我们提供了一个详细的体外吞噬试验方案来评估吞噬吞噬的程度。
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| Metabolic Heavy Isotope Labeling to Study Glycerophospholipid Homeostasis of Cultured Cells
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] Glycerophospholipids consist of a glycerophosphate backbone to which are esterified two acyl chains and a polar head group. The head group (e.g., choline, ethanolamine, serine or inositol) defines the glycerophospholipid class, while the acyl chains together with the head group define the glycerophospholipid molecular species. Stable heavy isotope (e.g., deuterium)-labeled head group precursors added to the culture medium incorporate efficiently into glycerophospholipids of mammalian cells, which allows one to determine the rates of synthesis, acyl chain remodeling or turnover of the individual glycerophospholipids using mass spectrometry. This protocol describes how to study the metabolism of the major mammalian glycerophospholipids i.e., phosphatidylcholines, ...
[摘要] 甘油磷脂由甘油磷酸酯骨架组成，酯基化两个酰基链和极性头基。头组（例如胆碱，乙醇胺，丝氨酸或肌醇）限定了甘油磷脂类，而酰基链与头基一起限定了甘油磷脂分子种类。添加到培养基中的稳定的重质同位素（例如，氘）标记的头基前体有效地并入哺乳动物细胞的甘油磷脂中，这允许人们确定合成速率，酰基链重塑或周转使用质谱法测定个体甘油磷脂。该方案描述了如何用这种方法研究主要哺乳动物甘油磷脂的代谢，即磷脂酰胆碱，磷脂酰乙醇胺，磷脂酰丝氨酸和磷脂酰肌醇。
背景 放射性标记的前体已广泛用于研究培养细胞中的甘油磷脂（GPL）代谢。然而，这种方法有严重的缺点。首先，研究GPL的所有分子种类的代谢是不可行的，因为不可能的事实，即没有恢复到高度复杂和耗时的方案来将各个分子种类彼此分离（Patton＆ em等人，1982），这显然是研究其新陈代谢所必需的。第二，所需的放射性同位素相当昂贵。第三，为了最佳标记，未标记的前体应尽可能耗尽介质。第四，可以同时向细胞中加入两种不同的前体，即使对同位素光谱之间的重叠进行准确校正是必要的对所收集的部分进行液体闪烁计数。由于这些障碍，许多研究最近引入了研究GPL代谢的替代方法（例如，Heikinheimo和Somerharju，2002; de Kroon，2007; Kainu等人2008年; Postle和Hunt，2009; ...
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