| P-body and Stress Granule Quantification in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-01-20
[Abstract] Eukaryotic cells contain various types of cytoplasmic, non-membrane bound ribonucleoprotein (RNP) granules that consist of non-translating mRNAs and a versatile set of associated proteins. One prominent type of RNP granules is Processing bodies (P bodies), which majorly harbors translationally inactive mRNAs and an array of proteins mediating mRNA degradation, translational repression and cellular mRNA transport (Sheth and Parker, 2003). Another type of RNP granules, the stress granules (SGs), majorly contain mRNAs associated with translation initiation factors and are formed upon stress-induced translational stalling (Kedersha et al., 2000 and 1999). Multiple evidence obtained from studies in unicellular organisms supports a model in which P bodies and SGs physically interact ...
[摘要] 真核细胞含有各种类型的细胞质，非膜结合的核糖核蛋白（RNP）颗粒，其由非翻译mRNA和多种相关蛋白组成。一种突出类型的RNP颗粒是加工体（P体），其主要包含翻译失活的mRNA和介导mRNA降解，翻译抑制和细胞mRNA运输的蛋白质阵列（Sheth和Parker，2003）。另一种类型的RNP颗粒，应激颗粒（SGs）主要含有与翻译起始因子相关的mRNA并且在应激诱导的翻译失速（Kedersha等人，2000和1999）中形成。从单细胞生物学研究中获得的多个证据支持了一种模型，其中P体和SG在细胞应激期间物理相互作用以将mRNA转运，转移，临时储存或折返到翻译中（Anderson和Kedersha，2008; Decker和Parker，2012）。 P体和/或SG的量化，分布和共定位是研究RNP颗粒的组成及其对基础细胞过程（如压力反应和翻译调节）的贡献的重要工具。在这个协议中，我们描述了一种量化线虫秀丽隐杆线虫体细胞中P体和SGs的方法。
背景 到目前为止，研究P体和SG的大多数方案是针对酵母或人类细胞系开发的（Buchan et al。，2010）。对多细胞生物体内的体细胞RNP颗粒的功能知之甚少。简单的模型生物体。线虫已广泛用于研究与P体和SG不同的种系特异性P颗粒，以及种系发育和功能的重要结构（Updike和Strome，2010）。虽然所提出的方法的原理可以应用于计数种系特异性P颗粒，但该方案集中于体细胞RNP颗粒的定量。几项研究已经确定了在C中通过miRNA途径的翻译失调的体细胞P体的保守功能。 ...
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| Highly Accurate Real-time Measurement of Rapid Hydrogen-peroxide Dynamics in Fungi
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] Reactive oxygen species (ROS) are unavoidable by-products of aerobic metabolism. Despite beneficial aspects as a signaling molecule, ROS are principally recognized as harmful agents that act on nucleic acids, proteins and lipids. Reactive oxygen species, and, in particular, hydrogen peroxide (H2O2), are deployed as defense molecules across kingdoms, e.g., by plants in order to defeat invading pathogens like fungi. Necrotrophic plant pathogenic fungi themselves secrete H2O2 to induce host cell death and facilitate infection. Hydrogen peroxide is, to a certain extent, freely diffusible through membranes. To be able to monitor intracellular hydrogen peroxide dynamics in fungi, we recently established the versatile HyPer-imaging technique ...
[摘要] 活性氧（ROS）是有氧代谢的副产物。尽管作为信号分子的有利方面，ROS主要被认为是作用于核酸，蛋白质和脂质的有害物质。反应性氧物质，特别是过氧化氢（H 2 O 2 O 2），作为防御分子跨越诸如，通过植物为了击败入侵病原体如真菌。营养不良的植物致病真菌本身分泌H 2 O 2 O 2以诱导宿主细胞死亡并促进感染。过氧化氢在一定程度上可以通过膜自由扩散。为了能够监测真菌中的细胞内过氧化氢动力学，我们最近在丝状植物病原体禾谷镰刀菌（Mentges and Bormann，2015）中建立了多功能的HyPer成像技术。 HyPer由插入到原核H 2 O 2 O 2 - 感觉蛋白OxyR的调节结构域（RD）中的循环置换的黄色荧光蛋白（cpYFP）组成。 OxyR域使传感器高度特异于H 2 O 2 O 2。 HyPer的氧化增加了在488nm激发的cpYFP的荧光，并降低了在405nm激发的荧光，从而促进了比例式读数（Belousov等人，2006）。 HyPer原来是对pH敏感。 HyPer的H 2 O 2 O 2 - 感官域中的单个氨基酸突变使传感器对H 2 O 2不敏感。该记者称为SypHer，作为pH变化的对照。
＆nbsp; ＆nbsp;通过使用HyPer成像技术，我们可以证明：i）HyPer成像能够特异和准确地检测细胞内H 2 O 2 O 2平衡的快速变化，ii）。 ...
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| A Highly Efficient Method for Measuring Oxygen Consumption Rate in Fusarium graminearum
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Author:
Date:
2016-08-05
[Abstract] The filamentous ascomycete Fusarium graminearum is the causal agent of Fusarium head blight, a devastating disease of cereals with a worldwide distribution. Fusarium graminearum infections result in a quantitative yield reduction by impairing the growth of the kernels, and a qualitative reduction by poisoning the remaining kernels with mycotoxins toxic to animals and humans. The colonization of wheat florets by phytopathogenic fungus requires high-efficiency energy generation in the mitochondria (Bönnighausen et al., 2015). Mitochondrial activity in microorganisms can be measured using the oxygen consumption rate (OCR) method. Here we describe a method for the assessment of fungal respiration using an XF24 extracellular flux analyzer. The Seahorse XF ...
[摘要] 丝状子囊菌禾谷镰刀菌是镰刀菌的致病剂，其是具有全世界分布的谷物的毁灭性疾病。禾谷镰孢菌感染通过损害谷粒的生长导致定量的产量降低，并且通过用对动物和人有毒的霉菌毒素中毒剩余的谷粒来定性降低。植物病原真菌对小麦的定居需要线粒体中的高效能量产生（Bönighausen等人，2015）。微生物中的线粒体活性可以使用氧消耗速率（OCR）方法测量。在这里我们描述使用XF24细胞外通量分析仪评估真菌呼吸的方法。 Seahorse XF分析仪是基于微孔板的呼吸仪，其通过固定荧光团的荧光变化来测量氧消耗（Gerencser等人，2009）。多种线粒体参数可以通过应用线粒体底物和抑制剂来测量，所述线粒体底物和抑制剂在测定期间通过端口自动注射（Divakaruni等人，2014）。实验工作流程涉及接种分生孢子和应用线粒体功能的特异性抑制剂。真菌呼吸的分析代表了补充经典表型筛选的有价值的工具。
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