| A Flow-assay for Farnesol Removal from Adherent Candida albicans Cultures
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Here, we describe a protocol for a continuous flow system for C. albicans cultures growing adherent to a plastic surface. The protocol was adapted from a previous method established to simulate blood flow on endothelial cells (Wilson and Hube, 2010). The adapted protocol was used by us for the removal of molecules in C. albicans supernatants, especially farnesol, which accumulate over the time course of incubation and cannot be specifically depleted. The system used, however, allows various applications including the simulation of physiological flow conditions. Several example applications are given on the manufacturer’s website (https://ibidi.com/perfusion-system/112-ibidi-pump-system.html ...
[摘要] 在这里，我们描述了用于连续流系统的协议。 白色念珠菌生长粘附在塑料表面上的培养物。 该方案根据建立以模拟内皮细胞上的血液流动的先前方法改编（Wilson和Hube，2010）。 我们使用适应方案去除C中的分子。 白色念珠菌上清液，特别是法呢醇，其在孵育的时间过程中积累并且不能被特异性地耗尽。 然而，所使用的系统允许各种应用，包括模拟生理流动条件。 制造商网站上给出了几个示例应用程序(https://ibidi.com/perfusion-system/112-ibidi-pump-system.html).
【背景】法尼醇是人类致病真菌白色念珠菌中的酵母 - 菌丝转移（Hornby等人，2001）的有效抑制剂，并且还促进了酵母生长的逆转预制长丝（Lindsay等人，2012）。群体感知分子（QSM）快速积聚在白念珠菌EED1缺失株的上清液中，并促进突变体（Polke等人）的反向形态发生和菌丝维持缺陷>，2017）。由于我们无法阻止法呢醇的合成（Polke等人，2017），我们使用了ibidi ®泵系统，通过单向去除上清液中累积的QSMs流。流动应用以及在孵育期间的恒定的培养基更换在C中显着延长了丝状化。白色念珠菌eed1Δ突变体。这表明QSM积累的成功去除，并且提供了在C中的菌丝维持和法呢醇信号之间的直接联系。白色假丝酵母。用于此协议（ibidi ...
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| Generation of a Cellular Reporter for Functional BRD4 Inhibition
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Author:
Date:
2017-07-05
[Abstract] The ubiquitously expressed bromodomain-containing protein 4 (BRD4) is an epigenetic reader, which recruits transcriptional regulatory complexes to acetylated chromatin. Because of its role in enhancing proliferation, BRD4 has become a therapeutic target in oncology, as the inhibition of this protein leads to the reduction of the growth of many tumours. Even though BRD4 is more and more studied, its mechanism of action has not been fully described yet. Therefore, we aimed at generating a cellular reporter system to monitor BRD4 inhibition. Such reporter can be potentially used in high throughput chemical and genetic screenings, in order to uncover new possible BRD4 functional pathways. The deeper understanding of the mechanism of action of BRD4 activity will certainly help in developing ...
[摘要] 普遍表达的含溴结构域的蛋白质4（BRD4）是表观遗传学读者，其将转录调节复合物募集到乙酰化染色质。 由于其在增强增殖中的作用，BRD4已经成为肿瘤学的治疗靶点，因为抑制这种蛋白质导致许多肿瘤的生长减少。 即使BRD4越来越多的研究，其行动机制尚未得到充分的描述。 因此，我们旨在产生细胞报告系统来监测BRD4抑制。 这种记录可以潜在地用于高通量化学和遗传筛选，以揭示新的可能的BRD4功能途径。 对BRD4活动作用机制的深入了解肯定有助于为所谓的BRD4依赖型癌症开发新的治疗策略。
【背景】表观遗传学领域的研究最近突出了BRD4在癌症进展中的中心作用。 BRD4是BET（溴结构域和终末外结构域）家族（Dey等人，2003; Filippakopoulos等人，2012; Wang）的乙酰赖氨酸阅读器， et al。，2012）能够结合启动子和增强子区域上的乙酰化组蛋白（Dey等人，2003; Filippakopoulos等人，2012; Nagarajan等人，，2014）。这种表观遗传学读者的作用机制在于通过招募几种转录因子，辅因子和RNA聚合酶II（RNApol II）来激活基因启动子和增强子，其导致调节，大部分增强某些靶基因的转录。已经描述了BRD4组蛋白模块发挥调控细胞周期进程的关键作用（Dey等人，2003; Wu和Chiang，2007; Yang等人， ...
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| Lentiviral Barcode Labeling and Transplantation of Fetal Liver Hematopoietic Stem and Progenitor Cells
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] Cellular barcoding enables the dissection of clonal dynamics in heterogeneous cell populations through single cell lineage tracing. The labeling of hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) with unique and heritable DNA barcodes, makes it possible to resolve donor cell heterogeneity in terms of differentiation potential and lineage bias at the single cell level, through subsequent transplantation and high-throughput sequencing. Furthermore, cellular barcoding allows for bona fide hematopoietic stem cells (HSCs) to be defined based on functional rather than immunophenotypic parameters.
This protocol describes the work flow of lentiviral cellular barcoding, tracking 14.5 days post coitum (d.p.c.) fetal liver (FL) Lineage-Sca+cKit+ (LSK) HSPCs following ...
[摘要] 细胞条形码可以通过单细胞谱系追踪来分离异种细胞群体中的克隆动力学。通过独特和可遗传的DNA条形码对造血干细胞和祖细胞（HSPC）进行标记，可以通过随后的移植和高通量测序，在单细胞水平上分化供体细胞异质性，分化潜力和谱系偏倚。此外，细胞条形码可以根据功能而不是免疫表型参数定义真正的造血干细胞（HSC）。
＆nbsp;该协议描述了慢病毒细胞条形码的工作流程，追踪1450天后（dpc）胎肝（FL）Lineage-Sca+ cKit + （LSK）HSPC经过长期重建（图1）（Kristiansen等人，2016），但可以适应于选择的细胞类型或时间框架。
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图1.实验工作流程摘要（Naik 等人，2013）
最初建立了细胞条形码技术来解决在体内移植造血细胞后的单细胞动力学，并且近年来在移植中对血细胞群体中功能异质性的认识有显着贡献（Schepers ，2008; Gerrits等人，2010; Lu等人，2011; Naik等人 ，2013; Verovskaya等人，2013; ...
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