| Protocol for Isolation, Stimulation and Functional Profiling of Primary and iPSC-derived Human NK Cells
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Natural killer (NK) cells are innate immune cells, characterized by their cytotoxic capacity, and chemokine and cytokine secretion upon activation. Human NK cells are identified by CD56 expression. Circulating NK cells can be further subdivided into the CD56bright (~10%) and CD56dim NK cell subsets (~90%). NK cell-like cells can also be derived from human induced pluripotent stem cells (iPSC). To study the chemokine and cytokine secretion profile of the distinct heterogenous NK cell subsets, intracellular flow cytometry staining can be performed. However, this assay is challenging when the starting material is limited. Alternatively, NK cell subsets can be enriched, sorted, stimulated, and functionally profiled by measuring secreted effector molecules in the supernatant by Luminex. Here, ...
[摘要] [摘要]天然杀伤（NK）细胞是先天性免疫细胞，其特征在于其细胞毒性能力以及活化后的趋化因子和细胞因子分泌。人NK细胞通过CD56表达鉴定。循环的NK细胞可进一步细分为CD56亮（约10％）和CD56暗NK细胞亚群（约90％）。NK细胞样细胞也可以源自人诱导的多能干细胞（iPSC）。为了研究不同的异源NK细胞亚群的趋化因子和细胞因子分泌概况，可以进行细胞内流式细胞仪染色。然而，当起始原料有限时，该测定法具有挑战性。或者，可以通过Luminex测量上清液中分泌的效应子分子来富集，分选，刺激和功能性分析NK细胞亚群。在这里，我们提供了一种快速直接的方案，用于分离和刺激原代NK细胞或iPSC衍生的NK细胞样细胞，并随后检测分泌的细胞因子和趋化因子，这也适用于少量细胞。
[背景]自然杀伤（NK）细胞是先天免疫系统的一部分，提供第一线防御病毒感染和畸形。在人血中，可以基于CD56和CD16表达鉴定出两个不同的NK细胞群体：CD56明亮的CD16 +/-和CD56暗的CD16 + ...
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| Generating Three-dimensional Human Granulomas in vitro to Study Mycobacterium tuberculosis-host Interaction
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] Granulomas are organized multicellular structures that constitute the hallmark of an infection by the human pathogen Mycobacterium tuberculosis (Mtb). A better understanding of the complex host-Mtb interactions within the granuloma’s environment may lead to new therapeutic or preventive tools to improve the control of the tuberculosis pandemic. To date, several in vitro models that are able to mimic human nascent granulomas have been reported. Here we describe a protocol in which Mtb-infected human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) are embedded within a collagen matrix leading to the formation of three-dimensional micro-granulomas. Subsequently, PBMCs and Mtb can be retrieved allowing multiparametric readouts from both the host and the ...
[摘要] [摘要]肉芽肿是有组织的多细胞结构，构成了人类病原体结核分枝杆菌（Mtb ）感染的标志。对肉芽肿环境中复杂的宿主-Mtb相互作用的更好理解可能会导致新的治疗或预防工具，以改善对结核病大流行的控制。迄今为止，已经报道了几种能够模仿人类新生肉芽肿的体外模型。在这里我们描述一个协议，其中Mtb 被感染的人外周血单核细胞（PBMC）嵌入胶原蛋白基质中，导致形成三维微肉芽肿。随后，可以检索PBMC和Mtb，从而从宿主和病原体中读取多参数。除了并入生理性细胞外基质外，该模型还具有重现休眠样Mtb特征的独特优势，以及在免疫调节治疗下观察到的Mtb复苏的再生，其他已发表的体外实验方法尚未见报道。肉芽肿。
关键词：分枝杆菌，浴池erculosis，肉芽肿，主机，我ñ体外模型，休眠，复苏
[背景]结核病（TB）是一种空气传播的疾病，其包括由人类病原体肺和肺外感染结核分枝杆菌（Mtb的）。结核病在2019年估计造成150万人死亡（世卫组织，2019年），仍然是世界上最致命的传染病。结核病免疫发病机制的特点是形成了组织性的，称为肉芽肿的多细胞簇（Gengenbacher和Kaufmann，2012）。这些结构主要由被感染的和未感染的巨噬细胞的核心组成，周围是淋巴细胞边缘。肉芽肿内的敌对环境推动Mtb进入可能与疾病的潜在形式相关的缓慢或非复制性休眠状态。因此，Mtb休眠导致对针对分枝杆菌复制过程中活跃的代谢途径的抗生素的耐受性增加。 ...
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| Measurement of FNR-NrdI Interaction by Microscale Thermophoresis (MST)
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Author:
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2017-04-20
[Abstract] This protocol describes how to measure protein-protein interactions by microscale thermophoresis (MST) using the MonolithTM NT.115 instrument (NanoTemper). We have used the protocol to determine the binding affinities between three different flavodoxin reductases (FNRs) and a flavodoxin-like protein, NrdI, from Bacillus cereus (Lofstad et al., 2016). NrdI is essential in the activation of the manganese-bound form of the class Ib ribonucleotide reductase (RNR) system. RNRs, in turn, are the only source of the de novo synthesis of deoxyribonucleotides required for DNA replication and repair in all living organisms.
[摘要] 该协议描述了如何使用Monolith TM NT.115仪器（NanoTemper）通过微量热泳法（MST）测量蛋白质 - 蛋白质相互作用。我们已经使用方案来确定三种不同的黄素氧还蛋白还原酶（FNR）和来自蜡样芽孢杆菌（Lofstad等）的黄素氧还蛋白样蛋白NrdI之间的结合亲和力， 2016）。 NrdI对于Ib类核糖核苷酸还原酶（RNR）系统的锰结合形式的活化至关重要。反过来，RNRs是所有生物体中DNA复制和修复所需的脱氧核糖核苷酸合成的唯一来源。
蛋白质 - 蛋白质的相互作用通常以相关的解离常数（K D ）为特征。可以使用诸如等温量热法（ITC），NMR光谱和表面等离子体共振（SPR）的各种技术来建立结合常数。另一种方法是基于热泳法，其中不同分子（例如蛋白质 - 蛋白质复合物与单个蛋白质）对温度梯度的反应不同（Duhr和Braun，2006; Seidel等人， 2013）。该方法快速，不需要样品固定，样品要求较低。简言之，其中一种蛋白质用荧光染料标记并保持在恒定的低浓度。建立稀释系列，其他蛋白质稀释至16倍，产生广泛的浓度范围。随后将两种蛋白质混合并加载到毛细管中，毛细管在Monolith TM ...
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