| Chromatin Immunoprecipitation Experiments from Whole Drosophila Embryos or Larval Imaginal Discs
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] Chromatin Immunoprecipitation coupled either to qPCR (qChIP) or high-throughput sequencing (ChIP-Seq) has been extensively used in the last decades to identify the DNA binding sites of transcription factors or the localization of various histone marks along the genome. The ChIP experiment generally includes 7 steps: collection of biological samples (A), cross-linking proteins to DNA (B), chromatin isolation and fragmentation by sonication (C), sonication test (D), immunoprecipitation with antibodies against the protein or the histone mark of interest (E), DNA recovery (E), identification of factor-associated DNA sequences by PCR or sequencing (F). The protocol described here can readily be used for ChIP-seq and ChIP-qPCR experiments. The entire procedure, describing experimental setup ...
[摘要] 与qPCR（qChIP）或高通量测序（ChIP-Seq）相结合的染色质免疫沉淀已被广泛用于识别转录因子的DNA结合位点或基因组中各种组蛋白标记的定位。 ChIP实验通常包括7个步骤：收集生物样品（A），交联蛋白质到DNA（B），染色质分离和通过超声处理分离（C），超声处理测试（D），用针对蛋白质的抗体进行免疫沉淀感兴趣的组蛋白标记（E），DNA回收（E），通过PCR或测序鉴定因子相关DNA序列（F）。这里描述的协议可以容易地用于ChIP-seq和ChIP-qPCR实验。描述在完整的果蝇组织中优化分析的实验设置条件的整个过程可以在四天内完成。
背景 尽管永生化的培养细胞广泛用于研究各种细胞类型的染色质景观，但是在生理条件下在体内探测相互作用的有价值的方法对于进行转录的时间或空间比较分析是必要的因子和组蛋白修饰图在不同阶段的果蝇发展或不同组织之间。在这里，我们提供了一个详细的ChIP协议，已被优化，以便在整个果蝇胚胎和幼虫成像光盘上工作，突出关键的实验参数。
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| Immunoprecipitation of Cell Surface Proteins from Gram-negative Bacteria
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] The meningococcus (Neisseria meningitidis) remains an important threat to human health worldwide. This Gram-negative bacterium causes elevated disabilities and mortality in infected individuals. Despite several available vaccines, currently there is no universal vaccine against all circulating meningococcal strains (Vogel et al., 2013). Herein, we describe a new protocol that is capable of identifying only cell surface exposed proteins that play a role in immunity, providing this research field with a more straightforward approach to identify novel vaccine targets. Even though N. meningitidis is used as a model in the protocol herein described, this protocol can be used for any Gram-negative bacteria provided modifications and optimizations are carried out to ...
[摘要] 脑膜炎球菌（脑膜炎奈瑟氏球菌）仍然是全球人类健康的重大威胁。这种革兰氏阴性细菌导致感染个体的残疾和死亡率升高。尽管有几种可用的疫苗，目前还没有针对所有循环脑膜炎球菌菌株的通用疫苗（Vogel等人，2013）。在这里，我们描述了一种能够识别仅在细胞表面暴露的蛋白质在免疫中发挥作用的新方案，为该研究领域提供了一种更直接的方法来鉴定新的疫苗靶标。即使使用脑膜炎奈瑟氏球菌作为本文所述方案中的模型，该方案可用于任何革兰氏阴性细菌，提供修饰和优化以使其适应不同的细菌和疾病特征（例如薄膜脆性，生长方法，血清抗体水平，等等）。
背景 尝试开发针对N型的新型疫苗。脑膜炎脑膜炎常常依赖于2D SDS-PAGE（二维十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳）和蛋白质印迹，随后MS（质谱）（Wheeler等人，2007））。然而，这种方法采用全细胞裂解物，鉴定出不具有疫苗潜力的大量蛋白质（Mendum等人，2009）。因此，我们旨在开发一种能够鉴别可能在免疫中起重要作用的细胞表面暴露蛋白质的方法。简言之，我们的方案包括生长感兴趣的病原体，用免疫个体的血清免疫沉淀表面抗原，并通过液相色谱 - ...
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| Phenotypic Profiling of Candida glabrata in Liquid Media
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Here, we describe a method for a large-scale liquid screening approach in C. glabrata. This liquid media method offers several distinct advantages over solid media approaches. This includes growth measurement on a plate reader instead of comparing growth by eye-sight. Furthermore, the liquid method requires lower amounts of antifungals and offers a higher sensitivity. While this method has been optimized for C. glabrata it might be used for other Candida species and yeast-like fungi as well.
[摘要] 在这里，我们描述了一种用于大规模液体筛选方法的方法。 glabrata 。 这种液体介质方法比固体介质方法提供了几个明显的优点。 这包括平板阅读器的增长测量，而不是通过视力来比较增长。 此外，液体方法需要较少量的抗真菌剂并提供更高的灵敏度。 虽然这种方法已经针对C进行了优化。 glabrata 也可以用于其他念珠菌物种和酵母样真菌。
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