| Giant Mimiviridae CsCl Purification Protocol
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] While different giant viruses’ purification protocols are available, they are not fully described and they use sucrose gradient that does not reach an equilibrium. Here, we report a protocol for the purification of members of the Mimiviridae family virions resulting from Acanthamoeaba castellanii infections. Viruses are harvested after cell lysis and purified through a high density CsCl gradient to optimize the isolation of the virus from the cell debris or other potential contaminants. Due to the large size of the virion capsids, reaching half a micrometer diameter, the quality of the process can be monitored by light microscopy. The resulting purified particles can then be used to perform new infections, DNA extraction, structural studies, sugar composition ...
[摘要] [摘要]虽然有不同的巨型病毒纯化方案，但它们并没有被完全描述，它们使用的蔗糖梯度不能达到平衡。在这里，我们报告了一个方案，用于纯化由棘球绦虫感染引起的拟病毒科成员病毒。病毒在细胞裂解后收获，并通过高密度CsCl梯度进行纯化，以优化从细胞碎片或其他潜在污染物中分离病毒。由于病毒粒子衣壳尺寸大，直径可达半微米，因此可以通过光学显微镜来监控工艺的质量。由此得到的纯化颗粒可用于进行新的感染、DNA提取、结构研究、糖成分分析、亚组分鉴定或蛋白质组学实验。
[背景]Mimivirus是第一种在光学显微镜下可见的病毒，在大小和基因组复杂度上与单细胞生物重叠，这一发现开创了病毒学的新研究领域（La Scola et al.，2003；Raoult et al.，2004）。在过去的15年里，许多额外的米病毒科成员被从各种环境中分离出来，并且已经发布了几种纯化病毒离子的方案（La Scola等人，2003年；Byrne等人，2009年；Arslan等人，2011年；Philippe等人，2013年；Campos等人，2014年；Andrade等人，2017年）。开发了不同的方法，主要涉及蔗糖缓冲（Campos et al.，2014；Andrade et al.，2017）或蔗糖不连续梯度（Arslan et ...
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| Measuring Mitochondrial ROS in Mammalian Cells with a Genetically Encoded Protein Sensor
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Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] Reactive oxygen species (ROS) are not only known for their toxic effects on cells, but they also play an important role as second messengers. As such, they control a variety of cellular functions such as proliferation, metabolism, differentiation and apoptosis. Thus, ROS are involved in the regulation of multiple physiological and pathophysiological processes. It is now apparent that there are transient and local changes in ROS in the cell; in so-called ‘microdomains’ or in specific cellular compartments, which affect signaling events. These ROS hotspots need to be studied in more depth to understand their function and regulation. Therefore, it is necessary to identify and quantify redox signals in single cells with high spatial and temporal resolution. Genetically encoded ...
[摘要] 活性氧（ROS）不仅以其对细胞的毒性作用而闻名，而且作为第二信使也起着重要的作用。如此，它们控制多种细胞功能，例如增殖，代谢，分化和凋亡。因此，ROS参与多种生理和病理生理过程的调节。现在很明显，细胞内存在ROS的短暂和局部变化;在所谓的“微域”或特定的细胞区室中，其影响信号传导事件。这些ROS热点需要更深入的研究，以了解其功能和规定。因此，有必要以高空间和时间分辨率在单个细胞中识别和量化氧化还原信号。遗传编码的基于荧光的蛋白质传感器提供了检测氧化还原信号传导过程的必要工具。这些传感器的一个很大的优势是可以针对他们。线粒体是能量代谢所必需的，并且是哺乳动物细胞中ROS的主要来源之一。因此，对这些细胞器中氧化还原电位和ROS产生的评估是非常有意义的。在此，我们提供了一个使用H 2 O 2特异性比例传感器mitoHyPer在贴壁哺乳动物细胞中。【背景】ROS是通过线粒体呼吸的副产物，通过电子从电子传递链泄漏而产生的。这些ROS被认为是有毒的，并导致脂质，蛋白质的氧化，并导致线粒体DNA损伤（Ralph et al。，2010; Bogeski等人，2016; Bogeski ，2014; Monika et al。，2015）。虽然线粒体作为新陈代谢，生物能量学和细胞死亡的枢纽，线粒体ROS作为调节多种细胞功能的第二信使的新兴作用也日益被接受（Chandel，2015; ...
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| In vivo Mitophagy Monitoring in Caenorhabditis elegans to Determine Mitochondrial Homeostasis
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Perturbation of mitochondrial function is a major hallmark of several pathological conditions and ageing, underlining the essential role of fine-tuned mitochondrial activity (Lopez-Otin et al., 2013). Mitochondrial selective autophagy, known as mitophagy, mediates the removal of dysfunctional and/or superfluous organelles, preserving cellular and organismal homeostasis (Palikaras and Tavernarakis, 2014; Pickrell and Youle, 2015; Scheibye-Knudsen et al., 2015). In this protocol, we describe a method for assessing mitophagy in the nematode Caenorhabditis elegans.
[摘要] 线粒体功能的扰动是几种病理状况和衰老的主要标志，强调了线粒体活性调控的重要作用（Lopez-Otin等，2013）。 线粒体选择性自噬，称为嗜中性细胞因子介导功能障碍和/或多余的细胞器的去除，保留细胞和有机体内稳态（Palikaras和Tavernarakis，2014; Pickrell和Youle，2015; Scheibye-Knudsen等，2015）。 在这个协议中，我们描述了一种评估线虫秀丽隐杆线虫线粒体的方法。
【背景】线粒体被认为是真核细胞的细胞动力，因为它们是通过氧化磷酸化（OXPHOS）和ATP生成的主要能量提供者。此外，它们在细胞稳态中的关键作用突出表现在它们对几种基本细胞过程（包括钙缓冲，代谢物合成和凋亡等）调节的贡献。线粒体功能的放松规律与几种病理状况（包括衰老和年龄相关的神经变性疾病）的发病有关（Vafai和Mootha，2012; Palikaras和Tavernarakis，2014）。因此，真核生物已经发展了几种复杂和高度专门化的分子途径来保护能量稳态（Pickrell和Youle，2015; Scheibye-Knudsen等，2015）。 Mitophagy是一种选择性类型的自噬，促进线粒体受损的消除，以及细胞调节线粒体内源物质和环境信号的主要降解途径（Palikaras等，2015; Schiavi et al。，2015; ...
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