| Charging State Analysis of Transfer RNA from an α-proteobacterium
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Author:
Date:
2020-12-05
[Abstract] Transfer RNA (tRNA) is an essential link between the genetic code and proteins. During the process of translation, tRNA is charged with its cognate amino acid and delivers it to the ribosome, thus serving as a substrate of protein synthesis. To analyze the charging state of a particular tRNA, total RNA is purified and analyzed on an acid-urea gel. Separated RNA is then transferred to a membrane and detected with a probe for the tRNA of interest. Here, we present an improved protocol to analyze the tRNA charging state in the α-proteobacterium Rhodopseudomonas palustris. Compared to the classical method, the RNA isolation step is optimized to suit this organism. Additionally, a non-radioactive platform is used for electrophoresis and Northern blots. This significantly reduces ...
[摘要] [摘要]转移RNA（tRNA）是遗传密码与蛋白质之间的重要纽带。在翻译过程中，tRNA带有其同源氨基酸，并将其传递至核糖体，因此可作为蛋白质合成的底物。为了分析特定tRNA的电荷状态，纯化总RNA并在酸性尿素凝胶上进行分析。然后将分离的RNA转移到膜上并用目标tRNA的探针进行检测。在这里，我们提出了一种改进的协议来分析α-变形杆菌Rhodopseudomonas palustris中的tRNA充电状态 。与传统方法相比，优化了RNA分离步骤以适合这种生物。另外，非放射性平台用于电泳和RNA印迹。这显着减少了此协议所需的时间和精力。
[背景] tRNA的主要功能是，与其他翻译因素的帮助，以确保mRNA的蛋白质的准确的翻译。氨基酰基-tRNA（带电）将氨基酸带到核糖体中以延长肽段，然后释放不带电荷的tRNA。tRNA的充电状态主要取决于可用资源（即氨基酸）及其被核糖体的消耗量。为了分析细胞tRNA的充电状态，已经开发了使用酸性脲凝胶分离总RNA并通过Northern印迹检测感兴趣的tRNA的方法（Janssen等人，2012； ...
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| RNA-dependent RNA Polymerase Assay for Hepatitis E Virus
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is essential for the replication of viral RNA for RNA viruses. It synthesizes the complementary strand of viral genomic RNA, which is used subsequently as a template to generate more copies of viral genome. This assay measures activity of the hepatitis E virus (HEV) RdRp. In contrast to protocols available to assay the RdRp activity of many other viruses, this assay utilizes DIG-11-UTP as a nonradioactive alternative to 32P-UTP, thereby increasing the convenience of performing the assay.
[摘要] RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）对RNA病毒的病毒RNA的复制至关重要。 它合成病毒基因组RNA的互补链，其随后用作模板以产生更多的病毒基因组拷贝。 该测定法测定戊型肝炎病毒（HEV）RdRp的活性。 与可用于测定许多其他病毒的RdRp活性的方案相比，该测定法使用DIG-11-UTP作为32P-UTP的非放射性替代物，从而增加了进行测定的便利性。
没有测定可测量HEV RdRp的活性。 已经使用放射性标记的核苷酸（Behrens等人，1996）在少数其他病毒如丙型肝炎病毒中测量了RdRp活性。 我们已经调整了Behrens等人所描述的协议。 （1996），并将其修饰为建立非放射性测定方案，其依赖于将DIG-11-UTP掺入反义RNA链中作为HEV RdRp的活性的量度。 该测定使用体外合成的病毒RNA片段作为模板，以使用基于化学发光的策略来测量从人肝癌细胞纯化的HEV RdRp蛋白的活性。
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