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Taq DNA Polymerase with Standard Taq Buffer

Company: New England Biolabs
Catalog#: M0273
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Conditional Knockdown of Proteins Using Auxin-inducible Degron (AID) Fusions in Toxoplasma gondii
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  Toxoplasma gondii is a member of the deadly phylum of protozoan parasites called Apicomplexa. As a model apicomplexan, there is a great wealth of information regarding T. gondii’s 8,000+ protein coding genes including sequence variation, expression, and relative contribution to parasite fitness. However, new tools are needed to functionally investigate hundreds of putative essential protein coding genes. Accordingly, we recently implemented the auxin-inducible degron (AID) system for studying essential proteins in T. gondii. Here we provide a step-by-step protocol for examining protein function in T. gondii using the AID system in a tissue culture setting. [摘要]  弓形虫是原生动物寄生虫称为Apicomplexa致命门的一员。 作为一个复杂的模型,关于T的信息有很多。 gondii的8,000多种蛋白质编码基因,包括序列变异,表达和对寄生虫适应的相对贡献。 然而,需要新的工具来功能性地调查数百个推定的必需蛋白质编码基因。 因此,我们最近实施了生长素诱导降解(AID)系统来研究T中的基本蛋白质。弓形虫。 在这里,我们提供了一个检查蛋白质功能的一步一步的协议。 在组织培养环境中使用AID系统。

【背景】生长素是一类通过靶向某些蛋白质在植物中进行蛋白酶体降解而发出信号的植物激素(Teale等人,2006)。 Kohei Nishimura等人具有将该植物特异性信号传导系统的组分转移到其他真核生物中用于有兴趣的蛋白质(POI)的条件调节,创建生长素诱导降解(AID)系统的聪明想法(Nishimura等人,2009)。这个系统已经被成功地用于几种真核生物,包括疟原虫疟原虫(Kreidenweiss et al。,2013; Philip和Waters,2015)。只需要两个转基因成分来实现这个系统,称为转运抑制剂反应1(TIR1)的植物生长素受体和用AID标记的POI。用生长素(例如,3-吲哚乙酸/ IAA)处理活化SCF ...

Measurement of RNA-induced PKR Activation in vitro
Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract]  Protein kinase R (PKR) is one of the key RNA-activated sensors for innate immunity. PKR is activated by pathogenic or aberrant RNAs such as short double-stranded RNAs or those with imperfect secondary structures, as well as a reduction in the amount and number of RNA modifications. Activation of PKR may be an underlying mechanism for the pathogenesis of human diseases. In this protocol, I describe a method for studying levels of RNA-induced PKR activation in vitro. [摘要]  蛋白激酶R(PKR)是先天免疫的核心RNA激活传感器之一。 PKR由致病性或异常RNA如短双链RNA或具有不完全二级结构的RNA激活,以及RNA修饰的量和数量的减少。 PKR的激活可能是人类疾病发病机制的潜在机制。在本协议中,我描述了一种在体外研究RNA诱导的PKR激活水平的方法。

背景 PKR是四种哺乳动物激酶之一,其响应于应激信号磷酸化真核起始因子2-α亚基(eIF2α)。 PKR主要是响应于病毒感染而激活(Holcik和Sonenberg,2005)。 PKR是识别和结合病原RNA的先天免疫的关键组成部分。 RNA与PKR的相互作用促进并稳定其二聚化。然后PKR经历自身磷酸化,随后磷酸化eIF2α以切断一般翻译,同时激活下游信号级联,包括增加的ATF4应激反应转录因子的翻译(Hinnebusch,2005)。
 已知PKR被短双链RNA激活(Manche等人,1992; Zheng和Bevilacqua,2004)以及具有一些不完全二级结构的RNA,例如发夹环(Bevilacqua 等人,1998)。此外,RNA生物发生缺陷,包括较低水平的m ...

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