| Measurement of Oxygen Consumption Rate (OCR) and Extracellular Acidification Rate (ECAR) in Culture Cells for Assessment of the Energy Metabolism
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] Mammalian cells generate ATP by mitochondrial (oxidative phosphorylation) and non-mitochondrial (glycolysis) metabolism. Cancer cells are known to reprogram their metabolism using different strategies to meet energetic and anabolic needs (Koppenol et al., 2011; Zheng, 2012). Additionally, each cancer tissue has its own individual metabolic features. Mitochondria not only play a key role in energy metabolism but also in cell cycle regulation of cells. Therefore, mitochondria have emerged as a potential target for anticancer therapy since they are structurally and functionally different from their non-cancerous counterparts (D'Souza et al., 2011). We detail a protocol for measurement of oxygen consumption rate (OCR) and extracellular acidification rate (ECAR) measurements ...
[摘要] 哺乳动物细胞通过线粒体（氧化磷酸化）和非线粒体（糖酵解）代谢产生ATP。已知癌细胞使用不同的策略重新编程它们的代谢以满足能量和合成代谢需要（Koppenol等人，2011; Zheng，2012）。此外，每个癌症组织都有其自己的个体代谢特征。线粒体不仅在能量代谢中起关键作用，而且在细胞的细胞周期调控中也起关键作用。因此，线粒体作为抗癌治疗的潜在靶标已经出现，因为它们在结构和功能上与其非癌对应物不同（D'Souza等人，2011）。我们详细介绍了利用海马XF24细胞外通量分析仪（图1）测量活细胞中氧耗率（OCR）和细胞外酸化率（ECAR）测量的方案。 Seahorse XF24细胞外通量分析仪持续测量细胞上清液中的氧浓度和质子流量（Wu等人，2007）。这些测量结果在OCR和ECAR值中转换，并能够直接定量线粒体呼吸和糖酵解。有了这个协议，我们试图评估三种不同癌细胞系的基线粒体功能和线粒体应激反应细胞毒性测试先导化合物甲磺卡西林，以研究其作用机制。将细胞铺在XF24细胞培养板中并保持24小时。在分析之前，将培养基替换为无缓冲的DMEM pH7.4，然后使细胞在非代谢通量分析前使用Seahorse XF在非CO 2孵育器中平衡以允许精确测量Milli-pH单位改变。 ...
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| Robust Generation of Knock-in Cell Lines Using CRISPR-Cas9 and rAAV-assisted Repair Template Delivery
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] The programmable Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated nuclease 9 (Cas9) technology revolutionized genome editing by providing an efficient way to cut the genome at a desired location (Ledford, 2015). In mammalian cells, DNA lesions trigger the error-prone non-homologous end joining (NHEJ) DNA repair mechanism. However, in presence of a DNA repair template, Homology-Directed Repair (HDR) can occur leading to precise repair of the lesion site. This last process can be exploited to enable precise knock-in changes by introducing the desired genomic alteration on the repair template. In this protocol we describe the delivery of long repair templates (> 200 nucleotides) using recombinant Adeno Associated Virus (rAAV) for CRISPR-Cas9-based knock-in of a ...
[摘要] 可编程集群定期间隔短回归度（CRISPR）相关核酸酶9（Cas9）技术通过提供在所需位置切割基因组的有效方式，彻底改变了基因组编辑（Ledford，2015）。 在哺乳动物细胞中，DNA损伤触发易发生非同源末端连接（NHEJ）DNA修复机制。 然而，在DNA修复模板的存在下，可以发生同源性定向修复（HDR），导致病变部位的精确修复。 可以利用最后的方法，通过在修复模板上引入所需的基因组改变来实现精确的敲入变化。 在本协议中，我们描述了使用重组腺相关病毒（rAAV）在人细胞系中进行基于CRISPR-Cas9的C-末端标签序列敲入的长修复模板（> 200个核苷酸）的递送。
尽管有关CRISPR-Cas9产生的敲门模型系统的大量报告，敲门砖报告仍然落后。由于许多应用，产生敲入细胞系仍然是基因组编辑的明显目标。敲入改变的引入通常依赖于修复模板DNA的存在，并且在位点特异性双链（ds）DNA断裂被引入接近改变位点的基因组中后，HDR修复机制的激活。不同的模板可以传送到修复机器，范围从含有广泛同源区域和可选选择盒的经典线性化载体到约200个核苷酸的单链（ss）DNA寡核苷酸（Chen等人， ...
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| 3D Stroma Invasion Assay
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] We have developed a 3D co-culture system composed of fibroblasts and colorectal cancer cells that enables us to study the desmoplastic reaction. This method also enables us to study the influence of the desmoplastic reaction on the migration of colorectal cancer cells through the surrounding stroma. This protocol has been previously published (Coulson-Thomas et al., 2011) and is described here in more detail.
[摘要] 我们开发了一种由成纤维细胞和结肠直肠癌细胞组成的3D共培养系统，使我们能够研究脱发反应。这种方法还使我们能够研究脱发反应对结肠直肠癌细胞通过周围基质的迁移的影响。以前已经公布了该协议（Coulson-Thomas等人，2011），并且在此更详细地描述。
背景 癌症的进展依赖于癌细胞和周围细胞如成纤维细胞，炎性细胞和内皮细胞之间的复杂的串扰，其形成癌症微环境。成纤维细胞是主要的细胞外基质产生细胞并且负责组织的结构形成。肿瘤周围的成纤维细胞被癌细胞“激活”成肿瘤相关成纤维细胞（TAFs），并在肿瘤发生和转移中发挥关键作用。在一些癌症中，TAF上调细胞外基质表达，产生一种主要由胶原纤维和蛋白多糖组成的无组织基质，其影响癌细胞增殖，迁移和扩散。这被称为脱发反应，并且在癌细胞生长期间，不同的肿瘤可能表现出各种等级的发育不良。
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