| Detecting the Interaction of Double-stranded RNA Binding Protein, Viral Protein and Primary miRNA Transcript by Co-immunoprecipitation in planta
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) play important roles in plant growth, development, and response to infection by microbes. Double-stranded RNA binding protein 1 (DRB1) facilitates the processing of primary miRNA transcripts into mature miRNAs. Recently, we found that NS3 protein encoded by rice stripe virus (RSV) associates with DRB1 and promotes miRNA biogenesis during RSV infection (Zheng et al., 2017). RNA co-immunoprecipitation (RIP) method was applied to identity association patterns among DRB1, NS3, and miRNA transcript.
[摘要] 微小RNA（miRNA）在植物生长，发育和微生物感染反应中发挥重要作用。 双链RNA结合蛋白1（DRB1）有助于将初级miRNA转录物加工成成熟的miRNA。 最近，我们发现水稻条纹病毒（RSV）编码的NS3蛋白与DRB1相关并促进RSV感染期间的miRNA生物合成（Zheng等人，2017）。 RNA共免疫沉淀（RIP）方法被用于鉴定DRB1，NS3和miRNA转录物之间的关联模式。
【背景】在双链RNA（dsRNA）结合蛋白HYPONASTIC LEAVES1（DRB1 / HYL1）的帮助下，通过RNA酶III酶DICER-LIKE1（DCL1）从其初级转录物（pri-miRNA） 锌指蛋白SERRATE（SE）。 水稻条纹病毒（RSV）感染广泛地干扰miRNA积累。 我们发现RSV编码的非结构蛋白3（NS3）通过与水稻中的DRB1相互作用下调pri-miRNAs来促进miRNA积累（Zheng等人，2017）。 为了揭示NS3如何增强pri-miRNA的加工，我们使用免疫共沉淀（Co-IP）来说明NS3，DRB1和pri-miRNA体内的关系。 该协议有助于了解两种蛋白质和一种RNA转录本之间的关联模式。
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| Xanthomonas oryzae pv. oryzae Inoculation and Growth Rate on Rice by Leaf Clipping Method
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Bacterial blight caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is one of the most serious bacterial diseases and a major impediment to the increase of rice yield. Appropriate methods for inoculation of Xoo and disease scoring are necessary to investigate the nature of the disease and the mechanism of plant resistance to the pathogen. As the most-widely grown crop in the worldwide, rice yield plays an important role in food security. Uncovering mechanisms of plant-pathogen interaction of rice and Xoo will help develop rice plants that are more resistant to disease caused by Xoo. Here we describe our validated and efficient methods for inoculation of Xoo and disease scoring.
[摘要] 由黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）引起的细菌性病害pv。 Xoo ）是最严重的细菌性疾病之一，也是水稻产量增加的主要障碍。 用于接种“Xoo”和疾病评分的适当方法对于调查疾病的性质和植物对病原体的抗性的机制是必要的。 作为世界上种植最广泛的作物，水稻产量在粮食安全方面发挥重要作用。 水稻和Xoo的植物 - 病原体相互作用的揭示机制将有助于开发更易抵抗Xoo 引起的疾病的水稻植物。 在这里，我们描述了我们验证和有效的接种Xoo 和疾病评分的方法。
【背景】细菌性疾病是以黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）/ pv。 （Xoo ）侵入稻叶通过伤口，叶尖和边缘的开放和水平方向（Niño-Liu等人，2006） ）。在下层表皮的细胞间隙中增殖后，Xoo 通过木质部进入并传播到水稻植物中，导致长而灰白色的不透明坏死病变。病变长度和细菌生长率可以作为疾病进展的量度（Mew，1984;Niño-Liu等，2006）。适当的人工接种方法和疾病发生的评估对于调查疾病的性质和防治病原体的植物策略是必要的。 Mew（1984）简要总结了几种人造Xoo 接种方法，包括针刺，喷洒和叶片剪切，或用细菌悬浮液浸渍水稻的非叶片部分。叶片剪切方法最初是由Kauffman等人（1973）开发的，其使横切静脉暴露于Xoo 悬浮液，通过用Xoo切断叶片尖端， ...
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| Extraction, Purification and Quantification of Diffusible Signal Factor Family Quorum-sensing Signal Molecules in Xanthomonas oryzae pv. oryzae
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Bacteria use quorum-sensing (QS) systems to monitor and regulate their population density. Bacterial QS involves small molecules that act as signals for bacterial communication. Many Gram-negative bacterial pathogens use a class of widely conserved molecules, called diffusible signal factor (DSF) family QS signals. The measurement of DSF family signal molecules is essential for understanding DSF metabolic pathways, signaling networks, as well as regulatory roles. Here, we describe a method for the extraction of DSF family signal molecules from Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) cell pellets and Xoo culture supernatant. We determined the levels of DSF family signals using ultra-performance liquid chromatographic system (UPLC) coupled with accurate mass ...
[摘要] 细菌使用群体感知（QS）系统监测和调节其人口密度。细菌QS涉及作为细菌通信信号的小分子。许多革兰氏阴性细菌病原体使用一类广泛保守的分子，称为扩散信号因子（DSF）家族QS信号。 DSF家族信号分子的测量对于了解DSF代谢途径，信号网络以及调节作用至关重要。在这里，我们描述了从Xanthomonas oryzae pv提取DSF家族信号分子的方法。 （ Xoo ）细胞沉淀和Xoo 培养上清液。我们使用超高效液相色谱系统（UPLC）与准确的质量飞行时间质谱仪（TOF-MS）联合测定DSF家族信号的水平。在UPLC / MS系统的帮助下，DSF的检测限低至1μM，大大提高了在细菌培养和反应混合物中检测DSF DSF家族信号分子的能力。
背景 黄单胞菌属 oryzae pv。米糠X ae））））））））））y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y十二碳烯酸（DSF），顺式-2-十二碳烯酸（BDSF），顺式-10-甲基-2-十二碳烯酸（IDSF）和顺式<顺式 -11-甲基十二烷-2,5-二烯酸（CDSF），以调节毒力因子产生（图1）。 DSF家族信号的生物合成，感知和周转需要Xoo 中的rpf ...
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