| The RiboPuromycylation Method (RPM): an Immunofluorescence Technique to Map Translation Sites at the Sub-cellular Level
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] While isotopic labeling of amino acids remains the reference method in the field for quantifying translation rate, it does not provide any information on spatial localization of translation sites. The rationale behind developing the ribopuromycylation method (RPM) was primarily to map translation sites at the sub-cellular level while avoiding detection of newly synthesized proteins released from ribosomes. RPM visualizes actively translating ribosomes in cells via standard immunofluorescence microscopy in fixed and permeabilized cells using a puromycin-specific monoclonal antibody to detect puromycylated nascent chains trapped on ribosomes treated with a chain elongation inhibitor.
[摘要] 尽管氨基酸的同位素标记仍然是用于定量翻译速率的领域中的参考方法，但是其不提供关于翻译位点的空间定位的任何信息。 开发ribopuromycylation方法（RPM）的基本原理主要是在亚细胞水平上绘制翻译位点，同时避免检测从核糖体释放的新合成的蛋白质。 RPM通过使用嘌呤霉素特异性单克隆抗体的固定的和透化的细胞中的标准免疫荧光显微镜可视化主动翻译细胞中的核糖体以检测捕获在用链延长抑制剂处理的核糖体上的嘌呤化新生链。
【背景】几十年来，氨基酸的同位素标记被认为是研究蛋白质翻译的金标准。虽然这种方法已被证明是非常准确的评估翻译率，它没有提供翻译核糖体的位置信息。最近，氨基酸类似物使荧光检测新生链（Dieterich等人，2007）。然而，几乎所有检测到的信号都来自核糖体释放的多肽。我们最初的想法是开发一种方法来标记新生链，同时还束缚于翻译核糖体。
嘌呤霉素（PMY）是一种氨基糖苷类抗生素，模拟带电荷的tRNA Tyr并掺入核糖体A位点。因此，PMY通过核糖体催化 - ...
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| Chase Assay of Protein Stability in Haloferax volcanii
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Highly regulated and targeted protein degradation plays a fundamental role in almost all cellular processes. Determination of the protein half-life by the chase assay serves as a powerful and popular strategy to compare the protein stability and study proteolysis pathways in cells. Here, we describe a chase assay in Haloferax volcanii, a halophilic archaeon as the model organism.
[摘要] 高度调节和靶向的蛋白质降解在几乎所有的细胞过程中发挥重要作用。通过追踪测定法测定蛋白质半衰期是比较蛋白质稳定性和研究细胞中蛋白水解途径的有力和普遍的策略。在这里，我们描述了作为模型生物体的嗜盐古细菌Haloferax volcanii 中的追踪测定。
背景 在真核生物中，泛素蛋白酶体系统在高选择性和靶向性蛋白水解中起主要作用（Glickman and Ciechanover，2002）。最近的证据表明，小型古细菌泛素样修饰蛋白或SAMPs也起到了蛋白酶体破坏的靶向蛋白的作用（Maupin-Furlow，2014; Anjum等人，2015; Fu et al。 。，2016）。体内蛋白质半衰期的测量提供了研究蛋白水解途径的直接途径。环己酰胺追踪和脉冲追踪测定通常用于监测真核生物中靶向蛋白质的降解（Zhou，2004）。前一种方法用于确定放线菌酮抑制平移伸长后所有细胞蛋白的半衰期;而脉冲追踪测定法测量新合成（脉冲标记）蛋白质的周转率，而不干扰正常的细胞生长。与真核系统相比，确定古细菌中一种给定蛋白质半衰期的快速简便方法尚未明确。因此，我们开发了一种方案，用于测量盐爱好的考古Haloferax volcanii的体内蛋白质稳定性。使用翻译抑制剂（茴香霉素）和转录（放线菌素D）来最小化该古细菌中新蛋白质的合成。 ...
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