| Sequencing of Ebola Virus Genomes Using Nanopore Technology
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] Sequencing of virus genomes during disease outbreaks can provide valuable information for diagnostics, epidemiology, and evaluation of potential countermeasures. However, particularly in remote areas logistical and technical challenges can be significant. Nanopore sequencing provides an alternative to classical Sanger and next-generation sequencing methods, and was successfully used under outbreak conditions (Hoenen et al., 2016; Quick et al., 2016). Here we describe a protocol used for sequencing of Ebola virus under outbreak conditions using Nanopore technology, which we successfully implemented at the CDC/NIH diagnostic laboratory (de Wit et al., 2016) located at the ELWA-3 Ebola virus Treatment Unit in Monrovia, Liberia, during the recent Ebola virus ...
[摘要] 病毒基因组在疾病爆发期间的测序可以为诊断，流行病学和潜在对策的评估提供有价值的信息。然而，特别是在偏远地区，后勤和技术挑战可能很大。纳米孔测序提供了经典的Sanger和下一代测序方法的替代物，并且在爆发条件下成功使用（Hoenen等人，2016; Quick等人，2016 ）。在这里我们描述了用于在爆发条件下使用纳米孔技术对埃博拉病毒进行测序的方案，我们在CDC/NIH诊断实验室（de Wit等人，2016）成功地实施了ELWA- 3 确定病毒基因组的全长序列是必不可少的，因为它是在利比里亚蒙罗维亚的埃博拉病毒治疗股在最近在西非爆发的埃博拉病毒爆发期间。
<病毒学中的程序。虽然经典的方法涉及sanger测序后引物步行战略，较新的方法涉及使用下一代测序方法，如454，illumina或ion torrent技术。所有这些技术的常见问题，尽管它们的许多优点，是所需的仪器是大的，昂贵的，脆弱的，因此难以运输。此外，经常涉及文库制备程序。虽然在通常情况下这些问题没有什么影响，因为这些机器在具有优良基础设施的专门实验室中运行，在偏远地区的病毒爆发期间（例如在埃博拉病毒爆发的情况下），这可能造成重大问题，特别是在样品出口从受影响的地区到这些专门的实验室往往在政治和后勤方面具有挑战性。在这些情况下，可以容易和快速地部署到偏远地区，并允许在爆发区域直接进行测序的测序技术的可用性是非常有价值的。因此，我们已经在monrovia的elwa-3埃博拉病毒治疗单元的现场诊断实验室测试了minion测序装置，该装置当时正在由oxford="" nanopore="" technologies（ont）开发。（de="" wit等人，/em="">。，2016），并且制定了在这些条件下快速产生埃博拉病毒的全长序列的方案。该装置使用纳米孔，核苷酸链通过其以受控的方式运输。核苷酸阻断并因此调节流过这些孔的离子流，这取决于通过纳米孔的核苷酸的物理性质，并且这些电流调节通过装置测量并翻译成核苷酸序列。该测试的结果表明该技术确实显示出作为可快速部署和高度可用的测序平台的巨大前景，其在其他地方是可用的（Hoenen等人，2016），以及类似的使用与Quick自己的努力独立地执行的相同测序平台进行的测试。 （2016年）。
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| Quantification of Total and 2-LTR (Long terminal repeat) HIV DNA, HIV RNA and Herpesvirus DNA in PBMCs
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Author:
Date:
2015-06-05
[Abstract] Almost all individuals infected with human immunodeficiency virus (HIV) are also infected with cytomegalovirus (CMV) and Epstein Barr virus (EBV). The aims of our studies have included characterizing and measuring the latent HIV reservoir and understanding the association between asymptomatic replication of CMV (and other herpesvirus, including EBV) and this HIV reservoir (Gianella et al., 2014). This protocol was designed to simultaneously co-extract DNA and RNA from the same peripheral blood mononuclear cell (PBMC) aliquot and quantify HIV, CMV and EBV DNA, as well as HIV RNA using droplet digital PCR (ddPCR).
For collection and processing of male genital secretions and quantification of HIV RNA and DNA from seven human herpesviruses from seminal plasma, refer to ...
[摘要] 几乎所有感染人免疫缺陷病毒（HIV）的个体也被巨细胞病毒（CMV）和EB病毒（EBV）感染。 我们的研究的目的包括表征和测量潜伏的HIV库并且理解CMV（和其他疱疹病毒，包括EBV）的无症状复制与该HIV库之间的关联（Gianella等人，2014） 。 该方案设计为从相同的外周血单核细胞（PBMC）等分试样同时共提取DNA和RNA，并使用液滴数字PCR（ddPCR）定量HIV，CMV和EBV DNA以及HIV RNA。
关于男性生殖器分泌物的收集和处理以及来自七种人疱疹病毒的HIV RNA和DNA的定量，参见方案"Vacs RNA和人疱疹病毒DNA在Seminal血浆中的定量（Vargas-Meneses等人，2015）。
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