| Markerless Gene Editing in the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The advent of single cell genomics and the continued use of metagenomic profiling in diverse environments has exponentially increased the known diversity of life. The recovered and assembled genomes predict physiology, consortium interactions and gene function, but experimental validation of metabolisms and molecular pathways requires more directed approaches. Gene function–and the correlation between phenotype and genotype is most obviously studied with genetics, and it is therefore critical to develop techniques permitting rapid and facile strain construction. Many new and candidate archaeal lineages have recently been discovered, but experimental, genetic access to archaeal genomes is currently limited to a few model organisms. The results obtained from manipulating the genomes of ...
[摘要] 单细胞基因组学的出现以及在不同环境中宏基因组分析的持续使用已经成倍地增加了已知的生命多样性。恢复和组装的基因组预测生理，财团相互作用和基因功能，但代谢和分子途径的实验验证需要更直接的方法。基因功能 - 表型和基因型之间的相关性用遗传学得到最明显的研究，因此开发允许快速和容易地构建应变的技术是至关重要的。最近已经发现了许多新的和候选的古细菌谱系，但是对古细菌基因组的实验性，遗传途径目前仅限于一些模式生物。操纵这些基因可获得的生物的基因组所获得的结果已经对我们对古菌生理和信息处理系统的理解产生了深远的影响，这些持续的研究也有助于解决生命树的系统发育重建。超嗜热，浮游，海洋异养古细菌Thermococcus kodakarensis已经成为理想的遗传系统，其具有一系列可用于增加或减少编码活性的技术或修饰基因在体内的表达 。我们在这里概述一些技术，可以快速，无标记地删除单个，或者重复删除几个连续的从 T的序列。 kodakarensis 基因组。我们的程序包括构建转化所必需的质粒DNA的细节，所述质粒DNA通过同源重组指导整合到基因组中，鉴定已经整合了质粒序列的菌株（称为中间菌株）和确认质粒切除，导致最终菌株中的目标基因。可以使用几乎相同的程序来修饰而不是删除基因组基因座。
【背景】古细菌常常在看起来荒凉和迅速变化的环境中繁衍生息。古菌基因组的分析揭示了大量的代谢策略，预测了复杂和高度相互依赖的基因表达的调控网络，并揭示了许多基因，其蛋白质和日益稳定的RNA产物缺乏确定的功能。通过遗传操作挑战现有的和定义新的途径的能力已经辅助了古细菌生理学和信息处理系统的去卷积，并且最近开放了古细菌物种到合成和系统级的方法来定义细胞内和细胞间网络。 ...
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| Pathogenicity Assay of Verticillium nonalfalfae on Hop Plants
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Verticillium nonalfalfae is a soil-borne plant pathogen that infects its hosts through roots. It spreads in the plant’s xylem and causes wilt disease symptoms by secreting different virulence factors. Hop (Humulus lupulus) is a primary host of V. nonalfalfae, so it is used as a model plant for studying this phytopathogenic fungus. Artificial infections of hop plants and disease scoring are prerequisites for studying the pathogen’s virulence/pathogenicity and its interaction with hop plants. In this protocol, we describe the root dipping inoculation method for conducting pathogenicity assay of V. nonalfalfae on hop plants.
[摘要] 苜蓿轮枝菌是一种土壤传播的植物病原体，通过根感染其宿主。它传播在植物的木质部，并通过分泌不同的毒力因子引起枯萎病症状。 Hop（umulus lupulus）是V主要的主机。非苜蓿，因此它被用作研究这种植物病原真菌的示范植物。啤酒植物的人工感染和疾病评分是研究病原体的毒力/致病性及其与啤酒花植物的相互作用的先决条件。在该方案中，我们描述了用于进行V的致病性测定的根浸渍接种方法。非苜蓿植物。
背景 轮枝孢属 spp。感染400多种不同的宿主植物，每个物种都有自己的宿主范围。主要的主持人。非苜蓿是跳。然而，跳跃具有用作致病性测定的测试植物的几个缺点;例如，它是一种多年生植物，需要经历休眠阶段。因此，从春季到夏末，植物只能用于几年的致病性测定。 Hop品种在温室中作为软木切片繁殖繁殖，或作为从砧木的休眠扦插。种子是通过交叉雌性和雄性植物获得的，并且仅用于育种目的。根浸渍接种方法已被广泛应用于轮枝孢属菌株的致病性测定。在其他植物宿主上，例如，番茄（Fradin等人，2009），N。 （Klosterman等人，2011）和拟南芥拟南芥（Ellendorff等人，2009）。
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| Xylem Sap Extraction Method from Hop Plants
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Verticillium wilt is one of the most important diseases on hop that significantly influence continuation of production on affected areas. It is caused by the soil borne vascular pathogen Verticillium nonalfalfae, which infects plants through the roots and then advances through the vascular (xylem) system. During infection, V. nonalfalfae secretes many different virulence factors. Xylem sap of infected plants is therefore a rich source for investigating the molecules that are involved in molecular interactions of Verticillium – hop plants. This protocol provides instructions on how to infect hop plants with V. nonalfalfae artificially and how to obtain xylem sap from hop plants.
[摘要] 黄萎病是最重要的疾病之一，对受影响地区的生产继续产生重大影响。它是由土壤传播的血管病原体疣黄萎病引起的，其通过根感染植物，然后通过血管（木质部）系统前进。感染期间，非苜蓿科分泌许多不同的毒力因子。因此感染植物的木质部汁液因此是调查涉及轮枝孢属植物的分子相互作用的分子的丰富来源。该协议提供有关如何用V感染啤酒花植物的说明。人工制备非苜蓿，如何从啤酒花植物获得木质部汁液。
背景 从植物中提取木质部汁液主要用于木质部汁液蛋白质组学的研究，并且已经使用各种方法从植物木质部组织中提取汁液。 Buhtz等人。 （2004）使用手持式移液器从切割的植物茎收集木质部汁液，用于比较不同植物（西兰花，油菜，南瓜和黄瓜）中的木质部蛋白质组。采用相同的方法从欧洲油菜中收集木质部汁液（Kehr等，2005），芸苔属（Ligat et al。，et al。 al。，2011）和大豆（Subramanian等人，2009）。 Alvarez等人。 （2006）使用“根压力”提取玉米木质部汁液蛋白质组，如Goodger等人所述。 （2005）。 Dafoe和Constabel（2009）使用安装在木材上的Tygon管，从混合杨树收集木质部汁液，并且不施加额外的压力。关于木质部汁液的蛋白质含量的信息也适用于苹果，梨和桃子（Biles and ...
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