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Petri dishes 100 mm

Fisherbrand TM培养皿和透明盖子

Company: Fisher Scientific
Catalog#: FB0875713
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Observing Nutrient Gradients, Gene Expression and Growth Variation Using the "Yeast Machine" Microfluidic Device
Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract]  The natural environment of microbial cells like bacteria and yeast is often a complex community in which growth and internal organization reflect morphogenetic processes and interactions that are dependent on spatial position and time. While most of research is performed in simple homogeneous environments (e.g., bulk liquid cultures), which cannot capture full spatiotemporal community dynamics, studying biofilms or colonies is complex and usually does not give access to the spatiotemporal dynamics at single cell level. Here, we detail a protocol for generation of a microfluidic device, the “yeast machine”, with arrays of long monolayers of yeast colonies to advance the global understanding of how intercellular metabolic interactions affect the internal structure of colonies ... [摘要]  [摘要 ] 微生物细胞(如细菌和酵母菌)的自然环境通常是一个复杂的社区,在该社区中,生长和内部组织反映了形态发生过程和相互作用,这些过程和相互作用取决于空间位置和时间。虽然大多数研究是在无法捕获完整时空群落动态的简单同质环境(例如,大量液体培养)中进行的,但研究生物膜或菌落却很复杂,通常无法在单个细胞水平上获得时空动态。在这里,我们详细介绍了一种用于生成微流控设备(“酵母机器”)的协议,该协议带有酵母菌落的长单层阵列,以推进对细胞间代谢相互作用如何影响已定义和可定制的空间尺寸内菌落内部结构的全球了解。以酿酒酵母作为模型酵母系统,我们使用“酵母机器”通过追踪荧光标记的己糖转运蛋白来证明葡萄糖梯度的出现。我们进一步量化了菌落内生长速率的表达空间模式和葡萄糖可利用性调控的其他基因的表达。除此之外,我们显示出氨基酸的梯度也在菌落内形成,潜在地打开了类似的方法来研究许多其他营养物和代谢废物的梯度的时空形成。该方法将来可用于在与生态学和进化有关的单细胞分辨率和时标下,破译其他相同物种或更复杂的多物种系统中的远程代谢相互作用,细胞发育和形态发生之间的相互作用。

[背景 ] ...

Using Stable Isotopes in Bone Marrow Derived Macrophage to Analyze Metabolism
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract]  Using gas chromatography mass spectrometry (GC-MS) to analyze the citric acid cycle (CAC) and related intermediates (such as glutamate, glutamine, GABA, and aspartate) is an analytical approach to identify unexpected correlations between apparently related and unrelated pathways of energy metabolism. Intermediates can be as expressed as their absolute concentrations or relative ratios by using known amounts of added reference standards to the sample. GC-MS can also distinguish between heavy labeled molecules (2H- or 13C-labeled) and the naturally occurring most abundant molecules. Applications using tracers can also assess the turnover of specific metabolic pools under various physiological and pathological conditions as well as for pathway discovery.

The ...
[摘要]  使用气相色谱质谱(GC-MS)分析柠檬酸循环(CAC)和相关中间体(如谷氨酸,谷氨酰胺,GABA和天冬氨酸)是一种分析方法,用于识别明显相关和不相关的能量途径之间的意外相关性代谢。通过使用已知量的样品添加的参考标准,中间体可以表示为它们的绝对浓度或相对比例。 GC-MS还可以区分重标记分子( 2 H-或 13 C-标记的)和天然存在的最丰富的分子。使用示踪剂的应用还可以评估在各种生理和病理条件下以及用于途径发现的特定代谢池的周转。

以下方案是一种相对简单的方法,不仅对小浓度的代谢中间体敏感,而且还可以 in vivo 或 in vitro 用于确定各种新陈代谢的完整性途径,如特定代谢物池内的通量变化。我们使用该协议来确定磷酸烯醇丙酮酸羧激酶1 ( Pck1 )基因在小鼠巨噬细胞中的作用,以确定 13 C将葡萄糖标记为特定的CAC代谢物库

【背景】随着细胞和小鼠中基因表达改变的发展,需要了解这些缺失或过表达的基因如何影响代谢途径的调节。在该方案中,我们使用稳定同位素来确定进入CAC的葡萄糖通量如何改变葡萄糖对柠檬酸盐,琥珀酸盐和苹果酸盐的贡献。使用稳定同位素和目标分析代谢只是在细胞培养中使用稳定同位素的一个好处。

本方案中描述的用于细胞内代谢物功能定量的方法是通过在U- 13 ...

Ty1 Retrotransposition Frequency Assay Using a Chromosomal Ty1his3AI or Ty1kanMXAI Element
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract]  Here I describe a simple genetic assay to determine the frequency of retrotransposition of a single chromosomal Ty1 element that is marked with the retrotransposition indicator gene, his3AI or kanMXAI. The assay is used to determine the effect of mutations or environmental conditions on the frequency of Ty1 retrotransposition in the yeast, Saccharomyces cerevisiae. [摘要]  在这里,我描述了一个简单的基因测定,以确定单个染色体Ty1元件的逆转录频率,该元件用逆转录指示基因 his3AI 或 kanMXAI 标记。 该测定用于确定突变或环境条件对酵母中的Ty1逆转录频率的影响, Saccharomyces cerevisiae 。

【背景】Ty1是长末端重复(LTR)反转录转座子,其在结构上和进化上与逆转录病毒相关。当Ty1 RNA在细胞质病毒样颗粒内逆转录时,Ty1的逆转录发生,导致cDNA的合成,转运回细胞核并整合到其宿主的基因组中(Boeke et al。 ,1985; Garfinkel et al。,1985)。整合的Ty1元件包含两个相同方向的LTR,位于两个开放阅读框的侧翼: GAG ,它编码形成病毒样颗粒并结合Ty1 RNA的结构蛋白, POL ,它编码三种酶蛋白 - 蛋白酶,逆转录酶和整合酶(图1)。 Ty1元素是 S中所有五个LTR-反转录转座子家族中最活跃和最丰富的转录。酵母。 Ty1已被证明受数百种基因,几种不同的环境条件和各种DNA损伤剂的调节(Curcio et ...

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