| Murine Acute Pneumonia Model of Pseudomonas aeruginosa Lung Infection
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Animal infection models play significant roles in studying bacterial pathogenic mechanisms, host pathogen interaction as well as evaluating drug and vaccine efficacies. We have been utilizing an acute pneumonia model to study bacterial colonization in lungs and assess virulence to the host by determination of bacterial loads and survival assays, as well as examine the bacterial gene expression in vivo. Additionally, the host's immune response to the pathogen can be explored through this infection model.
[摘要] [摘要]动物感染模型在研究细菌致病机理，宿主病原体相互作用以及评估药物和疫苗效力方面起着重要作用。我们一直在利用急性肺炎模型来研究肺中的细菌定植并通过确定细菌载量和存活率分析来评估对宿主的毒力，以及检查体内细菌基因的表达。另外，可以通过这种感染模型探索宿主对病原体的免疫反应。
[背景]急性肺炎是指微生物病原体对肺部的急性感染。特别是医院获得性肺炎，通常是由耐多药病原体引起的，难以治疗。引起肺炎的常见细菌是铜绿假单胞菌，肺炎链球菌，A组链球菌，鲍曼不动杆菌，肺炎克雷伯菌，金黄色葡萄球菌和肺炎支原体（Ravi Kumar等，2018）。要制定有效的预防和治疗策略，了解细菌如何感测和适应宿主体内环境并抵消宿主免疫清除至关重要。目前，Ť这里有3吨肺炎模型YPES ：一重击急性肺炎模型，呼吸机相关性肺炎模型和琼脂珠肺炎模型（比伦等人。，2017）。本文提到的模型属于单发性急性肺炎模型。有两种感染方法，一种是将细菌悬浮液直接注入气管或肺部。在这里，我们报道了另一种通过鼻孔接种细菌的方法，该方法相对容易实施。
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| Evaluation of the Efficiency of Genome Editing Tools by a Frameshift Fluorescence Protein Reporter
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Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract] In the last decade, genome editing has been the center of attention as a novel tool for mechanistic investigations and for potential clinical applications. Various genome editing tools like meganucleases, zinc finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector-based nucleases (TALEN), and the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-associated genes (Cas), have been developed in recent years. For the optimal use as well as continued developments of these genome editing tools, the evaluation of their efficiencies and accuracies is vital. Here, we present a protocol for a reporter based on frameshift fluorescence protein which we recently developed to evaluate the efficiency and accuracy of genome editing tools. In this method, a ~20 bp target sequence ...
[摘要] [摘要] 在过去的十年中，基因组编辑作为一种机制研究和潜在临床应用的新工具已成为关注的焦点。近年来，已开发出各种基因组编辑工具，例如大范围核酸酶，锌指核酸酶（ZFN），转录激活子样基于效应子的核酸酶（TALEN）以及成簇的规则间隔的短回文重复序列（CRISPR）相关基因（Cas）。 。对于这些基因组编辑工具的最佳使用和持续发展，评估其效率和准确性至关重要。在这里，我们介绍了一种基于移码荧光蛋白的报告子方案，我们最近开发了该方案以评估效率和 基因组编辑工具的实用性。在这种方法中，在天蓝色荧光蛋白（CFP）的起始密码子后插入一个约20 bp的包含移码的靶序列，以使其荧光失活，并且只有新的插入/缺失事件会重新激活CFP 荧光。 。为了增加可追溯性，将内部核糖体进入位点和红色荧光蛋白mCherryFP 放置在报告子的下游。由in / del介导的荧光恢复产生的CFP阳性细胞的百分比可以通过荧光测量装置定量，作为基因组编辑频率的读数。作为演示，我们在这里介绍CRISPR-Cas9技术的使用以及流式细胞仪作为荧光变化的读数。
[背景] 基因组编辑工具对于生物学机制的研究以及遗传疾病的预防和/或治疗非常重要（Maeder和Gersbach，2016）。在最近的几十年中，引入了几种基因组编辑工具，包括大范围核酸酶（Epinat 等，2003），锌指核酸酶（ZFN）（Kim ...
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| Extraction of RNA from Recalcitrant Tree Species Paulownia elongata
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Isolation of pure RNA is the basic requisite for most molecular biology work. Plants contain polyphenols and polysaccharides, which can interfere with isolation of pure RNA from them. Especially hardwood tree species like Paulownia elongata have surplus amount of RNA-binding alkaloids, proteins and secondary metabolites that can further complicate the process of RNA extraction. Paulownia elongata is a fast-growing tree species which is known for its role in environmental adaptability and biofuel research. Here we describe an economical, efficient and time-saving method (2 h) to extract RNA from leaf tissues of the tree Paulownia elongata. Lack of DNA contamination and good RNA integrity were confirmed using RNA Gel electrophoresis. The purity of RNA was ...
[摘要] 纯RNA的分离是大多数分子生物学工作的基本要求。植物含有多酚和多糖，它们可以干扰从它们中分离纯RNA。特别是像泡桐（Paulownia elongata）这样的硬木树种具有过量的RNA结合生物碱，蛋白质和次级代谢物，这些可以进一步使RNA提取过程复杂化。 泡桐（Paulownia elongata）是一种快速生长的树种，以其在环境适应性和生物燃料研究中的作用而闻名。在这里，我们描述了一种经济，有效和省时的方法（2小时）从树的叶组织中提取RNA 泡桐（Paulownia elongata）。使用RNA凝胶电泳证实缺乏DNA污染和良好的RNA完整性。使用Nanodrop分光光度计确认RNA的纯度，其显示A 260 ：A 280 比率为约2.0。纯化的RNA成功用于下游应用，例如RT-PCR（逆转录PCR）和qPCR（定量PCR）。该方法可用于从其他几种顽拗型树种中提取RNA。
【背景】泡桐是一种广泛分布的树，属于泡桐科（Zhu et al。，1986）。它以其高适应性和快速增长率而闻名（Chaires et al。，2017）。由于其高稳定性，低导热性，腐烂和腐烂抗性等，泡桐木材正在受到来自世界各地的需求。（Ayrilmis和Kaymakci，2013）。除此之外， P.还已知细菌对各种生物和非生物胁迫具有耐受性（Chaires et ...
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