| In vitro AMPylation Assays Using Purified, Recombinant Proteins
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Post-translational protein modifications (PTMs) orchestrate the activity of individual proteins and ensure their proper function. While modifications such as phosphorylation or glycosylation are well understood, more unusual modifications, including nitrosylation or AMPylation remain comparatively poorly characterized. Research on protein AMPylation–which refers to the covalent addition of an AMP moiety to the side chains of serine, threonine or tyrosine–has undergone a renaissance (Yarbrough et al., 2009; Engel et al., 2012; Ham et al., 2014; Woolery et al., 2014; Preissler et al., 2015; Sanyal et al., 2015; Truttmann et al., 2016; Truttmann et al., 2017). The identification and characterization of filamentation ...
[摘要] 翻译后蛋白质修饰（PTM）协调各种蛋白质的活性并确保其功能正常。虽然诸如磷酸化或糖基化的修饰被很好地理解，但是更不寻常的修饰，包括亚硝基化或AMP化仍然比较差的表征。关于蛋白质AMP化的研究 - 其是将AMP部分共价加成到丝氨酸，苏氨酸或酪氨酸的侧链，已经经历了复兴（Yarbrough et al。，2009; Engel et al。 2012年; Ham等人，2014年; Woolery等人，2014年; Preissler等人，2015年; ; Sanyal等人，2015; Truttmann等人，2016; Truttmann等人，2017）。鉴定和表征含丝状（fic）结构域的AMPylases引起了对该PTM的新兴趣（Kinch等人，2009; Yarbrough等人，2009）。基于最近的体内和体外研究，我们现在知道分泌的细菌AMPylase共价连接AMP到Rho家族GTP酶的成员，而后生动物AMPylases修饰HSP70家族蛋白在细胞质和内质网（ER）（Itzen等人，2011; Hedberg和Itzen，2015; Truttmann和Ploegh，2017）。认为AMP化学将HSP70置于不能参与蛋白质重折叠反应的引发剂但瞬时失活的状态（Preissler等人，2015）。 ...
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| RNA Capping by Transcription Initiation with Non-canonical Initiating Nucleotides (NCINs): Determination of Relative Efficiencies of Transcription Initiation with NCINs and NTPs
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] It recently has been established that adenine-containing cofactors, including nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+), reduced nicotinamide adenine dinucleotide (NADH), and 3’-desphospho-coenzyme A (dpCoA), can serve as ‘non-canonical initiating nucleotides’ (NCINs) for transcription initiation by bacterial and eukaryotic cellular RNA polymerases (RNAPs) and that the efficiency of the reaction is determined by promoter sequence (Bird et al., 2016). Here we describe a protocol to quantify the relative efficiencies of transcription initiation using an NCIN vs. transcription initiation using a nucleoside triphosphate (NTP) for a given promoter sequence.
[摘要] 最近已经确定，含有腺嘌呤的辅因子，包括烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD +），还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）和3'-脱磷酸辅酶A（dpCoA）可以作为“非规范起始核苷酸” NCIN），用于通过细菌和真核细胞RNA聚合酶（RNAP）进行转录起始，并且通过启动子序列确定反应的效率（Bird等，2016）。 在这里，我们描述了使用NCIN与使用三磷酸核苷（NTP）对于给定启动子序列的转录起始来定量转录起始的相对效率的方案。
【背景】在细菌，古细菌和真核生物中的转录由序列，结构和机制保守的多亚基RNA聚合酶（RNAPs）进行（Ebright，2000; Lane和Darst，2010）。为了启动转录，RNAP与一个或多个引发因子一起结合称为“启动子”的特异性DNA序列，并解开启动子DNA以形成含有未解链“转录泡”的RNAP启动子开放复合物（RPo）（图1A; Ruff等人，2015）。 RNAP然后通过扩增（“剔除”）或收缩（“抗锯齿”）转录起始点来选择转录起始位点，以将转录起始位点的核苷酸置于RNAP活性中心起始位点（“i位点”）和扩增位点'i + 1位点'）结合i位点的互补起始核苷酸底物和“i + 1”位点的互补延伸底物，并催化磷酸二酯键形成产生初始RNA产物（Winkelman等， 2016）。
在标准的从头转录启动中，起始底物是核苷三磷酸（NTP），通常为ATP或GTP（Nickels ...
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| Heterochronic Pellet Assay to Test Cell-cell Communication in the Mouse Retina
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Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] All seven retinal cell types that make up the mature retina are generated from a common, multipotent pool of retinal progenitor cells (RPCs) (Wallace, 2011). One way that RPCs know when sufficient numbers of particular cell-types have been generated is through negative feedback signals, which are emitted by differentiated cells and must reach threshold levels to block additional differentiation of that cell type. A key assay to assess whether negative feedback signals are emitted by differentiated cells is a heterochronic pellet assay in which early stage RPCs are dissociated and labeled with BrdU, then mixed with a 20-fold excess of dissociated differentiated cells. The combined cells are then re-aggregated and cultured as a pellet on a membrane for 7-10 days in vitro. During ...
[摘要] 构成成熟视网膜的所有七种视网膜细胞类型都是由普通的多能视网膜祖细胞池（RPC）产生的（Wallace，2011）。已经产生足够数量的特定细胞类型的RPC知道的一种方式是通过负反馈信号，其由分化细胞发射并且必须达到阈值水平以阻止该细胞类型的额外分化。评估负反馈信号是否由分化细胞发出的关键测定是异源沉淀测定，其中早期RPC被解离并用BrdU标记，然后与20倍过量的解离的分化细胞混合。然后将组合的细胞再次聚集并在细胞膜上培养7-10天。在这段时间内，RPC将会分化，BrdU + RPC的命运可以使用细胞类型特异性标记进行评估。开发这种沉淀测定的研究人员最初表明，当两种细胞类型混合在一起时，新生儿RPC与胚胎RPC相比，在加速进度条件下产生杆（Watanabe和Raff，1990; Watanabe等，1997）。我们已经使用这种测定来证明我们发现作为视网膜神经节细胞（RGC）分化的负调节物的声刺猬（Shh）促进RPC增殖（Jensen和Wallace，1997; Ringuette等，2014）。最近我们修改了异质性沉淀测定法，以评估视网膜无长突细胞的反馈信号的作用，将转化生长因子β2（Tgfβ2）鉴定为负反馈信号，并将Pten作为Tgfβ2应答的调节剂（Ma et al。，2007 ; ...
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