| In vitro Assay to Assess Efficacy of Potential Antiviral Compounds against Enterovirus D68
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] In 2014 enterovirus D68 (EV-D68) caused the largest outbreak in the United States since the discovery of the virus. Distinct from before, the 2014 infections were associated with more severe respiratory disease and occasional neurological complications. So far, there are no available vaccines or antivirals for the prophylaxis or treatment of EV-D68 infections. In order to evaluate the antiviral activity of potential inhibitors of EV-D68 replication, a cell-based cytopathic effect (CPE) reduction assay was developed (Sun et al., 2015).
[摘要] 2014年肠病毒D68（EV-D68）自发现病毒以来，在美国引起了最大的爆发。与之前不同的是，2014年感染与更严重的呼吸道疾病和偶尔的神经系统并发症有关。到目前为止，还没有可用的疫苗或抗病毒药物用于预防或治疗EV-D68感染。为了评估EV-D68复制潜在抑制剂的抗病毒活性，开发了基于细胞的细胞病变效应（CPE）降低测定法（Sun等，2015）。
背景 作为新出现的病原体，以前很少报道靶向EV-D68的抗病毒化合物。迫切需要建立和开发抗病毒方法来对抗潜在的EV-D68流行病。在这里，我们报告一个详细的方案，可用于识别选择性抗EV-D68化合物。为了筛选和鉴定潜在的抗病毒化合物，基于MTS的CPE降解测定法是可重复使用的，易于使用和省时的方法，被广泛使用。该方法依赖于化合物抑制EV-D68诱导的CPE降低的能力。当化合物主动抑制EV-D68的复制时，病毒诱导的CPE将被减少或不存在。因此，代谢活性细胞能够将黄色四唑盐底物（MTS / PMS）转化为棕色甲an制品。当化合物不具有抗病毒作用时，宿主细胞死于病毒诱导的CPE，其将缺乏代谢活性，并且黄色底物保持未代谢。比色转化是定量的，因为可以从该测定产生的数据计算EC 50。
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| Synthetic Lethality Screens Using RNAi in Combination with CRISPR-based Knockout in Drosophila Cells
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Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] A synthetic lethal interaction is a type of genetic interaction where the disruption of either of two genes individually has little effect but their combined disruption is lethal. Knowledge of synthetic lethal interactions can allow for elucidation of network structure and identification of candidate drug targets for human diseases such as cancer. In Drosophila, combinatorial gene disruption has been achieved previously by combining multiple RNAi reagents. Here we describe a protocol for high-throughput combinatorial gene disruption by combining CRISPR and RNAi. This approach previously resulted in the identification of highly reproducible and conserved synthetic lethal interactions (Housden et al., 2015).
[摘要] 合成的致死相互作用是一种遗传相互作用，其中两种基因之一的破坏单独具有影响，但它们的组合破坏是致命的。有关合成致死相互作用的知识可以帮助阐明网络结构和确定人类疾病如癌症的候选药物靶标。在果蝇中，组合基因破坏已经通过组合多个RNAi试剂而实现。这里我们通过组合CRISPR和RNAi来描述高通量组合基因破坏的协议。这种方法以前导致了高度可重现和保守的合成致死相互作用的识别（Housden等人，2015）。
背景 遗传相互作用的知识，如合成致死性，对于确定基因之间的功能关系可能是无价的。例如，酵母中的大规模遗传相互作用屏幕最近被用于组装全球“细胞功能的接线图”（Costanzo等人，2016）。或者，可以使用特定类型的遗传相互作用，例如合成致死相互作用来鉴定包括癌症在内的疾病的药物靶标（Kaelin，2005）。
＆nbsp;鉴定合成相互作用需要组合破坏两个基因。以前在果蝇细胞培养中实现该方法的方法是同时递送多个dsRNA试剂（例如，Fisher等人，2015）。然而，RNAi试剂具有局限性，包括脱靶效应和不完全靶标敲低，当多个试剂一起递送时，RNAi试剂复合。通过将CRISPR诱变与单个dsRNA处理相结合，可以避免这些问题，从而更简单地解释筛选结果并强化“点击”识别。
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