| Total RNA Extraction from Dinoflagellate Symbiodinium Cells
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Dinoflagellates are unicellular algae that can have photosynthetic or nonphotosynthetic lifestyles. Dinoflagellates in the genus Symbiodinium can enter endosymbiotic associations with corals, providing the metabolic basis for the highly productive and biologically diverse coral-reef ecosystems (Hoegh-Guldberg, 1999), as well as with other cnidarians, including sea anemones and jellyfish, and non-cnidarian hosts (Trench, 1993; Lobban et al., 2002; Mordret et al., 2016).
Here, I describe a protocol for isolating total RNA from Symbiodinium cells.
[摘要] 鞭毛藻是单细胞藻类，可以有光合或非光合生活方式。 Symbiodinium属中的甲藻类可以与珊瑚进入内共生关系，为高生产力和生物多样性珊瑚礁生态系统提供代谢基础（Hoegh-Guldberg，1999），以及其他的cnidarians，包括 海葵和海蜇，以及非刺猬寄主（Trench，1993; Lobban等人，2002; Mordret等人，2016）。
在这里，我描述了从Symbiodinium细胞中分离总RNA的方案。
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| High Dimensional Functionomic Analysis of Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells at a Single Cell Level
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] The ability to conduct investigation of cellular transcription, signaling, and function at the single-cell level has opened opportunities to examine heterogeneous populations at unprecedented resolutions. Although methods have been developed to evaluate high-dimensional transcriptomic and proteomic data (relating to cellular mRNA and protein), there has not been a method to evaluate corresponding high-dimensional functionomic data (relating to cellular functions) from single cells. Here, we present a protocol to quantitatively measure the differentiation potentials of single human hematopoietic stem and progenitor cells, and then cluster the cells according to these measurements. High dimensional functionomic analysis of cell potential allows cell function to be linked to molecular ...
[摘要] 在单细胞水平进行细胞转录，信号传导和功能调查的能力为以前所未有的决议研究异质人群开启了机会。 尽管已经开发了评估高维转录组学和蛋白质组学数据（与细胞mRNA和蛋白质有关）的方法，但尚未有方法从单个细胞评估相应的高维功能组学数据（与细胞功能有关）。 在这里，我们提出了一种方案来定量测量单个人造血干细胞和祖细胞的分化潜能，然后根据这些测量结果聚集细胞。 细胞电位的高维功能组分析允许细胞功能与相同祖细胞群体内的分子机制相关联。
【背景】单细胞水平的细胞转录，信号传导和功能单细胞测量技术的发展，以及流式细胞仪等先前存在的技术的发展，使得新镜头能够检测复杂的异质群体。这些方法产生大量数据，这可以借助于降维算法来解释，如使用Mpath，Monocole，PCA，Wishbone或扩散图算法在单细胞RNA-Seq上所示的（Paul等， 2016年;参见 et al。，2017），以及使用tSNE或PhenoGraph的CyTOF（Amir et al。，2013; Levine et al 。，2015）。
我们开发了这个协议，以允许在单细胞环境中对造血祖细胞的大规模培养物进行功能分析和随后的降维。在这个协议中，我们描述了在细胞因子的基质细胞培养物中培养人CD34 ...
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| Measurement of Intracellular ROS in Caenorhabditis elegans Using 2’,7’-Dichlorodihydrofluorescein Diacetate
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Reactive oxygen species (ROS) are generated during normal metabolic processes under aerobic conditions. Since ROS production initiates harmful radical chain reactions on cellular macromolecules, including lipid peroxidation, DNA mutation, and protein denaturation, it has been implicated in a wide spectrum of diseases such as cancer, cardiovascular disease, ischemia-reperfusion and aging. Over the past several decades, antioxidants have received explosive attention regarding their protective potential against these deleterious reactions. Accordingly, many analytical methodologies have been developed for the evaluation of the antioxidant capacity of compounds or complex biological samples. Herein, we introduce a simple and convenient method to detect in vivo intracellular ROS ...
[摘要] 在有氧条件下的正常代谢过程中产生活性氧物质（ROS）。 由于ROS产生会引起细胞大分子的有害自由基连锁反应，包括脂质过氧化反应，DNA突变和蛋白质变性，因此它已涉及多种疾病，如癌症，心血管疾病，缺血再灌注和衰老。 在过去的几十年中，抗氧化剂已经受到爆炸性的关注，因为它们对这些有害反应具有保护作用。 因此，已经开发了许多分析方法用于评估化合物或复杂生物样品的抗氧化能力。 在此，我们介绍了使用2'，7'-二氯荧光素二乙酸盐（H 2），在线虫体内用光度计检测体内细胞内ROS水平的简单方便的方法。 DCFDA），一种细胞渗透性示踪剂。
【背景】已经广泛地使用荧光探针2'，7'-二氯荧光素二乙酸酯（H 2 DCFDA）原位检测活体内细胞内活性氧簇（ROS）水平由在氧化应激和相关疾病领域工作的研究人员提供。非极性和非离子型探针H 2 DCFDA可以容易地穿透细胞膜并且被酯酶酶促脱乙酰化。该生物化学反应将H 2 DCFDA转化成非荧光化合物H 2 DCF，然后将其迅速氧化成高度荧光的2'，7'-二氯荧光素（DCF） ROS的存在（图1A）。因此，来自H 2 ...
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