| Confocal Microscopy of Reovirus Transport in Living Dorsal Root Ganglion Neurons
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] Neurotropic reoviruses repurpose host machinery to traffic over long distances in neuronal processes and access distal replication sites. Understanding mechanisms of neuronal transmission is facilitated by using simplified in vitro primary neuronal culture models. Advances in the design of compartmentalized microfluidic devices lend robustness to neuronal culture models by enabling compartmentalization and manipulation of distinct neuronal processes. Here, we describe a streamlined methodology to culture sensory neurons dissociated from dorsal root ganglia of embryonic rats in microfluidic devices. We further describe protocols to exogenously label reovirus and image, track, and analyze transport of single reovirus particles in living neurons. These techniques can be adapted to study ...
[摘要] [摘要] 嗜神经性呼肠孤病毒重新利用宿主机器在神经元过程中进行长距离的传输，并进入远端复制部位。简化的体外原代神经元培养模型有助于理解神经元传递机制。室化微流控装置设计的进展使得不同的神经元过程能够被划分和操作，从而为神经元培养模型提供了稳健性。在这里，我们描述了一种在微流控装置中培养胚胎大鼠背根神经节分离的感觉神经元的方法。我们进一步描述了外源性标记呼肠孤病毒的方法，并对单个呼肠孤病毒粒子在活神经元中的转运进行了成像、跟踪和分析。这些技术可应用于研究其他嗜神经病毒的轴突定向转运以及参与信号传导和病理学的神经因子。
[背景]来自不同家族的病毒，包括黄病毒科、疱疹病毒科、小角RNA病毒科和弹状病毒科，突破神经系统的保护屏障，造成严重的疾病和经济负担（Koyuncu等人，2013年；Bohmwald等人，2018年；Tyler，2018年）。哺乳动物正呼肠孤病毒（reovirus，reovirus）属于呼肠孤病毒科，在多种年轻哺乳动物中引起血清型依赖性神经元感染，可导致致命性脑炎（Tyler等人，1986年；Dermody等人，2013年）。呼肠孤病毒没有被两个同心蛋白壳包裹的片段dsRNA基因组包裹，是研究神经系统病毒感染的一种灵活工具（Dermody等人，2013年）。虽然呼肠孤病毒感染的细胞和分子机制已被广泛地利用转化细胞系进行研究，但这些系统并不能捕捉到极化神经元细胞的复杂性。感染神经元的病毒必须在轴突中长距离传播，才能到达复制和释放的远端。为了了解呼肠孤病毒进入神经元和长距离运输的机制，我们最近采用了一些技术来培养原代神经元，并对活细胞中荧光标记的呼肠孤病毒成像（Aravamudhan等人，2020年）。 ...
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| A Small RNA Isolation and Sequencing Protocol and Its Application to Assay CRISPR RNA Biogenesis in Bacteria
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Author:
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2018-02-20
[Abstract] Next generation high-throughput sequencing has enabled sensitive and unambiguous analysis of RNA populations in cells. Here, we describe a method for isolation and strand-specific sequencing of small RNA pools from bacteria that can be multiplexed to accommodate multiple biological samples in a single experiment. Small RNAs are isolated by polyacrylamide gel electrophoresis and treated with T4 polynucleotide kinase. This allows for 3’ adapter ligation to CRISPR RNAs, which don’t have pre-existing 3’-OH ends. Pre-adenylated adapters are then ligated using T4 RNA ligase 1 in the absence of ATP and with a high concentration of polyethylene glycol (PEG). The 3’ capture step enables precise determination of the 3’ ends of diverse RNA molecules. Additionally, a random hexamer in the ligated ...
[摘要] 新一代高通量测序技术能够对细胞中的RNA群体进行敏感和明确的分析。在这里，我们描述了一种从细菌中分离和链特异性测序小RNA池的方法，所述细菌可以在单个实验中多路复用以容纳多个生物样品。小RNA通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离并用T4多核苷酸激酶处理。这允许3'衔接头连接至CRISPR RNA，其不具有预先存在的3'-OH末端。然后使用T4 RNA连接酶1在不存在ATP和高浓度聚乙二醇（PEG）的情况下将前腺苷酸化的衔接子连接。 3'捕获步骤能够精确测定不同RNA分子的3'末端。此外，连接适配器中的随机六聚体有助于控制潜在的下游扩增偏差。逆转录后，将cDNA产物环化并通过PCR制备文库。我们显示扩增的文库不需要通过凝胶电泳可见，以期望产物的有效测序。使用这种方法，我们通常从少量纯化的小RNA制备RNA测序文库。该协议适合于通过对成熟的CRISPR RNA进行测序来测定细菌中的CRISPR RNA生物合成，但可以用于测序不同类型的小RNA。我们还提供了一个完整的数据处理管道示例，并提供了运行所提供脚本的说明。
【背景】与聚集的经常散布的短回文重复序列（CRISPR）相关的遗传模块赋予不同的原核宿主适应性免疫（Barrangou et ...
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| Differential Salt Fractionation of Nuclei to Analyze Chromatin-associated Proteins from Cultured Mammalian Cells
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the core units of cellular chromatin and are comprised of 147 base pairs (bp) of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Proteins such as chromatin remodelers, transcription factors, and DNA repair proteins interact dynamically with chromatin to regulate access to DNA, control gene transcription, and maintain genome integrity. The extent of association with chromatin changes rapidly in response to stresses, such as immune activation, oxidative stress, or viral infection, resulting in downstream effects on chromatin conformation and transcription of target genes. To elucidate changes in the composition of proteins associated with chromatin under different conditions, we adapted existing protocols to isolate nuclei and fractionate cellular chromatin using a ...
[摘要] 核小体是细胞染色质的核心单元，由包裹在组蛋白的八聚体周围的147个碱基对（bp）的DNA组成。蛋白质如染色质重组体，转录因子和DNA修复蛋白质与染色质动态相互作用以调控DNA的接触，控制基因转录和维持基因组完整性。与染色质结合的程度响应于诸如免疫激活，氧化应激或病毒感染等应激而迅速变化，导致对染色质构象和靶基因转录的下游作用。为了阐明在不同条件下与染色质相关蛋白质组成的变化，我们调整了现有的方案来分离核，并使用盐浓度的梯度分离细胞染色质。可以通过蛋白质印迹或质谱法评估不同盐部分中特定蛋白质的存在，从而了解与染色质相关的程度。
背景 由于与DNA或组蛋白的电荷相互作用，许多染色质相关蛋白在低盐条件下是不溶的。由于盐破坏了基于电荷的蛋白质DNA和蛋白质 - 蛋白质的相互作用，染色质相关蛋白质随着NaCl浓度的增加而变得更加可溶（Teves和Henikoff，2012）。与DNA强烈结合的蛋白质预期用高盐洗脱，而松散结合的蛋白质（例如转录因子）将用低盐洗脱。我们特别关心病毒感染如何改变与细胞染色质相关的因素的组成。核复制病毒，例如腺病毒，单纯疱疹病毒和爱泼斯坦 - 巴尔病毒，可以显着改变感染期间宿主染色质的出现（Avgousti等人，2016; Lam等人， ，2010; Simpson-Holley等人，2005; ...
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