| Determination of NO and CSF Levels Produced by Bacillus subtilis
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Author:
Date:
2017-07-05
[Abstract] The cell-to-cell communication and division of labour that occurs inside a beneficial biofilm produce significant differences in gene expression compared with the gene expression pattern of cells grew under planktonic conditions. In this sense, the levels of NO (nitric oxide) and CSF (Competence Sporulation Stimulating Factor) produced in Bacillus subtilis cultures have been measured only under planktonic growth conditions. We sought to determine whether NO and/or CSF production is affected in B. subtilis cells that develop as a biofilm. To measure the production levels of the two prolongevity molecules, we grew B. subtilis cells under planktonic and biofilm supporting condition.
[摘要] 与浮游生物条件下生长的细胞的基因表达模式相比，有益生物膜内发生的细胞间细胞通讯和分裂产生显着的基因表达差异。 在这个意义上，仅在浮游生长条件下测量枯草芽孢杆菌培养物中产生的NO（一氧化氮）和CSF（能力孢子刺激因子）的水平。 我们试图确定是否NO和/或CSF生产受到影响。 枯草芽孢杆菌细胞作为生物膜发展。 为了测量两种长寿命分子的生产水平，我们生长了B。 枯草芽孢杆菌细胞在浮游生物膜支持条件下。
【背景】NO是关键的信号分子，在脊椎动物的各种生物过程中发挥作用（Kerwin等人，1995）。 ℃。 elegans 不能产生自己的NO，但是能够包含由B生产的NO。 （Cabreiro and Gems，2013; Gusarov et al。，2013; Kim，2013; Clark和Hodgkin，2014）。大多数生物体在通过由基因编码的酶NO合成酶催化的反应中，通过L-精氨酸向L-瓜氨酸的有氧转化而产生NO（Sudhamsu和Crane，2009）。 电子。 （OP50，HB101）（Cabreiro和Gems，2013; Kim，2013; Clark和Hodgkin，2014），其中几种常规用于喂食蠕虫（OP50，HB101），因为缺乏有氧NO生产，不太熟练功能副本 nos （Sudhamsu and ...
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| Assaying the Effects of Splice Site Variants by Exon Trapping in a Mammalian Cell Line
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] There are several in silico programs that endeavor to predict the functional impact of an individual’s sequence variation at splice donor/acceptor sites, but experimental confirmation is problematic without a source of RNA from the individual that carries the variant. With the aid of an exon trapping vector, such as pSPL3, an investigator can test whether a splice site sequence change leads to altered RNA splicing, through expression of reference and variant mini-genes in mammalian cells and analysis of the resultant RNA products.
[摘要] 有几个计算机程序尝试预测个体在剪接供体/受体位点的序列变异的功能影响，但实验确认是有问题的，没有携带变体的个体的RNA来源。借助于外显子捕获载体，例如pSPL3，研究人员可以通过在哺乳动物细胞中表达参考和变体小基因来测试剪接位点序列变化是否导致改变的RNA剪接，并分析所得RNA产物。
背景 我们希望通过实验测试在TEK基因中鉴定的两个剪接供体位点变体c.760 + 2T> C和c.3300 + 2delT的功能影响（Souma等人，2016）。通常情况下，携带这些序列变体的个体不能获得细胞或mRNA的样品，因此我们利用外显子捕获方法作为功能测试。来自患者的DNA样品可用于感兴趣的基因组区域的PCR扩增。如果患者gDNA样品不可用，也可以通过诸如基于PCR的定点诱变等方法将序列变体并入野生型序列。
＆NBSP;外显子捕获方法最初是为了鉴定长期基因组DNA中的未知外显子而开发的（Duyk等人，1990）。创建了pSPL3外显子捕获载体以提高外显子鉴定的效率和可靠性，并且还允许筛选更大的基因组片段（Church et al。，1994; Nisson等，1994）。 pSPL3载体含有由SV40启动子组成的小型人造基因，具有功能性剪接供体和受体位点的外显子 - 内含子 - ...
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| Measuring Oxidative Stress in Caenorhabditis elegans: Paraquat and Juglone Sensitivity Assays
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] Oxidative stress has been proposed to be one of the main causes of aging and has been implicated in the pathogenesis of many diseases. Sensitivity to oxidative stress can be measured by quantifying survival following exposure to a reactive oxygen species (ROS)-generating compound such as paraquat or juglone. Sensitivity to oxidative stress is a balance between basal levels of ROS, the ability to detoxify ROS, and the ability to repair ROS-mediated damage.
[摘要] 已经提出氧化应激是老化的主要原因之一，并且已经涉及许多疾病的发病机理。对氧化应激的敏感性可以通过量化暴露于活性氧（ROS） - 生成化合物如百草枯或胡桃酮后的存活来测量。对氧化应激的敏感性是ROS的基础水平，ROS解毒能力和修复ROS介导的损伤的能力之间的平衡。
背景 已经使用许多方法来测试秀丽隐杆线虫中的氧化应激的敏感性，包括接触百草枯，胡桃碱，t-BOOH，亚砷酸盐，H 2 O 2 O 2或高压氧（Keith等人，2014）。所有这些测定用于将蠕虫中的ROS水平提高到生存降低的程度。蠕虫暴露于（例如，超氧化物，过氧化氢），暴露速率（急性与慢性）和认为受影响最严重的亚细胞区域（ROS）的主要类型不同，百草枯主要在线粒体中增加超氧化物水平（Castello et al。，2007）。基于这些差异，特定的蠕虫菌株可能表现出增加的敏感性或在一个测定中增加的抗氧化应激，但在另一个测定中没有显示出差异。蠕虫菌株也可能在一个年龄对氧化应激敏感，但在不同的时间对该氧化应激的相同形式有抗性因此，为了获得对特定菌株对氧化应激敏感性的充分了解，有必要在不同时间点使用多种测定法。
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