| mRNA Extraction from Gill Tissue for RNA-sequencing
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Author:
Date:
2020-03-05
[Abstract] Adaptation is thought to proceed in part through spatial and temporal changes in gene expression. Fish species such as the threespine stickleback are powerful vertebrate models to study the genetic architecture of adaptive changes in gene expression since divergent adaptation to different environments is common, they are abundant and easy to study in the wild and lab, and have well-established genetic and genomic resources. Fish gills, due to their respiratory and osmoregulatory roles, show many physiological adaptations to local water chemistry, including differences in gene expression. However, obtaining high-quality RNA using popular column-based extraction methods can be challenging from small tissue samples high in cartilage and bone such as fish gills. Here, we describe a bead-based ...
[摘要] [摘要 ] 适应被认为是部分通过基因表达的时空变化进行的。鱼种如 三脊棘背由于对不同环境的适应性差异很普遍，因此它们是研究基因表达适应性变化的遗传结构的强大脊椎动物模型，它们在野外和实验室中丰富且易于研究，并且具有完善的遗传和基因组资源。鱼g由于其呼吸和渗透调节作用，对局部水化学表现出许多生理适应性，包括基因表达的差异。但是，从流行于软骨和骨骼的小组织样本（例如鱼g）中，使用流行的基于柱的提取方法获得高质量的RNA可能具有挑战性。在这里，我们描述了不使用纯化柱的基于珠子的mRNA提取和转录组RNA-seq协议。为了使用动物或植物组织进行各种基因表达实验，可以根据样品量轻松调整实验方案。
[背景 ] 转录组测序（RNA-seq）用于量化基因的表达水平，鉴定样品组之间基因表达水平的差异并推断基因共表达。在进化遗传学研究，RNA-SEQ可以用来作为一种方法来研究自适应发散的分子基础（例如，Rougeux 等人;，2019 Verta酒店和Jones，2019） ，鉴定候选基因底层自适应的表型（例如，费雷拉等等人，2017），并推断未知基因的功能（例如，Rawat ...
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| Single-molecule RNA Fluorescence in situ Hybridization (smFISH) in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] Single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH) is a technique to visualize individual RNA molecules using multiple fluorescently-labeled oligonucleotide probes specific to the target RNA (Raj et al., 2008; Lee et al., 2016a). We adapted this technique to visualize RNAs in the C. elegans whole adult worm or its germline, which enabled simultaneous recording of nascent transcripts at active transcription sites and mature mRNAs in the cytoplasm (Lee et al., 2013 and 2016b). Here we describe each step of the smFISH procedure, reagents, and microscope settings optimized for C. elegans extruded gonads.
[摘要] 单分子RNA荧光原位杂交（smFISH）是使用针对靶RNA特异性的多个荧光标记寡核苷酸探针来观察个体RNA分子的技术（Raj等人，2008; Lee等，2016a）。 我们调整了这种技术可视化线虫整个成虫或其种系中的RNA，其能够同时记录活跃转录位点的新生转录物和细胞质中的成熟mRNA（Lee等，2013和2016b）。 在这里，我们描述针对秀丽隐杆线虫挤压性腺优化的smFISH程序，试剂和显微镜设置的每个步骤。
【背景】smFISH能够在体内直接和精确地定量mRNA。 此外，通过复用smFISH探针，可以在同一细胞中同时测定多个RNA物种。 以前的出版物在线虫中使用了smFISH，但是这些研究使用了宽视野显微镜，其通常具有较低的空间分辨率并需要额外的图像处理（例如，图像去卷积）（Ji和van Oudenaarden，2012）。 在这里，我们描述了针对秀丽隐杆线虫组织优化的smFISH程序。 每个步骤都是详细的，包括使用共焦显微镜来获得精确的测量。 我们的协议最大限度地减少了样品与样品的变异性，并允许精确定量mRNA和新生转录物。
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| Various Modes of Spinal Cord Injury to Study Regeneration in Adult Zebrafish
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Spinal cord injury (SCI) in mammals leads to failure of both sensory and motor functions, due to lack of axonal regrowth below the level of injury as well as inability to replace lost neural cells and to stimulate neurogenesis. In contrast, fish and amphibians are capable of regenerating a variety of their organs like limb/fin, jaw, heart and various parts of the central nervous system (CNS). Zebrafish embryo and adult has become a very popular model to study developmental biology, cell biology and regeneration for various reasons. Adult zebrafish, one of the most important vertebrate models to study regeneration, can regenerate many of their body parts like fin, jaw, heart and CNS. In the present article we provide information on how to inflict different injury modalities in adult fish ...
[摘要] 哺乳动物的脊髓损伤（SCI）导致感觉和运动功能的失败，这是由于缺乏低于损伤水平的轴突再生以及不能代替失去的神经细胞和刺激神经发生。相比之下，鱼和两栖动物能够再生各种器官，如肢体/鳍，下巴，心脏和中枢神经系统（CNS）的各个部分。斑马鱼胚胎和成人已经成为一个非常受欢迎的模型，研究发育生物学，细胞生物学和再生由于各种原因。成年斑马鱼是研究再生的最重要的脊椎动物模型之一，可以再生许多身体部位，如鳍，下巴，心脏和CNS。在本文中，我们提供如何在成年鱼脊髓造成不同的损伤方式的信息。目前，哺乳动物SCI的重点是使用挤压和挫伤损伤。为了产生与哺乳动物损伤模式相当的实体，我们已经在成年斑马鱼中引入了粉碎模型以及完全横断损伤，其也被认为是研究轴突再生的有价值的模型。在这里，我们提供高度可重复的手术程序的完整描述，包括一些有代表性的结果。此协议已经从我们以前的出版物， viz 改编。简而言之，我们描述了两种不同的损伤模式，挤压和完全横切，并证实了造成的结果
关键字：脊髓，斑马鱼，挤压伤，横切损伤，再生
[背景] 对哺乳动物脊髓的任何损伤导致瘫痪和功能丧失的毁灭性后果。与哺乳动物，斑马鱼绳的损伤反应是相当不同，导致线的修复和再生，然后功能恢复。已经使用多种损伤方案来研究脊髓损伤和下脊椎动物中的功能恢复（Holtzer 1956; ...
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