| Culturing Bacteria from Caenorhabditis elegans Gut to Assess Colonization Proficiency
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] Determining an accurate count of intestinal bacteria from Caenorhabditis elegans is one critical way to assess colonization proficiency by a given bacteria. This can be accomplished by culturing appropriate dilutions of worm gut bacteria on selective or differential agarized media. Because of the high concentration of bacteria in gut worm, dilution is necessary before plating onto growth media. Serial dilutions can reduce the concentration of the original intestinal sample to levels low enough for single colonies to be grown on media plates, allowing for the calculation of the initial counts of bacteria in the intestinal sample.
[摘要] 从秀丽隐杆线虫确定肠道细菌的准确计数是评估给定细菌的定殖能力的关键方法之一。 这可以通过在选择性或差异琼脂培养基上培养适当稀释的蠕虫细菌来实现。 由于肠蠕虫中细菌的浓度高，因此稀释必须在生长培养基上。 连续稀释可以将原始肠样品的浓度降低到足够低的浓度，使单个菌落生长在培养基平板上，从而计算肠样品中细菌的初始计数。
【背景】动物很少分离生活，但与微生物有关。主要与微生物之间的共生关系是Rosentberg和Zilber-Rosenberg在2011年的共生关系。在哺乳动物中，宿主 - 微生物共生相互作用主要发生在粘膜表面，最重要的是肠粘膜。当从野生新鲜分离时，线虫通常在其肠腔内容纳多种细菌菌群，使人联想到高等生物的微生物群落（Duveau和Felix，2012; Bumbarger等，2013）。相比之下，在实验室中，秀丽隐杆线虫通常保持在单一细菌菌株的存在下（Brenner，1974）。大多数情况下，这是革兰氏阴性细菌大肠杆菌。然而，有时使用其他物种，例如革兰氏阳性枯草芽孢杆菌（Garsin等，2003）。成虫蠕虫含有大约10,000个细菌细胞，比宿主蠕虫体细胞数量高10倍（Portal-Celhay和Blaser，2012）：或许巧合的是，这种微生物群与宿主细胞的比例与人类发现的相似。
正在使用不同的策略来测量秀丽隐杆线虫的细菌如异硫氰酸荧光素（FITC）标记的细菌，表达融合报告基因的细菌（绿色荧光蛋白[GFP]或β-半乳糖苷酶））的定殖能力。然而，更准确的方法是测量从蠕虫肠分离出的CFU的数量。在本协议中，我们展示了如何分离和计数秀丽隐杆线虫的大肠杆菌和枯草芽孢杆菌菌株。在枯草芽孢杆菌的情况下，我们还展示了如何区分营养形式与秀丽隐杆线虫内部这种细菌形成的高度抗性孢子。 ...
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| In vivo Mitophagy Monitoring in Caenorhabditis elegans to Determine Mitochondrial Homeostasis
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Perturbation of mitochondrial function is a major hallmark of several pathological conditions and ageing, underlining the essential role of fine-tuned mitochondrial activity (Lopez-Otin et al., 2013). Mitochondrial selective autophagy, known as mitophagy, mediates the removal of dysfunctional and/or superfluous organelles, preserving cellular and organismal homeostasis (Palikaras and Tavernarakis, 2014; Pickrell and Youle, 2015; Scheibye-Knudsen et al., 2015). In this protocol, we describe a method for assessing mitophagy in the nematode Caenorhabditis elegans.
[摘要] 线粒体功能的扰动是几种病理状况和衰老的主要标志，强调了线粒体活性调控的重要作用（Lopez-Otin等，2013）。 线粒体选择性自噬，称为嗜中性细胞因子介导功能障碍和/或多余的细胞器的去除，保留细胞和有机体内稳态（Palikaras和Tavernarakis，2014; Pickrell和Youle，2015; Scheibye-Knudsen等，2015）。 在这个协议中，我们描述了一种评估线虫秀丽隐杆线虫线粒体的方法。
【背景】线粒体被认为是真核细胞的细胞动力，因为它们是通过氧化磷酸化（OXPHOS）和ATP生成的主要能量提供者。此外，它们在细胞稳态中的关键作用突出表现在它们对几种基本细胞过程（包括钙缓冲，代谢物合成和凋亡等）调节的贡献。线粒体功能的放松规律与几种病理状况（包括衰老和年龄相关的神经变性疾病）的发病有关（Vafai和Mootha，2012; Palikaras和Tavernarakis，2014）。因此，真核生物已经发展了几种复杂和高度专门化的分子途径来保护能量稳态（Pickrell和Youle，2015; Scheibye-Knudsen等，2015）。 Mitophagy是一种选择性类型的自噬，促进线粒体受损的消除，以及细胞调节线粒体内源物质和环境信号的主要降解途径（Palikaras等，2015; Schiavi et al。，2015; ...
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| Protein Synthesis Rate Assessment by Fluorescence Recovery after Photobleaching (FRAP)
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Currently available biochemical methods cannot be applied to monitor protein synthesis in specific cells or tissues, in live specimens. Here, we describe a non-invasive method for monitoring protein synthesis in single cells or tissues with intrinsically different translation rates, in live Caenorhabditis elegans animals.
[摘要] 目前可用的生物化学方法不能用于监测活体标本中特定细胞或组织中的蛋白质合成。在这里，我们描述了在活的秀丽隐杆线虫动物中监测具有本质上不同的翻译速率的单个细胞或组织中的蛋白质合成的非侵入性方法。
背景 蛋白质合成的适当调节对于细胞稳态和生长至关重要。蛋白质合成的放松规律已经涉及到诸如癌症和衰老衰退的病理学（Bjornsti和Houghton，2004; Syntichaki等人，2007）。目前可用的用于测量一般蛋白质合成速率的生物化学方法包括代谢标记和多糖成像（Martin，1998; Rennie等人，1994）。这些方法的适用性受限于标签在整个动物或感兴趣组织中的摄取不足和不受控制或不平等的分布。此外，这些方法缺乏特异性，由于大部分样品的固有翻译速率的变异性，可能会掩盖特定细胞或感兴趣的组织的显着变化。在本协议中，我们描述了一种基于光漂白（FRAP）后的荧光恢复来监测线虫秀丽隐杆线虫的蛋白质合成速率的方法。实验方法是基于转基因动物感兴趣的细胞和组织中荧光蛋白的表达。然后通过用强大的光源照射细胞，组织或整个动物来对荧光进行光漂白。然后在感兴趣的细胞或组织中监测指示新蛋白质合成的荧光的恢复。
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