| MicroScale Thermophoresis as a Tool to Study Protein-peptide Interactions in the Context of Large Eukaryotic Protein Complexes
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Protein-peptide interactions are part of many physiological processes, for example, epigenetics where peptide regions of histone complexes are crucial for regulation of chromatin structure. Short peptides are often also used as alternatives to small molecule drugs to target protein complexes. Studying the interactions between proteins and peptides is thus an important task in systems biology, cell biology, biochemistry, and drug design. However, this task is often hampered by the drawbacks of classical biophysical methods for analysis of molecular interactions like surface plasmon resonance (SPR) or isothermal titration calorimetry (ITC), which require immobilization of the interaction partners or very high sample concentrations. MicroScale Thermophoresis (MST) is an innovative method ...
[摘要] 蛋白质 - 肽相互作用是许多生理过程的一部分，例如表观遗传学，其中组蛋白复合物的肽区域对于染色质结构的调节是至关重要的。短肽通常也被用作小分子药物靶向蛋白质复合物的替代物。研究蛋白质和肽之间的相互作用是系统生物学，细胞生物学，生物化学和药物设计中的重要任务。然而，这一任务往往受到经典生物物理学方法分析分子间相互作用的缺陷的困扰，例如表面等离子体共振（SPR）或等温滴定量热法（ITC），其需要固定相互作用配偶体或非常高的样品浓度。 MicroScale热泳（MST）是一种创新的方法，可以确定分子间相互作用的重要参数，如解离常数，化学计量和热力学。而且，它可以快速准确地进行，可以自由选择缓冲液或生物液体，不需要固定样品，样品消耗也非常少。这里我们详细描述了两个MST测定法，其分析（i）真核RNA聚合酶II的某些肽段与真核转录延伸复合物的蛋白质亚基之间的相互作用和（ii）N-末端组蛋白尾肽与表观遗传学之间的相互作用读者蛋白质。这些实验表明，MST能够表征蛋白质 - 肽相互作用，这些相互作用仅由肽的微小变化触发，例如，在特定的丝氨酸残基处仅有一个磷酸化。
【背景】生物学背景：蛋白质 - ...
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| Crude Preparation of Lipopolysaccharide from Helicobacter pylori for Silver Staining and Western Blot
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Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] This protocol provides an easy and rapid method to prepare lipopolysaccharide from the gastric pathogen Helicobacter pylori for visualization on acrylamide gels by silver staining and for detecting the presence of Lewis antigens by Western blot. The silver staining is a four-step procedure, involving a 20 min-oxidation step, a 10 min-silver staining step, a 2-10 min color development step and finally a 1-min color termination step. Lipopolysaccharide from H. pylori wild-type and corresponding mutants analyzed by this method are described in a recent publication (Li et al., 2017). This crude preparation of LPS for silver staining is also applicable in other Gram-negative bacteria.
[摘要] 该方案提供了一种从胃病原幽门螺杆菌制备脂多糖的简便快速方法，用于通过银染显示丙烯酰胺凝胶，并通过Western印迹检测Lewis抗原的存在。 银染是四步法，包括20分钟氧化步骤，10分钟银染色步骤，2-10分钟显色步骤，最后是1分钟颜色终止步骤。 来自H的脂多糖。 在最近的出版物（Li等人，2017）中描述了通过该方法分析的野生型和相应的突变体的幽门螺杆菌。 这种用于银染的LPS的粗制剂也适用于其他革兰氏阴性细菌。
【背景】脂多糖（LPS）是一种大而可变的复合糖脂，其组成了大多数革兰氏阴性细菌外膜的外叶。 它通常由三个结构域组成：称为脂质A（或内毒素）的疏水结构域，其嵌入外膜中; 相对保守的非重复核 - 低聚糖; 和从细胞延伸到外部环境的可变O-抗原。 H的独特功能。 幽门螺杆菌脂多糖O抗原是模拟人Lewis抗原的岩藻糖基化寡糖结构的存在。 从革兰氏阴性细菌大规模提取高纯度的LPS是劳动密集型和耗时的。 在这里，在这个协议中，我们详细地描述了使用来自胃病原幽门螺杆菌的容易和快速的粗制备制剂用于通过银染和Lewis抗原通过蛋白质印迹进行表达。
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| Isolation and Analysis of Proteoglycans and Glycosaminoglycans from Archaeological Bones and Teeth
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] We have developed methods for isolating proteoglycans and glycosaminoglycans from archaeological bones and teeth. These methods have been previously published (Coulson-Thomas et al., 2015) and are described here in more detail. In the case of glycosaminoglycans, the method was a previously described method (Nader et al., 1999) which we optimized for archeological samples.
[摘要] 我们开发了从考古学骨骼和牙齿中分离蛋白聚糖和糖胺聚糖的方法。 以前已经公开了这些方法（Coulson-Thomas等人，2015），并且在这里更详细地描述。 在糖胺聚糖的情况下，该方法是先前描述的方法（Nader等人，1999），其针对考古样品进行了优化。
【背景】骨组织主要由矿物成分（羟基磷灰石）和由胶原，非胶原蛋白和蛋白聚糖（PG）组成的有机基质组成。 由于与羟基磷灰石紧密结合，细胞外基质蛋白和PG被保护免受死亡后温度和化学药剂的破坏作用。 然而，到目前为止，只有DNA和蛋白质已经从考古学骨骼中成功提取，因此我们开发了从考古学骨骼和牙齿中分离PG和糖胺聚糖（GAG）链的方法。 PGs和GAG在骨形态发生，体内平衡和退行性骨病中起主要作用，从考古骨骼分析这些分子将揭示有价值的古生物学信息。
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