| Plant Assays for Quantifying Ralstonia solanacearum Virulence
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Virulence assays are powerful tools to study microbial pathogenesis in vivo. Good assays track disease development and, coupled with targeted mutagenesis, can identify pathogen virulence factors. Disease development in plants is extremely sensitive to environmental factors such as temperature, atmospheric humidity, and soil water level, so it can be challenging to standardize conditions to achieve consistent results. Here, we present optimized and validated experimental conditions and analysis methods for nine assays that measure specific aspects of virulence in the phytopathogenic bacterium Ralstonia solanacearum, using tomato as the model host plant.
[摘要] 毒力测定是研究体内微生物发病机制的有力工具。 良好的分析跟踪疾病发展，并结合定向诱变，可以识别病原体毒力因子。 植物的疾病发展对环境因素如温度，大气湿度和土壤水位极其敏感，因此标准化条件以获得一致的结果可能具有挑战性。 在这里，我们提出优化和验证的实验条件和分析方法的九个测定，测量植物病原细菌 Ralstonia solanacearum 的毒力的特定方面，使用番茄作为模型宿主植物。
【背景】 Ralstonia solanacearum 是一种土壤传播的细菌，在广泛的植物中引起细菌枯萎，并继续感染全球的新宿主（Hayward，1991; Elphinstone，2005; Wicker et al。 ，2007; Genin，2010; Weibel et al。，2016）。结果， R. solanacearum 是研究最深入的植物致病菌之一（Mansfield et al。，2012）。
R上。 solanacearum 可以长期存在于土壤或水库中（Alvarez et ...
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| A Method for Extracting the Nuclear Scaffold from the Chromatin Network
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Each cell contains many large DNA polymers packed in a nucleus of approx. 10 μm in diameter. With histones, these DNA polymers are known to form chromatins. How chromatins further compact in the nucleus is unclear but it inevitably depends on an extensive non-chromatin nuclear scaffold. Imaging of endogenous chromatin network and the complementary scaffold that support this network has not been achieved but biochemical and proteomic investigations of the scaffold can still provide important insights into this chromatin-organizing network. However, this demands highly inclusive and reproducible extraction of the nuclear scaffold. We have recently developed a simple protocol for releasing the scaffold components from chromatins. The inclusiveness of the extract was testified by the ...
[摘要] 每个细胞都含有许多大型DNA聚合物，其中包含大约一个核。直径10微米。用组蛋白，已知这些DNA聚合物形成染色质。染色质在核中如何进一步致密还不清楚，但它不可避免地依赖于广泛的非染色质核支架。内源性染色质网络的成像和支持该网络的互补支架尚未实现，但支架的生化和蛋白质组学研究仍然可以提供关于该染色质组织网络的重要见解。但是，这需要高度包容和可重复的提取核支架。我们最近开发了一个简单的协议，用于从染色质中释放脚手架组件。提取物的包容性由以下观察结果证实：当从核中提取时，剩余的核染色质被释放为延伸且通常平行的染色质纤维。基本上，该方案包括纯核的产生，用Triton X-100处理细胞核以产生包膜消耗的细胞核（TxN），并在含蔗糖的缓冲液中在500mM NaCl中提取细胞核。 TxN的这个组合提取被称为TxNE。
【背景】通过蛋白质和核糖核蛋白的复杂支架，染色质在细胞核中密集并动态地压缩。与细胞骨架网络不同（Fischer和Fowler，2015），对这种核支架的显微观察在技术上是具有挑战性的。这可能反映了每个细胞核内染色质的主导地位，支架与细胞核交织在一起。核的球形排列也对成像这种支架结构造成挑战。核支架的主要元素是核层（NL）（Gruenbaum和Foisner，2015）。 ...
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| Isolation of Commensal Escherichia coli Strains from Feces of Healthy Laboratory Mice or Rats
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The colonization abundance of commensal E. coli in the gastrointestinal tract of healthy laboratory mice and rats ranges from 104 to 106 CFU/g feces. Although very well characterized, the family that E. coli belongs to has a very homogeneous 16S rRNA gene sequence, making the identification from 16S rRNA sequencing difficult. This protocol provides a procedure of isolating and identifying commensal E. coli strains from a healthy laboratory mouse or rat feces. The method can be applied to isolate commensal E. coli from other laboratory rodent strains.
[摘要] 共生E的殖民丰度。 大肠杆菌在健康实验小鼠和大鼠的胃肠道中的范围为10 4至10 6 CFU / g粪便。 虽然描述得非常好，但那个家族就是这样的。 大肠杆菌属于具有非常均一的16S rRNA基因序列，使得从16S rRNA测序鉴定困难。 该协议提供了分离和识别共生E的程序。 来自健康实验室小鼠或大鼠粪便的大肠杆菌菌株。 该方法可以应用于隔离共生电子。 来自其他实验室啮齿类动物的大肠杆菌。
【背景】大肠杆菌是革兰氏阴性兼性厌氧菌，其仅构成脊椎动物肠道微生物群的一小部分，但在微生物相互作用，免疫调节和代谢功能中起关键作用（Tenaillon等人。，2010）。作为最好的模式微生物之一，共生E。已经越来越多地研究大肠杆菌菌株以揭示肠道共生微生物适应独特生态位并影响宿主生理机制。然而，不同菌株之间的高度同源性在共生E的鉴定和表征上提出了困难。基于16S rRNA测序方法的大肠杆菌。由于新一代测序技术的发展和全基因组的大规模分析，我们能够识别共生E。根据基因组中毒力基因的存在，分离自不同宿主的胃肠道的大肠杆菌菌株。在这个协议中，我们展示了一种分离和识别共生E的方法。使用选择性培养基和全基因组测序从实验室小鼠或大鼠获得大肠杆菌菌株。但是，应该指出的是，共生E的存在。大肠杆菌在实验室动物中取决于设施的供应商和环境条件。
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