| Isolation of Outer Membrane Vesicles from Phytopathogenic Xanthomonas campestris pv. campestris
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Gram-negative bacteria naturally release outer membrane vesicles (OMVs) to the surrounding environment. OMVs contribute to multiple processes, such as cell-cell communication, delivery of enzymes and toxins, resistance to environmental stresses and pathogenesis. Little is known about OMVs produced by plant-pathogenic bacteria, and their interactions with host plants. The protocol described below discusses the isolation process of OMVs from Xanthomonas campestris pv. campestris strain 33913, a bacterial pathogen of Crucifiers. Nevertheless, this protocol can be used and/or adapted for isolation of OMVs from other phytopathogenic bacteria to promote the study of OMVs in the context of plant-microbe interactions.
[摘要] 革兰氏阴性细菌自然释放外膜囊泡（OMVs）到周围环境。 OMV有助于多个过程，如细胞通讯，酶和毒素的传递，对环境的压力和发病机制的抵抗。对植物病原菌产生的OMV及其与宿主植物的相互作用知之甚少。下面描述的协议讨论了野生黄单胞菌（Manthomonas campestris）的OMV的隔离过程。菌种33913（一种Crucizer的细菌病原体）。然而，该方案可以用于和/或适于将OMV与其他植物病原细菌分离，以促进在植物 - 微生物相互作用的背景下对OMV的研究。
背景 细胞外泡（EV）释放是许多生物从生命各个领域共享的过程。在革兰氏阴性细菌中，大多数EV是外膜起泡的结果，最终夹住细菌细胞壁，因此被称为外膜囊泡（OMV）。 OMV的研究重点是OMV生物发生，货物，功能和与宿主生物的相互作用。迄今为止，大多数关于OMV的研究集中在人类和环境细菌的细菌病原体上，然而对植物病原菌的OMV研究很少。这里描述的协议是由Chutkan等人描述的方案改编的。 （2013）稍作修改，并在此介绍植物病原体X。 campestris pv。 campestris 。为了我们的理解，这是第一个完全详细的OMV与植物生长细菌分离的方案，我们希望它可以作为对这一主题感兴趣的其他研究组的指导性协议。
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| In vitro Histone H3 Cleavage Assay for Yeast and Chicken Liver H3 Protease
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] Histone proteins are subjected to a wide array of reversible and irreversible post-translational modifications (PTMs) (Bannister and Kouzarides, 2011; Azad and Tomar, 2014). The PTMs on histones are known to regulate chromatin structure and function. Histones are irreversibly modified by proteolytic clipping of their tail domains. The proteolytic clipping of histone tails is continuously attracting interest of researchers in the field of chromatin biology. We can recapitulate H3-clipping by performing in vitro H3 cleavage assay. Here, we are presenting the detailed protocol to perform in vitro H3 cleavage assay.
[摘要] 组蛋白受到广泛的可逆和不可逆的翻译后修饰（PTM）（Bannister和Kouzarides，2011; Azad和Tomar，2014）。已知组蛋白上的PTM调节染色质结构和功能。组蛋白不可逆地修饰其尾部结构域的蛋白水解剪切。组蛋白尾巴的蛋白水解剪切不断吸引研究人员在染色质生物学领域的兴趣。我们可以通过在体外实施H3切割测定来概括H3-剪切。在这里，我们提供了详细的方案来进行体外实验。
背景 组蛋白H3剪切是染色质修饰和调节最不了解的机制。预期H3剪切将永久性消除可能影响染色质相关事件的核小体的PTM。此外，切割的组蛋白的命运仍在研究之中，并且已经表明，切割的组蛋白可能在染色质的特定区域被再循环，或者它们被靶向降解。有各种各样的报告描述了不同生物中组蛋白H3的体内剪切，而组蛋白H3特异性剪切的体外测定是有限的。我们需要一种有效和稳健的体外实验来鉴定组蛋白特异性蛋白酶。为此，我们提出了一个可用于检查酵母和鸡肝组织蛋白H3蛋白酶的体外组蛋白H3剪切活性的方案。我们已经优化了测定的温度和pH条件。在我们优化的条件下，发现蛋白酶在所有核心组蛋白中特异性切割组蛋白H3。我们在最近的出版物（Chauhan等人，2016年; Chauhan和Tomar，2016年; Azad和Tomar，2016; ...
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