| Protocol for Construction of a Tunable CRISPR Interference (tCRISPRi) Strain for Escherichia coli
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] We present a protocol for construction of tunable CRISPR interference (tCRISPRi) strains for Escherichia coli. The tCRISPRi system alleviates most of the known problems of plasmid-based expression methods, and can be immediately used to construct libraries of sgRNAs that can complement the Keio collection by targeting both essential and nonessential genes. Most importantly from a practical perspective, construction of tCRISPRi to target a new gene requires only one-step oligo recombineering. Additional advantages of tCRISPRi over other existing CRISPRi methods include: (1) tCRISPRi shows significantly less than 10% leaky repression; (2) tCRISPRi uses a tunable arabinose operon promoter and modifications in transporter genes to allow a wide dynamic range with graded control by ...
[摘要] 我们提出了构建大肠杆菌可调CRISPR干扰（tCRISPRi）菌株的方案。 tCRISPRi系统缓解了基于质粒的表达方法的大多数已知问题，并且可以立即用于构建可通过靶向必需基因和非必需基因来补充Keio收集物的sgRNA的文库。 最重要的是从实践的角度来看，建立tCRISPRi来靶向一个新的基因只需要一步寡核苷酸重组。 tCRISPRi与其他现有CRISPRI方法的其他优点包括：（1）tCRISPRi显示低于10％的泄漏抑制; （2）tCRISPRi使用可调阿拉伯糖操纵子启动子和转运蛋白基因的修饰，以允许通过阿拉伯糖诱导剂分级控制的宽动态范围; （3）tCRISPRi是无质粒的，整个系统整合到染色体中; （4）tCRISPRi菌株显示出理想的生理特性。
【背景】已经开发了各种CRISPR干扰系统，用于从细菌到真核生物的生物体。对于正在考虑使用CRISPRi细菌的人员，我们提供了关于我们的tCRISPRi系统的以下背景资料（Li等等，2016）及其与其他CRISPRi系统的比较。
Morgan-Kiss 等人。 （2002）开发了基于质粒的剂量诱导型启动子pBAD。它们的系统允许来自pBAD启动子的蛋白质的可调节表达，取决于阿拉伯糖水平。阿拉伯糖转运蛋白基因和araFGH在菌株中是无活性的。他们的菌株也有两个拷贝的lacY ...
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| Chromatographic Separation of the Codonocarpine Type Alkaloids from the Root Bark of Capparis decidua
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Author:
Date:
2017-02-20
[Abstract] Various parts of the caper tree Capparis decidua have found application in traditional medicine. The isolation and structural elucidation of the codonocarpine type alkaloids contained in the root bark, however, is not trivial and has probably led to misinterpretation in the past. This protocol describes the extraction and chromatographic separation of the four major alkaloids of the root bark of Capparis decidua. The delivered samples of cadabicine, codonocarpine, isocodonocarpine and capparidisinine were suitable for their unambiguous structural elucidation by NMR, MS and MS/MS.
[摘要] 刺槐树Capparis蜕膜的各个部分已经在传统医学中得到应用。然而，根皮中所含的密码子类生物碱的分离和结构阐释并不是微不足道的，并且可能导致过去的误解。该方案描述了Capparis decidua的根皮的四种主要生物碱的提取和色谱分离。递送的cadabicine，codonocarpine，异香豆香碱和capparidisinine的样品适合通过NMR，MS和MS / MS明确的结构阐明。
背景 Capparis id藜树分布在非洲，中东和南亚的干旱地区，其中植物的各个部分通常用于当地民间药物治疗各种疾病。例如，根皮被应用为驱肠和泻药，并且已经显示其酒精提取物具有显着的抗菌和抗真菌活性（Singh等人，2011; Singh和Singh，2011; Tlili等人，2011; Mohammed等人，2015）。
＆nbsp; ＆nbsp; Ahmad 等人。 （1985; 1986; 1987; 1989; Arif，1986）深入研究了Capparis decidua的根皮提取物，并发表了几种结构的密码子生物碱。这些结构中的一些不符合我们对这种生物碱的生物合成的理解。此外，我们不相信给定的分析数据及其解释给出了结构性声明的明确证据（Bienz et ...
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| Single-step Marker Switching in Schizosaccharomyces pombe Using a Lithium Acetate Transformation Protocol
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] The ability to utilize different selectable markers for tagging or mutating multiple genes in Schizosaccharomyces pombe is hampered by the historical use of only two selectable markers, ura4+ and kanMX6; the latter conferring resistance to the antibiotic G418 (geneticin). More markers have been described recently, but introducing these into yeast cells often requires strain construction from scratch. To overcome this problem we and other groups have created transformation cassettes with flanking homologies to ura4+ and kanMX6 which enable an efficient and time-saving way to exchange markers in existing mutated or tagged fission yeast strains.
Here, we present a protocol for single-step marker switching by ...
[摘要] 利用不同的选择标记来标记或突变粟酒裂殖酵母中的多个基因的能力受到仅仅两种可选择标记的历史使用的阻碍，即 +和 kanMX6 ;后者赋予抗生素G418（遗传霉素）抗性。最近已经描述了更多的标记物，但是将它们引入酵母细胞通常需要从头开始施加应变。为了克服这个问题，我们和其他团队已经创建了具有与 + 和 kanMX6 的侧翼同源性的转换盒，这使得能够有效和省时的方式在现有的突变或标记的裂变酵母菌株中交换标记。
＆nbsp;在这里，我们提出了裂殖酵母，粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）中醋酸锌转化的单步标记转换方案。以下我们将介绍如何将 ura4 + 标记交换到kanMX6 ， natMX4 或 hphMX4标记，其分别对抗生素G418，海参（clonNAT）或潮霉素B提供抗性。我们还详细介绍了如何交换营养标记的任何 MX 标记，例如 arg3 + ， his3 + ， leu1 + 和 ura4 + 。
背景 这种用于粟酒裂殖酵母的单步骤标记交换方案允许将标记有类型的抗生素标记的任何标记或突变的基因替换为营养标记物（含有arg3 + ， + ，并且已经构建了 ura4 + ）并且为任何 MX交换遗传 ura4 + ...
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