| Xanthoferrin Siderophore Estimation from the Cell-free Culture Supernatants of Different Xanthomonas Strains by HPLC
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Xanthomonads can scavenge iron from the extracellular environment by secreting the siderophores, which are synthesized by the proteins encoded by xss (Xanthomonas siderophore synthesis) gene cluster. The siderophore production varies among xanthomonads in response to a limited supply of iron where Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) produces less siderophores than Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc). Siderophore production can be measured by HPLC and with the CAS (Chrome azurol S)-agar plate assay, however HPLC is a more accurate method over CAS-agar plate assay ...
[摘要] 黄单胞菌属可以通过分泌铁载体来从细胞外环境中清除铁，这些铁载体由由xss 编码的蛋白质（anthomonas 基因簇。 由于Xanthomonas campestris pv的铁供应有限，铁载体生产因黄托曼德而异。 野蓟菊（Xcc）产生比黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）pv更少的铁载体。 米曲霉（Xoo）和黄单胞菌Xanthomonas oryzae pv。 oryzicola（Xoc）。 铁载体生产可以通过HPLC和CAS测量（ Chrome azurol S ）标准板测定，然而HPLC是在Xanthomonads中用于铁氰菊酯定量的CAS-琼脂平板测定的更准确的方法。 在这里我们描述如何使用高效液相色谱来量化黄单胞菌中的铁载体。
【背景】细菌植物病原体 Xanthomonas 具有（α-羟基羧酸盐型铁载体;类似于弧菌铁蛋白）和编码参与铁载体介导的铁吸收的外膜受体（Pandey和Sonti）所需的操纵子，2010; ...
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| Optogenetic Stimulation and Recording of Primary Cultured Neurons with Spatiotemporal Control
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] We studied a network of cortical neurons in culture and developed an innovative optical device to stimulate optogenetically a large neuronal population with both spatial and temporal precision. We first describe how to culture primary neurons expressing channelrhodopsin. We then detail the optogenetic setup based on the workings of a fast Digital Light Processing (DLP) projector. The setup is able to stimulate tens to hundreds neurons with independent trains of light pulses that evoked action potentials with high temporal resolution. During photostimulation, network activity was monitored using patch-clamp recordings of up to 4 neurons. The experiment is ideally suited to study recurrent network dynamics or biological processes such as plasticity or homeostasis in a network of neurons ...
[摘要] 我们研究了文化中的皮层神经元网络，并开发了一种创新的光学装置，以空间和时间精确度激发大量神经元。 我们首先描述如何培养表达channelorhodopsin的原代神经元。 然后，我们将根据快速数字光处理（DLP）投影机的工作原理来详细说明光遗传设置。 该设置能够用独立的光脉冲训练数十到数百个神经元，以高时间分辨率诱发动作电位。 在光刺激期间，使用多达4个神经元的膜片钳记录监测网络活动。 该实验非常适合研究复杂的网络动力学或生物过程，如神经元网络中的可塑性或体内平衡，当子群体由其特征（相关性，速率和大小）进行精细控制的不同刺激激活时。
【背景】光致遗传学提供以毫秒精度控制神经元活动的平均值。然而，神经元通常通过同时激活整个群体的光的闪光或通过在整个视野上的时间调制强度的光同时激活（Boyden等人，2005）。然而，存在几种空间调节光并已被用于使谷氨酸不起作用的方法（Nawrot等人，2009）或激活表达神经元的通道视紫质（ChR2）（Guo等人，2009）（用于审查刺激神经元的可用方法具有空间和时间分辨率参见Anselmi等人，2015）。
为了获得刺激的空间控制，第一种可能性是使用激光并将其光束快速移动到不同位置。例如，通过用声光偏转器偏转激光束已经实现了在不同树枝状位置处的谷蛋白解冻（Shoham等人，2005）。只有我们在有限的区域内足够缓慢地调节光强度，这个策略才可能是可行的。或者，可以使用相位或强度的光调制器来实现光的空间图案。基于相位调制的全息技术允许以三维空间精度获得图像，但是可以以仅100Hz的速率显示图案（Papagiakoumou等人，2010）。如果二维图案是足够的，则可以通过将投影仪或阵列的LED放置在样品的共轭平面中来简单地获得强度调制（Farah等人，2007; ...
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| In vivo Live Imaging of Calcium Waves and Other Cellular Processes during Fertilization in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Fertilization calcium waves are a conserved trigger for animal development; however, genetic analysis of these waves has been limited due to the difficulty of imaging in vivo fertilization. Here we describe a protocol to image calcium dynamics during in vivo fertilization in the genetic animal model Caenorhabditis elegans. This protocol consists of germline microinjection of a chemical calcium indicator, worm immobilization, live imaging, and image processing that quantifies the calcium fluorescence in the oocyte region moving in the field-of-view during ovulation. This imaging protocol can also be used to image other cellular processes during in vivo fertilization in C. elegans, such as membrane fusion and cytoskeletal dynamics.
[摘要] 受精钙波是动物发育的保守触发因素; 然而，这些波的遗传分析由于在体内成像难以受精而受到限制。 在这里，我们描述了在遗传动物模型秀丽隐杆线虫中的体内受精期间成像钙动力学的方案。 该方案包括化学钙指示剂的种系显微注射，蠕虫固定，活体成像和图像处理，其量化在排卵期间在视野内移动的卵母细胞区域中的钙荧光。 该成像方案也可以用于在体内受精期间对其他细胞过程进行成像。 线虫，如膜融合和细胞骨架动力学。
受精钙波在卵活化中起关键作用，并通过使用体外施肥系统在各种生物体中进行了分析。 线虫秀丽隐杆线虫由于其半透明的身体，适合于在体内成像受精。 受精钙成像在C. 塞缪尔等人报道了使用化学钙指示剂的线虫。 （2001）。 我们在这里描述了通过应用高速旋转盘共焦显微镜和图像处理方法从成像方法修改的方案，其在排卵期间分割在视场中移动的受精卵母细胞区域。 该协议能够精确定量描述钙波的时间动力学和波形图的遗传分析。
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