| Tracing Nitrogen Metabolism in Mouse Tissues with Gas Chromatography-Mass Spectrometry
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Author:
Date:
2021-02-20
[Abstract] Nitrogen-containing metabolites including ammonia, amino acids, and nucleotides, are essential for cell metabolism, growth, and neural transmission. Nitrogen metabolism is tightly coordinated with carbon metabolism in the breakdown and biosynthesis of amino acids and nucleotides. Both nuclear magnetic resonance spectroscopy and mass spectrometry including gas chromatography-mass spectrometry (GC MS) and liquid chromatography (LC MS) have been used to measure nitrogen metabolism. Here we describe a protocol to trace nitrogen metabolism in multiple mouse tissues using 15N-ammonia coupled with GC MS. This protocol includes detailed procedures in tracer injection, tissue preparation, metabolite extraction, GC MS analysis and natural abundance corrections. This protocol will provide a useful ...
[摘要] [摘要]含氮代谢物，包括氨，氨基酸和核苷酸，对于细胞代谢，生长和神经传递至关重要。在氨基酸和核苷酸的分解和生物合成中，氮代谢与碳代谢紧密相关。核磁共振光谱法和质谱法（包括气相色谱-质谱法（GC MS）和液相色谱法（LC MS））均已用于测量氮代谢。在这里，我们描述了使用15 N氨气与GC MS结合追踪多种小鼠组织中氮代谢的方案。该协议在 包括示踪剂注射，组织制备，代谢物提取，GC MS分析和自然丰度校正的详细程序。该协议将为研究代谢活性组织（例如视网膜，脑，肝和肿瘤）中组织特异性氮提供有用的工具。
[背景]核磁共振波谱法（NMR）和质谱法（包括质谱法（GC MS）和液相色谱法（LC MS））已成功用于各种生物体的全系统代谢物测量（Fiehn，2002和20 1 6; Chokkathukalam等，2014）。但是，每种方法都有其局限性，取决于研究类型，包括绝对定量，代谢物性质，灵敏度，稳健性，同位素分析和成本效益（Chokkathukalam等人，2014）。与NMR相比，基于MS的方法具有更高的灵敏度和代谢物覆盖率，因此更加常用。稳定的同位素标记加上LC MS或GC MS可以灵敏地定量健康和患病组织或细胞中的动态代谢变化（Jang等人，2018）。LC MS与稳定的氮同位素结合揭示了谷氨酰胺氮代谢如何与癌细胞中的碳代谢协调（Wang等人，2019）。GC ...
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| Targeted Mutagenesis Using RNA-guided Endonucleases in Mosses
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] RNA-guided endonucleases (RGENs) have been used for genome editing in various organisms. Here, we demonstrate a simple method for performing targeted mutagenesis and genotyping in a model moss species, Physcomitrella patens, using RGENs. We also performed targeted mutagenesis in a non-model moss, Scopelophilla cataractae, using a similar method (Nomura et al., 2016), indicating that this experimental system could be applied to a wide range of mosses species.
[摘要] RNA引导的核酸内切酶（RGENs）已被用于各种生物体的基因组编辑。 在这里，我们展示了使用RGENs在模型苔藓种类小立碗藓中进行定向诱变和基因分型的简单方法。 我们还使用类似的方法（Nomura等，2016）在非模型苔藓，Scopelophilla白内障中进行了定向诱变，表明该实验系统可以应用于广泛的苔藓物种。
【背景】使用来自适应性免疫系统的RNA引导内切核酸酶（RGEN）的靶向诱变，使用细菌CRISPR（定期间隔的回文重复序列）/ Cas（CRISPR相关）系统近年来已经急剧发展。在该方法中，使用源自化脓性链球菌的Cas9核酸内切酶和人工设计的单链导向RNA（sgRNA）。 Cas9-sgRNA复合物识别原始相邻基序（5'-NGG-3'），并在目标位点上游3 bp切割（Jinek等，2012）。随后，在DNA的双链断裂（DSB）修复过程中发生随机插入和/或缺失突变。使用这些RGEN的定向诱变是有效的以及成本和时间有效的，它已被用于各种生物体（包括许多植物物种）的基因组编辑。在这里，我们在青苔中建立了使用RGEN进行靶向诱变的方案，并在模型和非模型物种中进行了证明（Nomura等，2016）。
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| Allogeneic Transplantation of Testicular Hyperplasia in rag1 Mutant Zebrafish
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] Allogeneic organ transplantation is a powerful tool for clinical and basic research studies. However, the graft is often rejected by the host organism. Here, we describe a protocol that uses immunodeficient rag1 mutant zebrafish. These zebrafish escaped rejection, which made it possible to successfully transplant fragments of an allogeneic testis and testicular hyperplasia. This protocol can be used to amplify and maintain testicular hyperplasia grafts for several years (Kawasaki et al., 2016). The amplified hyperplasias are likely to be a good source of somatic and germ cells such as Sertoli cells and spermatogonial stem cells.
[摘要] 细胞色素（Cyt）b 559 是光合电子传递系统中光系统II的重要和必需的核心组分，是一种血红素桥接异二聚体蛋白，由α亚基 PsbE ）和β亚基（ PsbE ），其还原形式在559nm的α波段具有吸收最大值。通过用等吸光度点在580nm处的吸光度归一化的减少氧化的差异光谱的分光光度测量可以测定Cyt b 559的量。作者使用的差别消光系数为Cyt b 559 [Δε（559-580nm）= 15.5mM -1 > cm -1 ]，这已由Garewal和Wasserman（1974）报道。除了Cyt b559之外，该程序可用于Cyt b 和Cyt 的定量，Cyt > b 6 / f 复合体和P 700 改编自Fujita和Murakami（1987），用于蓝细菌，细长聚球藻PCC 7942，以及其他蓝细菌菌株，包括集胞藻属（Synechocystis）。 PCC 6803。...
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