| Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a routine procedure in the lab; however, epigenome-wide quantitative comparison among independent ChIP-seq experiments remains a challenge. Here, we contribute an experimental protocol combined with a computational workflow allowing quantitative and comparative assessment of epigenome using animal tissues.
[摘要] 染色质免疫沉淀，然后测序（ChIP-seq）是实验室中的常规程序; 然而，独立ChIP-seq实验之间的表观基因组范围的定量比较仍然是一个挑战。 在这里，我们提供了一个实验方案，结合计算工作流程，允许使用动物组织定量和比较评估表观基因组。
【背景】 修饰组蛋白的染色质和表观遗传复合物调节DNA对转录机制的可及性，从而允许直接控制基因表达。为了表征组蛋白修饰的表观基因组特征，染色质免疫沉淀然后测序（ChIP-seq）已成为一种广泛使用的方法。然而，传统的ChIP-seq方案本质上不是定量的，因此禁止直接比较源自不同细胞类型的样品或经历过不同遗传或化学扰动的细胞。尽管已经提出了几种 in silico 归一化方法来克服这个缺点，但仍然缺乏基于实验的策略。 2014年，奥兰多等人（2014）开发了一种名为ChIP的方法，该方法使用参考外源基因组（ChIP-Rx），该方法利用恒定量的参考或''spike-in''表观基因组基于细胞的表观基因组比较。在当前的协议中，我们通过使用映射的尖峰参考表观基因组的百分比来改进该方法。我们已成功应用此协议直接比较来自动物组织的两个或更多ChIP-seq数据集。
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| Quantifying Symmetrically Methylated H4R3 on the Kaposi’s Sarcoma-associated Herpesvirus (KSHV) Genome by ChIP-Seq
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Post-translational modifications to histone tails contribute to the three-dimensional structure of chromatin and play an important role in determining the relative expression of nearby genes. One such modification is symmetric di-methylation of arginine residues, which may exhibit different effects on gene expression including blocking the binding of transcriptional activators, or recruiting repressive effector molecules. Recent ChIP-Seq studies have demonstrated the importance of cross-talk between different histone modifications in gene regulation. Thus, to acquire a comprehensive understanding of the combined efforts of these epigenetic marks, ChIP-Seq must be utilized for identifying specific enrichment on the chromatin. Tumorigenic herpesvirus KSHV, employs epigenetic mechanisms for ...
[摘要] 组蛋白尾部的翻译后修饰有助于染色质的三维结构，并在确定附近基因的相对表达中起重要作用。一种这样的修饰是精氨酸残基的对称二甲基化，其可能对基因表达展现出不同的作用，包括阻断转录激活剂的结合或招募抑制效应分子。最近的ChIP-Seq研究已经证明不同组蛋白修饰之间在基因调节中的相互作用的重要性。因此，为了全面了解这些表观遗传标记的共同努力，必须利用ChIP-Seq来鉴定染色质上的特定富集。利用表观遗传机制进行基因调控，并且通过ChIP-Seq以全面，不偏倚的方式评估多种组蛋白修饰的相对丰度，我们可以获得关于病毒复制和发病机理的复杂机制的更好的见解。
【背景】卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）是一种致癌性人类病毒，在其生命周期中有两个不同阶段。在最初感染后，KSHV在宿主中建立持续的终生感染，这对免疫受损的个体来说特别有问题。 KSHV可引起HIV / AIDS患者中的各种肿瘤，包括卡波西肉瘤和多发性B细胞淋巴瘤（Chang等，1994; Cesarman等，1995; Russo ，1996; Soulier ，1995）。 KSHV拥有大约165,000bp的大型基因组，编码近90种不同的开放阅读框，具有逃避宿主免疫监视系统，改变宿主细胞生长途径和产生感染性后代病毒粒子的充足工具。
在潜伏阶段期间，仅有一部分病毒基因被表达，其在本质上是致癌的并且还有助于病毒附加体复制和传递到分裂的肿瘤细胞中（Uppal等人，2014; ...
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| Identification of Methylated Deoxyadenosines in Genomic DNA by dA6m DNA Immunoprecipitation
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] dA6m DNA immunoprecipitation followed by deep sequencing (DIP-Seq) is a key tool in identifying and studying the genome-wide distribution of N6-methyldeoxyadenosine (dA6m). The precise function of this novel DNA modification remains to be fully elucidated, but it is known to be absent from transcriptional start sites and excluded from exons, suggesting a role in transcriptional regulation (Koziol et al., 2015). Importantly, its existence suggests that DNA might be more diverse than previously believed, as further DNA modifications might exist in eukaryotic DNA (Koziol et al., 2015). This protocol describes the method to perform dA6m DNA immunoprecipitation (DIP), as was applied to characterize the first dA6m ...
[摘要] 原代小胶质细胞，在单一培养或与神经元或星形胶质细胞共培养，是研究在中枢神经系统（CNS）中小胶质炎症反应和细胞类型特异性相互作用的机制的强大工具。这个协议提供了如何从新生小鼠幼崽制备高纯度原代小胶质细胞的细节。总的步骤包括脑细胞解离，混合胶质细胞培养和小胶质细胞分离。
[背景] 近年来，神经炎症已成为神经科学研究的热点领域。在患有各种神经疾病的患者的脑中观察到炎症反应，例如神经胶质激活和细胞因子上调（Fan等人，2015; Koshimori等人，2015;花园和坎贝尔，2016）。神经炎症不仅被认为是脑中病理变化的结果，而且也是疾病进展的原因（Schwartz等人，2013）。此外，炎症通路的生理功能，其重要性以前被低估，正被揭示为惊人的多才多艺。例如，补体信号通路的激活通常在神经疾病的中枢神经系统（CNS）中观察到，并且被怀疑参与疾病病理生理学（Michailidou等人，2015; Loeffler ...
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