| Isolation of Cytosol, Microsome, Free Polysomes (FPs) and Membrane-bound Polysomes (MBPs) from Arabidopsis Seedlings
|
|
Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] The plant endomembrane system plays vital roles for synthesis, modification and secretion of proteins and lipids. From the classic view, only mRNAs encoding secreted proteins could be targeted to the endoplasmic reticulum (ER) for translation via a co-translational translocation manner, however, recently this model has been challenged by accumulative evidence that lots of cytosolic mRNAs could also associate with ER, and that some categories of small RNAs are enriched on ER. These results suggested unrevealed functions of ER beyond our current knowledge. The large scale identification of RNAs and proteins on microsome is crucial to demonstrating the ER function and the studies will be boosted by next generation sequencing technology. This protocol provides a technical workflow to isolate ...
[摘要] 植物内膜系统对蛋白质和脂质的合成，修饰和分泌起着至关重要的作用。 从经典观点来看，只有编码分泌蛋白质的mRNA才能通过协同翻译方式靶向内质网（ER）进行翻译，然而最近，这一模型已经被大量的细胞溶质mRNA也可能与 ER，并且一些类别的小RNA在ER上富集。 这些结果表明ER的功能超出了目前的知识。 在微粒体上大规模鉴定RNA和蛋白质对于显示ER功能至关重要，研究将由下一代测序技术提升。 该协议提供了从植物组织中分离细胞质，微粒体，游离多聚体（FP）和膜结合多聚体（MBP）的技术工作流程。 分离的级分适用于mRNA，小RNA和蛋白质的基因组广谱分析。
【背景】植物内膜系统对于细胞壁形成，脂质生物合成，蛋白质合成，修饰，折叠和贩运非常重要。根据共翻译易位模型，分泌蛋白N末端的信号肽由细胞溶质多核糖体合成，然后由ER上的信号识别粒子识别，其余蛋白质部分随后在ER上合成。根据该模型，只有编码分泌蛋白的mRNA可以被带到ER进行翻译（Peter和Johnson，1994）。然而，从哺乳动物和植物细胞ER（Lerner等人，2003; de ...
|
|
|
| Wheat Coleoptile Inoculation by Fusarium graminearum for Large-scale Phenotypic Analysis
|
|
Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] The ascomycete fungus Fusarium graminearum is a destructive fungal pathogen of wheat, barley and maize. Although reverse genetics and homologous recombination gene deletion methods have generated thousands of gene deletion mutants of F. graminearum, evaluating virulence of these fungal mutants is still a rate-limiting step. Here we present a protocol for inoculation of wheat coleoptiles with conidial suspensions for large-scale phenotypic analysis, and describe how it can also be used to assess fungal infectious growth and symptom developmentat a cellular scale. The inoculation method described in this protocol provides highly reproducible results in wheat coleoptile infection by F. graminearum.
[摘要] 子囊菌真菌禾谷镰刀菌是小麦，大麦和玉米的破坏性真菌病原体。 尽管反向遗传学和同源重组基因缺失方法已经产生了成千上万的F基因缺失突变体。 评估这些真菌突变体的毒力仍然是一个速率限制的步骤。 在这里，我们提出了用于大规模表型分析用分生孢子悬浮液接种小麦胚芽鞘的方案，并且描述了如何也可以用它来评估细菌感染生长和症状发展。 本方案中描述的接种方法通过F提供了小麦胚芽鞘感染的高度可重复的结果。菌。
【背景】镰刀菌镰刀霉（以前也称为赤霉菌）是一种破坏性病原体，在感染后，导致镰孢霉病（FHB）和幼苗枯萎病（Dal Bello等人，2002; Bai和Shaner，2004; Kazan等人，2012年），谷物作物以及玉米的茎和耳腐。已经进行了广泛的分子和遗传学研究，以研究。F之间的相互作用。禾谷镰刀和小麦。鉴于有效的遗传转化系统和井注释基因组的可用性，数百种。已经研究了禾谷镰刀菌基因在营养生长，性发育，次生代谢，应激反应以及宿主中的毒力方面的作用（Jia and Tang，2015）。然而，已经鉴定了仅几种真菌效应物（例如，FGL1和脱氧雪腐镰刀菌烯醇）和宿主抗性基因（例如，小麦Fhb1 ）（Proctor ，1995;Blümke等人，2014; Rawat等人，2016）。
F。据报道，禾谷镰刀菌缺乏通常在宿主中诱导基因为基因介导的抗性的病原体特异性模式（van ...
|
|
|
| Assay to Measure Interactions between Purified Drp1 and Synthetic Liposomes
|
|
Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] A mitochondrion is a dynamic intracellular organelle that actively divides and fuses to control its size, number and shape in cells. A regulated balance between mitochondrial division and fusion is fundamental to the function, distribution and turnover of mitochondria (Roy et al., 2015). Mitochondrial division is mediated by dynamin-related protein 1 (Drp1), a mechano-chemical GTPase that constricts mitochondrial membranes (Tamura et al., 2011). Mitochondrial membrane lipids such as phosphatidic acid and cardiolipin bind Drp1, and Drp1-phospholipid interactions provide key regulatory mechanisms for mitochondrial division (Montessuit et al., 2010; Bustillo-Zabalbeitia et al., 2014; Macdonald et al., 2014; Stepanyants et al., 2015; ...
[摘要] 线粒体是一种动态的细胞内细胞器，主动分裂和融合以控制细胞的大小，数量和形状。线粒体分裂和融合之间的调节平衡是线粒体功能，分布和周转的基础（Roy等，2015）。线粒体分化是由动力蛋白相关蛋白1（Drp1）介导的，其是限制线粒体膜的机械化学GTP酶（Tamura等人，2011）。线粒体膜脂质如磷脂酸和心磷脂结合Drp1，并且Drp1磷脂相互作用提供线粒体分裂的关键调控机制（Montessuit等人，2010; Bustillo-Zabalbeitia等人2014年; Macdonald等人，2014年; Stepanyants等人，2015; Adachi等人，2016）。在这里，我们描述了使用纯化的重组Drp1和具有定义的一组磷脂的合成脂质体定量测量Drp1与脂质的相互作用的生物化学实验。该测定使得可以定义蛋白质 - 脂质相互作用的特异性以及头基和酰基链的作用。
背景 蛋白质和膜脂质的相互作用对于细胞如细胞器分裂中生物膜的重塑至关重要。在线粒体分裂中，Drp1限制线粒体膜并驱动该膜重塑过程。我们最近显示，信号磷脂，磷脂酸与Drp1相互作用，并通过限制线粒体上的组装分裂机制（Adachi等人，2016）产生启动步骤。 Drp1识别磷脂酸的头基和酰基链。为了分析Drp1-磷脂酸结合，我们建立了几种蛋白质 - ...
|
|
|