| Analysis of Replicative Intermediates of Adeno-associated Virus through Hirt Extraction and Southern Blotting
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] Adeno-associated virus (AAV) is a small single-stranded DNA virus that requires the presence of a helper virus, such as adenovirus or herpes virus, to efficiently replicate its genome. AAV DNA is replicated by a rolling-hairpin mechanism (Ward, 2006), and during replication several DNA intermediates can be detected. This detailed protocol describes how to analyze the AAV DNA intermediates formed during AAV replication using a modified Hirt extract (Hirt, 1967) procedure and Southern blotting (Southern, 1975).
[摘要] 腺相关病毒（AAV）是一种小型单链DNA病毒，需要存在辅助病毒，如腺病毒或疱疹病毒，以有效地复制其基因组。 AAV DNA通过滚转发夹机制（Ward，2006）进行复制，并且在复制期间可以检测出几种DNA中间体。该详细方案描述了如何使用改良的Hirt提取物（Hirt，1967）程序和Southern印迹（Southern，1975）分析在AAV复制期间形成的AAV DNA中间体。
背景 AAV DNA复制通过滚动发夹机制在由AAV和辅助病毒如腺病毒或疱疹病毒共感染的细胞中进行（Ward，2006）。 AAV DNA由4.7kb的线性DNA分子和倒置的末端重复（ITR）组成，折叠形成T形发夹结构。 3'末端发夹作为AAV DNA复制的引物。这些发夹结构由AAV Rep蛋白再生，允许进一步复制（Im和Muzyczka，1990）。 AAV DNA的+和 - 链都被包装并且是感染性的（Rose等人，1969）。当分析复制AAV DNA时，可以检测到几种复制中间体（Straus等人，1976）。最丰富的复制中间体是由AAV DNA的一个和一个链形成的线性单体双链体分子，其被认为是将包装在预先形成的衣壳中的后代单链分子的直接前体（Straus ，1976）。二聚体复制中间体也是常见的，AAV复制模型与甚至更大的复制中间体相容。 ...
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| Quantitative Measurements of HIV-1 and Dextran Capture by Human Monocyte-derived Dendritic Cells (MDDCs)
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Author:
Date:
2016-11-20
[Abstract] The aim of this protocol is to describe how to measure and quantify the amount of HIV-1 particles and dextran molecules internalized in human monocyte derived dendritic cells (MDDCs), using three different techniques: flow cytometry, quantitative PCR and confocal microscopy.
[摘要] 本协议的目的是描述如何使用三种不同的技术：流式细胞术，定量PCR和共聚焦显微镜来测量和量化人类单核细胞衍生树突细胞（MDDCs）中内在的HIV-1颗粒和葡聚糖分子的量。
[背景] 开发此协议是为了评估在人单核细胞衍生的树突细胞中肌动蛋白成核破坏时HIV-1内化的变化。在shRNA筛选后，识别对于HIV-1从树突状细胞转移到T细胞重要的基因，我们观察到肌动蛋白成核的中断导致从富含肌动蛋白的树突到水泡的转变，由于过量的肌动球蛋白收缩。结果，观察到HIV-1转移的减少和由于水泡收缩驱动的巨噬细胞增多引起的HIV-1内化的增加。我们的结论是，肌动蛋白成核和稳定的效应器是维持艾滋病毒1对肌动蛋白丰富的树突和限制其内吞作用，有效转移到T淋巴细胞的关键（Menager和Littman，2016）。
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| Identification of RNA-binding Proteins by RNA Ligand-based cDNA Expression Library Screening
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Author:
Date:
2016-01-20
[Abstract] We previously reported when a portion of the Requiem (REQ/DPF2) messenger ribonucleic acid (mRNA) 3’ untranslated region (3’UTR), referred to as G8, was overexpressed in K562 cells, β-globin expression was induced, suggesting that the 3’UTR of REQ mRNA plays a physiological role (Kim et al., 2014). To identify trans-acting factors that bind to the REQ 3’UTR, we describe the RNA ligand based cDNA expression library screening method. This protocol could be adapted to detect specific RNA-protein interactions. Following this method, we identified six positive clones in the initial round of screening and four pure clones after sib-screening. This protocol was originally published in Kim et al. (2014).
[摘要] 我们先前报道当在K562细胞中过表达Requiem（REQ/DPF2）信使核糖核酸（mRNA）3'非翻译区（3'UTR），称为G8的一部分时，诱导β-球蛋白表达， REQ mRNA的3'UTR起生理作用（Kim等人，2014）。 为了鉴定结合REQ 3'UTR的反式作用因子，我们描述了基于RNA配体的cDNA表达文库筛选方法。 这个协议可以适应于检测特定的RNA-蛋白相互作用。 按照这种方法，我们在初始轮筛选中鉴定了6个阳性克隆，在同胞筛选后鉴定了4个纯克隆。 该协议最初发表于Kim等人（2014）。
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