Soluble and Solid Iron Reduction Assays with Desulfitobacterium hafniense
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There is a pressing need to develop sustainable and efficient methods to protect and stabilize iron objects. To develop a conservation-restoration method for corroded iron objects, this bio-protocol presents the steps to investigate reductive dissolution of ferric iron and biogenic production of stabilizing ferrous iron minerals in the strict anaerobe Desulfitobacterium hafniense (strains TCE1 and LBE). We investigated iron reduction using three different Fe(III) sources: Fe(III)-citrate (a soluble phase), akaganeite (solid iron phase), and corroded coupons. This protocol describes a method that combines spectrophotometric quantification of the complex Fe(II)-Ferrozine® with mineral characterization by scanning electron microscopy and Raman spectroscopy. These three ...
[摘要] 迫切需要开发可持续和有效的方法来保护和稳定铁制物体。为了开发腐蚀铁物体的保护 - 恢复方法,该生物方案提出了研究严格厌氧菌[Desulfitobacterium hafniense (菌株TCE1)中三价铁的还原溶解和稳定亚铁矿物质的生物产生的步骤。和LBE)。我们使用三种不同的Fe(III)来源研究了铁还原:Fe(III) - 柠檬酸盐(可溶相),akaganeite(固体铁相)和腐蚀的试样。该协议描述了一种方法,该方法结合了复杂的Fe(II)-Ferrozine ®的分光光度定量,通过扫描电子显微镜和拉曼光谱进行矿物表征。这三种方法可以评估三价铁的还原溶解和生物矿物质生产,作为开发一种创新的可持续方法来稳定腐蚀铁的有希望的替代方法。
【背景】自铁器时代以来,铁已被用于生产日常用具。因此,考古学上的铁试验是过去极其重要的证据,应予以保留。然而,由于其反应性,铁容易被腐蚀并且考古铁物体可能被完全损坏。埋藏时,铁制品会根据埋葬地点的环境条件形成复杂的腐蚀层。挖掘后,条件发生变化,腐蚀层变得不稳定。为避免完全破坏,考古铁制物需要快速稳定处理。目前,可用的稳定化处理不能提供长期保护并且具有实质性缺点,例如毒性,低效率和大量废物的产生(Scott和Eggert,2009; Rimmer 等人, 2012)。因此,有必要开发新技术来稳定考古铁器。
越来越多地考虑利用微生物代谢来开发更有效,可持续和环保的保护 ...
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TUNEL Assay to Assess Extent of DNA Fragmentation and Programmed Cell Death in Root Cells under Various Stress Conditions
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Author:
Date:
2017-08-20
[Abstract] DNA damage is one of the common consequences of exposure to various stress conditions. Different methods have been developed to accurately assess DNA damage and fragmentation in cells and tissues exposed to different stress agents. However, owing to the presence of firm cellulosic cell wall and phenolics, plant cells and tissues are not easily amenable to be subjected to these assays. Here, we describe an optimized TUNEL (terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP nick-end labeling) assay-based protocol to determine the extent of DNA fragmentation and programmed cell death in plant root cells subjected to various stress conditions. The method described here has the advantages of simplicity, reliability and reproducibility.
[摘要] DNA损伤是暴露于各种压力条件的常见后果之一。 已经开发了不同的方法来准确评估暴露于不同应激剂的细胞和组织中的DNA损伤和碎裂。 然而,由于纤维素细胞壁和酚类物质的存在,植物细胞和组织不容易进行这些测定。 在这里,我们描述了优化的TUNEL(末端脱氧核苷酸转移酶介导的dUTP切口标记)测定方法,以确定经受各种应激条件的植物根细胞中DNA片段化和程序性细胞死亡的程度。 这里描述的方法具有简单,可靠和重复性好的优点。 【背景】暴露于各种压力通常导致至少一定程度的DNA损伤,导致各种损伤,例如胸腺嘧啶二聚化,碱基烷基化,单链缺口和双链断裂(Bray和West,2005; Manova和Gruszka,2015)。在所有类型的DNA损伤中,DNA片段化在应激条件下特别令人关注,这可能是应激的直接影响(如用基因毒素治疗方法所观察到的)或间接作用(主要是通过过度产生的活性氧),甚至可能是两者的累积结果(Bray和West,2005; Kapoor等,2015)。这种DNA损伤必须由细胞的修复机械精确修复,否则可能会导致细胞死亡。为了维持正常状态,细胞利用依赖于三个非排他事件的DNA损伤反应。检测/识别损坏,其通过维修机械的访问,最后修复(Smerdon,1991)。 在细胞水平上应力适应的主要分子机制之一涉及对由于应激引起的受损DNA的DNA损伤和/或有效修复的抗性。因此,为了评估基因型的应激适应性,通常需要对DNA损伤进行准确评估。两种广泛用于检测植物DNA断裂的测定法是单细胞凝胶电泳 ...
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Macromolecular Biosynthesis Assay for Evaluation of Influence of an Antimicrobial on the Synthesis of Macromolecules
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Date:
2013-06-20
[Abstract] One of the most compelling approaches in the discovery of novel antimicrobials is screening of natural sources. In our publication we report on the activity of a compound 8-hydroxyserrulat-14-en-19-oic acid (EN4), a diterpene isolated from the Australian plant Eremophila neglecta. We evaluate its applicability for treatment of implant-associated infections. A comprehensive analysis of the mechanism of action of EN4 against staphylococci revealed its membranolytic properties and a general inhibition of macromolecular biosynthesis, which was confirmed in a macromolecular biosynthesis assay and suggested a multitarget activity. The method used to investigate an influence of EN4 on the synthesis of peptidoglycan, RNA, DNA and proteins is based on precipitation of macromolecules with ...
[摘要] 在发现新的抗微生物剂中最引人注目的方法之一是筛选天然来源。在我们的出版物中,我们报告了一种化合物8-羟基胆固醇-14-烯-19-酸(EN4)(一种从澳大利亚植物中分离的二萜烯)的活性。我们评估其适用于植入物相关感染的治疗。对EN4对葡萄球菌的作用机制的综合分析揭示其膜分解性质和大分子生物合成的一般抑制,其在大分子生物合成测定中被证实并提出多靶点活性。用于研究EN4对肽聚糖,RNA,DNA和蛋白质的合成的影响的方法是基于大分子与三氯乙酸的沉淀。这些大分子由相应的[3 H] - 标记的前体合成。测量掺入和不掺入抗微生物剂的放射性,并反映测试化合物的作用模式。使用具有已知作用机制的抗生素作为对照。
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