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FastPrep-24 instrument

MP Fastprep-24匀浆器

Company: MP Biomedicals
Catalog#: 116004500
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Characterizing the Transcriptional Effects of Endolysin Treatment on Established Biofilms of Staphylococcus aureus
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Biofilms are the most common lifestyle of bacteria in both natural and human environments. The organized structure of these multicellular communities generally protects bacterial cells from external challenges, thereby enhancing their ability to survive treatment with antibiotics or disinfectants. For this reason, the search for new antibiofilm strategies is an active field of study. In this context, bacteriophages (viruses that infect bacteria) and their derived proteins have been proposed as promising alternatives for eliminating biofilms. For instance, endolysins can degrade peptidoglycan and, ultimately, lyse the target bacterial cells. However, it is important to characterize the responses of bacterial cells exposed to these compounds in order to improve the design of phage-based ... [摘要]  生物膜是自然和人类环境中最常见的细菌生活方式。这些多细胞社区的有组织结构通常保护细菌细胞免受外部挑战,从而增强其抗生素或消毒剂治疗的生存能力。为此,寻找新的抗菌膜策略是一个积极的研究领域。在这种情况下,已提出噬菌体(感染细菌的病毒)及其衍生蛋白作为消除生物膜的有希望的替代物。例如,内溶素可降解肽聚糖,并最终裂解靶细菌细胞。然而,表征暴露于这些化合物的细菌细胞的反应以改进基于噬菌体的抗微生物策略的设计是重要的。

如以前在Fernández等人(2017)中所描述的,开发该协议以检查暴露于内溶素处理的金黄色葡萄球菌生物膜细胞的转录反应。然而,它可能随后适用于分析其他微生物对不同抗菌剂的反应。

【背景】越来越清楚的是,亚抑制剂量的抗菌剂可能对目标微生物的不同表型具有调节作用,包括生物膜形成,代谢或毒力。因此,研究新化合物对低浓度靶细胞的潜在影响应该是发展过程的一部分。事实上,引发毒力因子或抗生素耐药决定簇产生的非常有效的抗菌剂可能不是治疗应用的良好候选者。另一方面,考虑到生物膜和浮游细胞之间的生理差异,应该对生物膜形成细胞分析新抗生物膜剂的作用似乎是合乎逻辑的。在这里,我们描述了一种协议,用于分析生物膜细胞在亚抑制浓度的内抑素浓度下的转录反应,噬菌体来源的蛋白质作为生物膜去除剂展现出巨大的前景。因此,通过RNA-seq将内溶素处理的细胞的转录组与对照细胞进行比较,并且后来通过RT-qPCR证实了所选基因的差异表达。 ...

ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). This protocol can be extended to analyze any DNA-binding protein in cyanobacteria for which suitable antibodies ... [摘要]  氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中,一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解,但其控制下的基因集(即它的调节子)仍然没有很好的定义。 在该协议中,我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程,随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析(ChIP-seq)。 PCC 6803(以下简称<集气囊)。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。

【背景】为了维持体内平衡,细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子(TF)控制的,这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而,反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围,我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近,染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是,ChIP-seq使用下一代测序(NGS)的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比,ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制,并且可以研究整个基因组的TF结合位点。

在蓝细菌中,氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA,属于CRP(cAMP受体蛋白)家族的TF(Herrero等人,2001)。在集胞蓝细菌中,NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...

An Improved Method for Measuring Chromatin-binding Dynamics Using Time-dependent Formaldehyde Crosslinking
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  Formaldehyde crosslinking is widely used in combination with chromatin immunoprecipitation (ChIP) to measure the locations along DNA and relative levels of transcription factor (TF)-DNA interactions in vivo. However, the measurements that are typically made do not provide unambiguous information about the dynamic properties of these interactions. We have developed a method to estimate binding kinetic parameters from time-dependent formaldehyde crosslinking data, called crosslinking kinetics (CLK) analysis. Cultures of yeast cells are crosslinked with formaldehyde for various periods of time, yielding the relative ChIP signal at particular loci. We fit the data using the mass-action CLK model to extract kinetic parameters of the TF-chromatin interaction, including the on- and ... [摘要]  甲醛交联广泛用于与染色质免疫沉淀(ChIP)相结合来测量沿着DNA的相对位置以及转录因子(TF)-DNA相互作用的体内相对水平。但是,通常所做的测量不能提供关于这些交互的动态属性的明确信息。我们已经开发了一种方法来评估来自时间依赖性甲醛交联数据的结合动力学参数,称为交联动力学(CLK)分析。酵母细胞的培养物与甲醛交联不同的时间段,在特定位点产生相对的ChIP信号。我们使用质量作用CLK模型来拟合数据,以提取TF-染色质相互作用的动力学参数,包括开关速率和交联速率。从停车费和停车费中我们可以获得停车和停车时间。以下方案是该方法的第二次迭代,CLKv2,更新了改进的交联和淬火条件,更多关于交联速率的信息以及对观察到的动力学模型建模的系统程序。已应用CLKv2分析来研究TATA结合蛋白(TBP)和其他TF的选定子集的结合行为。该协议使用酵母细胞开发,但也可适用于来自其他生物体的细胞。

【背景】转录起始是一个复杂的过程,涉及染色质化启动子上数十种蛋白的协作和协调相互作用(Kim等人,2005; Encode Consortium,2012; Rhee等人, ,2012; Dowen等人,2014年)。许多研究已经研究了体外核心转录机器的组装和调控(Zawel和Reinberg,1992; Conaway和Conaway,1993; Roeder,1996; ...

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