| Identifying Protein Interactions with Histone Peptides Using Bio-layer Interferometry
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Histone post-translational modifications (PTMs) regulate numerous cellular processes, including gene transcription, cell division, and DNA damage repair. Most histone PTMs affect the recruitment or exclusion of reader proteins from chromatin. Here, we present a protocol to measure affinity and interaction kinetics between histone peptides and the recombinant protein using Bio-layer interferometry.
[摘要] 组蛋白翻译后修饰（PTM）调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复。 大多数组蛋白PTM影响从染色质中募集或排除读取蛋白。 在这里，我们提出了一个协议，使用生物层干涉测量法测量组蛋白肽和重组蛋白之间的亲和力和相互作用动力学。
【背景】真核染色质结构大致分为常染色质和异染色质（Cheung和Lau，2005），异染色质结构根据组蛋白翻译后修饰（PTM）的组合进一步细分。这些PTM不仅改变染色质构象，还在基因表达和蛋白质募集中建立直接调节作用（Felsenfeld和Groudine，2003; Allshire和Madhani，2017）。组蛋白PTM的无数组合 - 包括乙酰化，磷酸化，甲基化，泛素化，生物素化，SUMO化和脯氨酸异构化，统称为“组蛋白标记” - 可以被发现，特别是在从核小体核心突出的非结构化N末端尾部（ Guetg和Santoro，2012）。这些PTM通过不同“读者”或效应蛋白的活动调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复（Suganuma和Workman，2011）（Musselman et al。， 2012）。因此，已经做出很大努力来识别读者的组蛋白修饰。
使用常规方法（例如，表面等离子体共振[SPR]和SPR成像[SPRi]生物传感器）研究读取蛋白与其靶蛋白PTM之间的相互作用通常需要大量底物或复杂的多步实验方法并且由于各种方法特定的限制而变得复杂。这些问题排除了量化相互作用强度的简便性和准确性（Phizicky和Fields，1995; ...
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| In situ Hybridization (ISH) in Preparasitic and Parasitic Stages of the Plant-parasitic Nematode Meloidogyne spp.
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The spatio-temporal expression pattern of a gene provides important indications to better understand its biological function. In situ hybridization (ISH) uses a labeled complementary single-stranded RNA or DNA probe to localize gene transcripts in a whole organism, a whole organ or a section of tissue. We adapted the ISH technique to the plant parasite Meloidogyne spp. (root-knot nematode) to visualize RNAs both in free-living preparasitic juveniles and in parasitic stages settled in the plant tissues. We describe each step of the probe synthesis, digoxigenin (DIG) labeling, nematode extraction from plant tissue, and ISH procedure.
[摘要] 基因的时空表达模式为更好地理解其生物学功能提供了重要的指示。 原位杂交（ISH）使用标记的互补单链RNA或DNA探针来定位整个生物体，整个器官或一部分组织中的基因转录物。 我们将ISH技术应用于植物寄生虫
【背景】到目前为止，植物寄生性线虫的稳定转化尚未成功。 ISH能够在整个装载的Meloidogyne spp中分析体内时空基因表达。线虫。这些根结线虫在土壤中以微小蚓状幼虫（J2）形式孵化并感染宿主植物根部。 J2s穿透根部并迁移到根部维管柱状细胞。幼虫定居在根部，发育成J3和J4寄生幼鱼，诱导分化专化饲养细胞。线虫最终发育成梨形雌性，将在根表面释放数百个卵。在这里，我们报告了一个详细的协议来检测准备性整体安装J2s和寄生阶段中的单个RNA分子。寄生虫阶段的ISH需要在感染根部提取线虫前一天采取额外的程序。我们描述了在线虫整个组织中使用地高辛（DIG）标记的cDNA探针检测转录物。
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| Improved Oviduct Transfer Surgery for Genetically Modified Rat Production
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Author:
Date:
2017-08-20
[Abstract] Rat embryo transfer surgeries are becoming more common with targeted nucleases increasing the demand for rat models. This protocol details pre-surgical preparation, improved surgical techniques for placing embryos into the oviduct, and post-surgical care of rats to parturition. Direct application of mouse oviduct transfer protocols results in limited success in the rat. By combining techniques from several widely used protocols in the field, increased yield of live pups born to healthy dams is possible. This protocol is distinct from previously published protocols by the use of a modified anesthesia protocol (Smith et al., 2004), use of analgesia, the addition of peritoneal sutures (Filipiak and Saunders, 2006), incision location and number of transfers per animal (Krinke et al. ...
[摘要] 大鼠胚胎移植手术正变得越来越普遍，靶向核酸酶增加对大鼠模型的需求。 该协议详细介绍了手术前准备，将胚胎置入输卵管的改进的外科技术以及大鼠分娩后的手术后护理。 直接应用小鼠输卵管转移方案在大鼠中的成功有限。 通过组合来自现场广泛使用的几种方案的技术，可以提高健康水坝出生的活的小狗的产量。 该方案与以前公开的方案不同，通过使用改进的麻醉方案（Smith等人，2004），使用止痛剂，添加腹膜缝线（Filipiak和Saunders，2006），切割位置和每只动物的转移数 （Krinke等，2000）。
【背景】在显微注射和胚胎移植手术后可靠地生产健康小狗的能力对于模型创建至关重要，特别是创建多个创始动物的可能性增加，对观察到的表型有信心。因此，即使使用不同浓度的注射液，出生率相对于报告的比例较低，系统地对现有的小鼠胚胎移植方案进行了修改，以更好地适应大鼠。
多个出版物描述了将胚胎转移到两侧子宫的两个角的输卵管;然而，这增加了动物在麻醉下的时间长度，并且需要中线切口并穿过腹膜腔以到达侧生殖道，或者产生两个单独的切口（Krinke等人，2000）。这些选择不太理想，因为这两个选项都会增加动物的压力，从而增加妊娠中止的可能性。通过在术前和术后创建单侧切口并施用镇痛，动物的压力被最小化（Smith等人，2004）。使用异氟烷可注射麻醉剂可以最大程度地降低毒性风险（如三溴乙醇所见），IP注射损伤和重复给药，所有这些都与啮齿动物手术后的死亡率相关（Bernal ...
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