| Accurate, Streamlined Analysis of mRNA Translation by Sucrose Gradient Fractionation
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] The efficiency with which proteins are produced from mRNA molecules can vary widely across transcripts, cell types, and cellular states. Methods that accurately assay the translational efficiency of mRNAs are critical to gaining a mechanistic understanding of post-transcriptional gene regulation. One way to measure translational efficiency is to determine the number of ribosomes associated with an mRNA molecule, normalized to the length of the coding sequence. The primary method for this analysis of individual mRNAs is sucrose gradient fractionation, which physically separates mRNAs based on the number of bound ribosomes. Here, we describe a streamlined protocol for accurate analysis of mRNA association with ribosomes. Compared to previous protocols, our method incorporates internal ...
[摘要] 从mRNA分子产生蛋白质的效率可以在转录本，细胞类型和细胞状态之间广泛变化。准确测定mRNA翻译效率的方法对获得对转录后基因调控的机理理解至关重要。测量翻译效率的一种方法是确定与mRNA分子相关的核糖体的数目，归一化为编码序列的长度。分析单个mRNA的主要方法是蔗糖梯度分级，其基于结合核糖体的数目物理分离mRNA。在这里，我们描述了精确分析与核糖体的mRNA相关性的简化方案。与以前的方案相比，我们的方法结合内部控制和改进的缓冲条件，共同减少由非特异性mRNA - 核糖体相互作用引起的伪像。此外，我们的直接分数qRT-PCR方案消除了从梯度部分中RNA纯化的需要，这大大减少了所需的手动时间量，并促进了多个条件或基因靶标的并行分析。此外，在该过程中不产生苯酚废物。我们最初开发了协议来研究S-HAC1 mRNA的翻译抑制状态。但是我们还详细介绍了哺乳动物细胞系和组织的适应程序。
【背景】将mRNA翻译成蛋白质是一种高度调节的过程，其可以以不同的速率发生，这取决于基因，细胞环境或环境。翻译起始，延伸和终止的每个步骤可以是最终影响与mRNA相关的核糖体数量的调节点（Dever和Green，2012; ...
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| Mouse Model of Dengue Virus Infection with Serotypes 1 and 2 Clinical Isolates
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Dengue is a global public health threat caused by infection with any of the 4 related dengue virus serotypes (DENV1-4). Clinical manifestations range from self-limiting febrile illness, known as dengue fever (DF), to life-threatening severe diseases, such as dengue hemorrhagic fever (DHF) or dengue shock syndrome (DSS). Most cases of DHF/DSS are associated with secondary heterotypic infections through a phenomenon that is described as antibody-dependent enhancement of infection (ADE). There are an estimated 400 million human infections and several hundred thousand cases of severe dengue occurring yearly. At present, however, there are no approved antiviral drugs against DENV infection. The lack of a suitable animal model has hampered the evaluation of novel antiviral candidates for DENV ...
[摘要] 登革热是由4种相关登革热病毒血清型（DENV1-4）的任一种感染引起的全球公共卫生威胁。临床表现的范围从自限性发热疾病，称为登革热（DF），到危及生命的严重疾病，如登革热出血热（DHF）或登革热休克综合征（DSS）。大多数DHF/DSS病例通过描述为抗体依赖性增强感染（ADE）的现象与继发性异型感染相关。估计每年有4亿人感染和数十万例严重登革热病例。然而，目前，还没有批准的抗DENV感染的抗病毒药物。缺乏合适的动物模型阻碍了DENV感染的新抗病毒候选物的评价。由于DENV在免疫活性小鼠中不良地建立感染，已将AG129小鼠（缺乏I型和II型IFN [干扰素]受体）和小鼠适应的DENV2株应用于能够繁殖人类感染的几种主要病理的登革动物模型。最近，我们开发了具有临床分离株DENV1和DENV2的新的小鼠模型，其将用于药物测试和登革热发病机理研究（Watanabe等人，2016）。在这里我们描述建立临床分离株的登革热小鼠模型的细节;从体外材料制备到体内病毒感染。值得注意的是，由于DENV在小鼠中的感染性在病毒株之间不同，不是所有临床分离株都可以诱导严重的登革热。
关键字：登革热病毒，致命的小鼠模型，临床病毒，病毒感染的抗体依赖性增强，药物测试
[背景] 为了克服DENV在啮齿动物细胞中不能很好复制的缺点，多年来已经进行了许多努力来开发模拟人类登革热感染的小动物模型。近交小鼠模型系统允许实验可变性最小化，并且遗传工程小鼠模型能够再现动物中登革热临床症状的一些方面。过去的研究显示，用DENV2临床分离物感染的AG129小鼠（缺乏I型和II型IFN受体）感染瘫痪的迹象，这是中枢神经系统受累的病症，在人类病例中是罕见的（Shresta等人。，2004）。或者，产生可在AG129小鼠中诱导人类DHF/DSS样疾病的小鼠适应的DENV2毒株，并已用于登革热研究（Shresta等人，2006; ...
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| Affymetrix Genome-wide Human SNP Assay
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Author:
Date:
2016-05-20
[Abstract] To assess genomic variation, it is possible to identify the single nucleotide polymorphisms (SNP) which an individual carries. Using the Affymetrix Genome-wide Human SNP Assay, it is possible to assess 906,600 SNPs on a single array. This protocol, the next iteration of the GeneChip Mapping 500K array set, is based directly on the manufacturers’ protocol and shows steps which are highly similar to that which is found here: http://media.affymetrix.com/support/downloads/manuals/genomewidesnp6_manual.pdf.
[摘要] 为了评估基因组变异，可以鉴定个体携带的单核苷酸多态性（SNP）。 使用Affymetrix全基因组人类SNP测定，可以在单个阵列上评估906,600个SNP。 这个协议是GeneChip Mapping 500K数组集的下一个迭代，它直接基于制造商的协议，并显示了与这里非常相似的步骤：http://media.affymetrix.com/support/downloads/manuals/genomewidesnp6_manual.pdf 。
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