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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] Cellular barcoding enables the dissection of clonal dynamics in heterogeneous cell populations through single cell lineage tracing. The labeling of hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) with unique and heritable DNA barcodes, makes it possible to resolve donor cell heterogeneity in terms of differentiation potential and lineage bias at the single cell level, through subsequent transplantation and high-throughput sequencing. Furthermore, cellular barcoding allows for bona fide hematopoietic stem cells (HSCs) to be defined based on functional rather than immunophenotypic parameters.
This protocol describes the work flow of lentiviral cellular barcoding, tracking 14.5 days post coitum (d.p.c.) fetal liver (FL) Lineage-Sca+cKit+ (LSK) HSPCs following ...
[摘要] 细胞条形码可以通过单细胞谱系追踪来分离异种细胞群体中的克隆动力学。通过独特和可遗传的DNA条形码对造血干细胞和祖细胞（HSPC）进行标记，可以通过随后的移植和高通量测序，在单细胞水平上分化供体细胞异质性，分化潜力和谱系偏倚。此外，细胞条形码可以根据功能而不是免疫表型参数定义真正的造血干细胞（HSC）。
＆nbsp;该协议描述了慢病毒细胞条形码的工作流程，追踪1450天后（dpc）胎肝（FL）Lineage-Sca+ cKit + （LSK）HSPC经过长期重建（图1）（Kristiansen等人，2016），但可以适应于选择的细胞类型或时间框架。
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图1.实验工作流程摘要（Naik 等人，2013）
最初建立了细胞条形码技术来解决在体内移植造血细胞后的单细胞动力学，并且近年来在移植中对血细胞群体中功能异质性的认识有显着贡献（Schepers ，2008; Gerrits等人，2010; Lu等人，2011; Naik等人 ，2013; Verovskaya等人，2013; ...
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Author:
Date:
2016-04-20
[Abstract] Under certain growth conditions some microorganisms secrete organic acids into the extracellular medium to relieve the accumulation of excess energy carriers, and/or to reduce toxic concentrations of organic acids. For example, a glycogen-deficient ∆glgC mutant of the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002 secretes pyruvate, acetate, α-ketoglutarate, α-ketoisocaproate and succinate (Davies et al., 2014; Jackson et al., 2015). Secretion of these organic acids functions as a putative energy-spilling mechanism in the absence of glycogen, the major carbon and reductant sink in this organism. Identification of secreted organic acids can facilitate the design of metabolic engineering strategies that funnel over-accumulating organic acids towards metabolic ...
[摘要] 在某些生长条件下，一些微生物将有机酸分泌到细胞外介质中以减轻过量能量载体的积累，和/或降低有机酸的有毒浓度。例如，蓝细菌聚集球菌属的糖原缺陷型ΔemggC 突变体。 PCC 7002分泌丙酮酸盐，乙酸盐，α-酮戊二酸盐，α-酮异己酸盐和琥珀酸盐（Davies等人，2014; Jackson等人，2015）。这些有机酸的分泌在不存在糖原的情况下作为推定的能量溢出机制起作用，主要碳和还原剂在该生物体中下沉。分泌的有机酸的鉴定可以促进代谢工程策略的设计，其将过量积聚的有机酸朝向产生感兴趣的产物（例如生物燃料）的代谢途径。在这里，我们描述了使用高效液相色谱（HPLC）分析胞外介质中分泌的有机酸的方法。该方法被开发用于分析由光合微生物（蓝细菌和藻类）分泌到培养基中的有机酸，但是可以用于分析在液体培养基中培养的任何微生物分泌的有机酸。
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