| FRAP: A Powerful Method to Evaluate Membrane Fluidity in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) is probably the most direct method to investigate the dynamics of molecules in living cells. Here, we describe FRAP to quantify membrane fluidity in C. elegans. Using FRAP, we have shown that cold, glucose and exogenous saturated fatty acids can decrease the fluidity of cellular membranes in certain mutants.
[摘要] FRAP（光漂白后的荧光恢复）可能是研究活细胞中分子动力学的最直接方法。 在这里，我们描述FRAP来量化 C中的膜流动性。线虫。 使用FRAP，我们已经表明冷，葡萄糖和外源饱和脂肪酸可以降低某些突变体中细胞膜的流动性。
【背景】生物膜，定义所有细胞的特征，主要由磷脂组成（Van Meer 等人，，2008）。存在于磷脂双层中的脂肪酸物质极大地影响其性质。例如，高饱和脂肪酸含量增加了膜的刚性，而高不饱和脂肪酸含量促进了流动性（Pilon，2016）。细胞膜的脂肪酸组成通常与膳食脂肪的组成明显相关，膳食脂肪可直接掺入磷脂中（Abbott et al。，2012; Dancy et al。，2015）。然而，考虑到饮食中存在广泛的变化，细胞必须具有调节机制，监测和调节膜组成并获得所需的膜性质，例如流动性，曲率，厚度，等等。使用FRAP对在肠道细胞中表达prenylated GFP的蠕虫，我们先前已经证明，缺乏PAQR-2（哺乳动物脂联素受体的同源物）的突变体在葡萄糖或富含饱和脂肪的饮食中培养时降低了膜流动性。酸（Svensk et al。，2016; Devkota et ...
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| Nematode Epicuticle Visualisation by PeakForce Tapping Atomic Force Microscopy
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Author:
Date:
2017-11-05
[Abstract] The free-living soil nematode Caenorhabditis elegans has become an iconic experimental model animal in biology. This transparent animal can be easily imaged using optical microscopy to visualise its organs, tissues, single cells and subcellular events. The epicuticle of C. elegans nematodes has been studied at nanoscale using transmission and scanning (SEM) electron microscopies. As a result, imaging artefacts can appear due to embedding the worms into resins or coating the worms with a conductive gold layer. In addition, fixation and contrasting may also damage the cuticle. Conventional tapping mode atomic force microscopy (AFM) can be applied to image the cuticle of the dried nematodes in air, however this approach also suffers from imaging defects. Ideally, the ...
[摘要] 自由生活的土壤线虫秀丽隐杆线虫已经成为生物学中一个标志性的实验动物模型。这种透明的动物可以很容易地使用光学显微镜成像，以可视化其器官，组织，单细胞和亚细胞事件。 C的角质层。已经使用透射和扫描（SEM）电子显微镜在纳米级研究了线虫线虫。结果，由于将蠕虫嵌入树脂或用导电金层涂覆蠕虫，可能出现成像伪像。另外，固定和对比也可能损伤角质层。传统的敲击模式原子力显微镜（AFM）可用于对干燥的线虫的角质层在空气中成像，然而这种方法也存在成像缺陷。理想情况下，线虫应该在类似自然环境的条件下成像。最近，我们报道了使用PeakForce攻丝AFM模式来成功实现可视化和数值表征。线虫角质层在空气和液体中均有表达（Fakhrullina et al。，2017）。我们成像的主要线虫表面结构和角质层的力学性能表征。该协议提供了对液体浸泡的AF的AFM成像的详细描述。线虫使用PeakForce攻丝原子力显微镜线虫。
【背景】自由生活和寄生虫的线虫由于其对农业和人类福祉的显着生物学效应而受到广泛的研究。显然，线虫中研究最多和最着名的物种是自由生活的土壤线虫秀丽隐杆线虫（Sterken等人，2015年）。这种蠕虫在许多研究中已被成功地用作多功能模式生物体（Fire等人，1998; Kenyon，2010; Swierczek等人，2011; O'Reilly等人，2014; ...
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| Single-molecule RNA Fluorescence in situ Hybridization (smFISH) in Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] Single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH) is a technique to visualize individual RNA molecules using multiple fluorescently-labeled oligonucleotide probes specific to the target RNA (Raj et al., 2008; Lee et al., 2016a). We adapted this technique to visualize RNAs in the C. elegans whole adult worm or its germline, which enabled simultaneous recording of nascent transcripts at active transcription sites and mature mRNAs in the cytoplasm (Lee et al., 2013 and 2016b). Here we describe each step of the smFISH procedure, reagents, and microscope settings optimized for C. elegans extruded gonads.
[摘要] 单分子RNA荧光原位杂交（smFISH）是使用针对靶RNA特异性的多个荧光标记寡核苷酸探针来观察个体RNA分子的技术（Raj等人，2008; Lee等，2016a）。 我们调整了这种技术可视化线虫整个成虫或其种系中的RNA，其能够同时记录活跃转录位点的新生转录物和细胞质中的成熟mRNA（Lee等，2013和2016b）。 在这里，我们描述针对秀丽隐杆线虫挤压性腺优化的smFISH程序，试剂和显微镜设置的每个步骤。
【背景】smFISH能够在体内直接和精确地定量mRNA。 此外，通过复用smFISH探针，可以在同一细胞中同时测定多个RNA物种。 以前的出版物在线虫中使用了smFISH，但是这些研究使用了宽视野显微镜，其通常具有较低的空间分辨率并需要额外的图像处理（例如，图像去卷积）（Ji和van Oudenaarden，2012）。 在这里，我们描述了针对秀丽隐杆线虫组织优化的smFISH程序。 每个步骤都是详细的，包括使用共焦显微镜来获得精确的测量。 我们的协议最大限度地减少了样品与样品的变异性，并允许精确定量mRNA和新生转录物。
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