| Analysis of Metals in Whole Cells, Thylakoids and Photosynthetic Protein Complexes in Synechocystis sp. PCC6803
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Metals are essential in many biological processes, including oxygenic photosynthesis. Here we described a method to measure the metal pool in whole cells and thylakoids, including the bioactive pool in intact photosynthetic protein complexes in the model oxygenic cyanobacterium Synechocystis PCC6803. In the first part of the protocol, whole cells and thylakoid membranes are carefully prepared, in which the total metal concentrations are measured by inductively coupled plasma triple-quadrupole mass spectrometry (ICP-QQQ-MS). In the second part of the protocol, isolated thylakoids are solubilized to release the integral membrane proteins and the metal binding protein complexes. These intact photosynthetic protein complexes are subjected to size exclusion chromatography (SEC) and ...
[摘要] 金属在许多生物过程中是必不可少的，包括含氧光合作用。 在这里我们描述了测量全细胞和类囊体中金属库的方法，包括模型含氧蓝藻PCH6803中完整光合蛋白复合体中的生物活性库。 在方案的第一部分中，仔细制备全细胞和类囊体膜，其中通过电感耦合等离子体三重四极杆质谱（ICP-MS / MS）测量总金属浓度。 在该方案的第二部分，分离的类囊体被溶解以释放完整的膜蛋白和金属结合蛋白复合物。 将这些完整的光合蛋白复合物进行尺寸排阻色谱（SEC），并通过ICP-MS / MS进行连接分析尺寸分离的复合物中的金属结合。
【背景】氧光合作用的过程需要金属，因为它们在光合电子传递链中作为辅因子和催化剂的基本功能。光合装置需要Fe-S簇，血红素桥Fe和非血红素Fe形式的铁（Fe），可溶性移动电子载体蛋白质质体蓝素中的铜（Cu），叶绿素中的镁（Mg）， ...
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| Bacterial Competition Assay Based on Extracellular D-amino Acid Production
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Bacteria live in polymicrobial communities under tough competition. To persist in a specific niche many species produce toxic extracellular effectors as a strategy to interfere with the growth of nearby microbes. One of such effectors are the non-canonical D-amino acids. Here we describe a method to test the effect of D-amino acid production in fitness/survival of bacterial subpopulations within a community. Co-cultivation methods usually involve the growth of the competing bacteria in the same container. Therefore, within such mixed cultures the effect on growth caused by extracellular metabolites cannot be distinguished from direct physical interactions between species (e.g., T6SS effectors). However, this problem can be easily solved by using a filtration unit that allows free ...
[摘要] 在激烈的竞争中，细菌生活在多种微生物群落中。为了坚持特定的生态位，许多物种会产生有毒的细胞外效应物作为干扰附近微生物生长的策略。这种效应子之一是非规范的D-氨基酸。在这里我们描述一种方法来测试D-氨基酸生产对社区内细菌亚群的适应/存活的影响。共培养方法通常涉及相同容器中竞争细菌的生长。因此，在这种混合培养物中，细胞外代谢物对生长的影响不能与物种间的直接物理相互作用区分开（例如T6SS效应物）。然而，通过使用允许小分解代谢物（例如L-和D-氨基酸）自由扩散的过滤单元可以容易地解决这个问题，同时将不同亚群保持在独立区室中。
通过这种方法，我们已经证明D-精氨酸是由霍乱弧菌产生的杀菌剂效应物，其强烈影响不同微生物亚群的存活。此外，D-精氨酸可作为混合菌群中的一种协同工具，用于保护非生产成员免受竞争细菌的侵害。
【背景】细菌生活在多种多样的物种共存并争夺现有资源的多种微生物群落中。细菌设计为在特定生态位持续存在的许多策略之一是产生有毒的细胞外代谢物作为干扰其他微生物生长和/或生存力的策略。已知D-氨基酸长时间在细菌培养物中具有细胞形状和活力的强大作用（Bopp，1965; Fox等人，1944; Kobayashi等人， 1948年; Yaw和Kakavas，1952年; Lark和Lark，1959年; Grula，1960年; ...
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| Quantification of Bacterial Attachment to Tissue Sections
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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] Here we describe a method to test bacterial adhesion to paraffin embedded tissue sections. This method allows examining binding of different bacterial strains, transfected with a fluorescent protein reporter plasmid to various tissues, to better understand different mechanisms such as colonization. This assay provides a more physiological context to bacterial binding, than would have been achieved using adhesion assays to cell lines. The sections can be imaged using fluorescent microscopy and adhesion of various bacterial strains can be quantified and tested, simultaneously.
[摘要] 在这里我们介绍一种方法来测试石蜡包埋组织切片的细菌粘附。 该方法允许检查用荧光蛋白报道质粒转染的不同细菌菌株与各种组织的结合，以更好地理解不同的机制，例如定殖。 该测定为细菌结合提供了更多的生理学背景，比使用细胞系的粘附测定法已经实现的更多。 可以使用荧光显微镜对切片进行成像，并且可以同时量化和测试各种细菌菌株的粘附。
【背景】许多类型的细菌（共生的和致病的）表达各种粘附分子，允许它们结合到宿主的不同表面（Gur等人，2015; Abed等人 ，2016年;艾萨克森等人，2017年）。这种粘附是至关重要的，因为它是殖民化的第一步，并在不同的环境中在竞争和生存中发挥作用（Schilling et al。，2001）。这些粘附素中的许多是凝集素，在各种细胞上的糖蛋白上的结合糖部分，如上皮细胞和其他细胞（Abed等人，2016; Isaacson等人 ，2016）。多年来，许多研究宿主 - 病原体相互作用的小组使用细胞系和组织培养来试图了解细菌对细胞的粘附。组织切片为定植研究提供了更多的生理学背景，因为它们提供了使用体外组织培养几乎不可能获得的组织和结构。此外，在永生化或癌细胞中，细菌可以结合的表面分子的表达模式可能会改变。为了更好地理解细菌粘附的生理学背景，在正常和病理条件下，我们选择使用细菌附着到组织切片。
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