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RNeasy Mini kit

RNeasy迷你套件

Company: QIAGEN
Catalog#: 74104
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Company-protocol()
Other protocol()

Paper Lateral Flow Biosensor for Nodavirus Reverse Transcribed RNA Detection
Author:
Date:
2020-08-05
[Abstract]  Paper nanobiosensors have been established as an excellent platform for analysis of veterinary and human pathogens causing various diseases. Especially, lateral flow assays or biosensors ideal for sensitive, rapid, robust and accurate analysis in laboratory setups and on-site analysis. Viral RNA detection is of great importance for public health as well as animal health protection. In that aspect, the present protocol focuses on the development of functionalized gold nanoparticle-based lateral flow biosensor for fish nervous necrosis virus (Nodavirus) nucleic acids detection. Total viral RNA, isolated from fish samples was subjected to reverse transcription PCR amplification and the amplification products were mixed with specific oligonucleotide probe. A red test line was formed when ... [摘要]  [摘要] 纸纳米生物传感器已经成为分析导致各种疾病的兽医和人类病原体的一个极好的平台。尤其是侧向流分析或生物传感器是实验室设备和现场分析中灵敏、快速、可靠和准确分析的理想选择。病毒RNA检测对公共卫生和动物健康保护具有重要意义。在这一方面,本协议的重点是开发功能化金纳米粒子侧流生物传感器,用于鱼类神经坏死病毒(Nodavirus)核酸检测。从鱼类标本中分离出的总病毒RNA进行逆转录PCR扩增,扩增产物与特异性寡核苷酸探针混合。当有nodavirus产物存在时,形成红色检测线。这种方法对基础研究有很大的意义,因为它消除了耗时、繁琐的电泳程序的需要,并且可以在养鱼场对养鱼户进行调整。利用这种生物分析平台进行病害监测,无需耗费大量时间和成本,对水产养殖和环境安全有很大影响。

[背景] 关注点和/或现场生物分析一直是关注人类和动物福祉的研究工作的最终目标。基于纸基的传感平台具有功能化简单、重现性好、制造成本低等优点,是一种极具吸引力的分析平台。纸基分析设备已应用于小分子、蛋白质和各种核酸的分析(Parolo和Merkoçi,2013;Bahadir和Sezgintürk,2016;Jiang等人,2019)。侧流生物传感器(LFB)是一种带有干试剂的预制材料条带,通过流体样品激活。它们专为一次性一次性使用而设计,只要有足够的开/关信号(Posthuma ...

Isolation of Tumor Cells Based on Their Distance from Blood Vessels
Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract]  Differential exposure of tumor cells to microenvironmental cues greatly impacts cell phenotypes, raising a need for position based sorting of tumor cells amenable to multiple OMICs and functional analyses. One such key determinant of tumor heterogeneity in solid tumors is its vasculature. Proximity to blood vessels (BVs) profoundly affects tumor cell phenotypes due to differential availability of oxygen, gradient exposure to blood-borne substances and inputs by angiocrine factors. To unravel the whole spectrum of genes, pathways and phenotypes impacted by BVs and to determine spatial domains of vascular influences, we developed a methodology for sorting tumor cells according to their relative distance from BVs. The procedure exemplified here using glioblastoma (GBM) model is based on ... [摘要]  [摘要 ] 肿瘤细胞的差分暴露于微环境线索大大IM 协议小号细胞表型,提高基于需要位置的肿瘤细胞的分选适合于多个组学和功能分析。实体瘤中肿瘤异质性的此类关键决定因素之一是其脉管系统。邻近血管(的BV)深刻affec TS 肿瘤细胞表型是由于氧气的可利用性不同,对血源性物质的梯度暴露以及血管分泌因子的输入所致。为了揭示受BV影响的基因,通路和表型的整个谱图,并确定血管影响的空间域,我们开发了一种根据肿瘤细胞与BV的相对距离进行分类的方法。此处使用胶质母细胞瘤(GBM)模型示例的程序基于静脉内注射,自由扩散的荧光染料的差异摄取,该染料允许分离位于适合于后续OMIC和功能分析的不同连续微环境中的无基质肿瘤细胞。这种可靠,易于使用,具有成本效益的策略可以扩展到所有实体瘤,以研究脉管系统的影响或缺乏脉管系统的影响。

[背景 ] 在充足的血液供应肿瘤依赖已经提供了一种用于抗血管生成的癌症治疗的理由(Carmeliet和耆那,2000; Vasudev 等人,2013年)。传统上归因于氧气和其他血源性物质的提供,肿瘤脉管系统在肿瘤生物学中的作用最近扩展到包括由分泌的内皮产生的血管分泌因子施加的非灌注依赖性旁分泌输入(Butler 等人,2010; Beck 等人,2011; Lu 等人,2013),以及通过相互Notch信号传导介导的肿瘤-BV直接接触(Cao ...

In planta Transcriptome Analysis of Pseudomonas syringae
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract]  Profiling bacterial transcriptome in planta is challenging due to the low abundance of bacterial RNA in infected plant tissues. Here, we describe a protocol to profile transcriptome of a foliar bacterial pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, in the leaves of Arabidopsis thaliana at an early stage of infection using RNA sequencing (RNA-Seq). Bacterial cells are first physically isolated from infected leaves, followed by RNA extraction, plant rRNA depletion, cDNA library synthesis, and RNA-Seq. This protocol is likely applicable not only to the A. thaliana–P. syringae pathosystem but also to different plant-bacterial combinations. [摘要]  由于受感染植物组织中细菌RNA的丰度低,因此在植物中分析细菌转录组具有挑战性。 在这里,我们描述了一个描述叶子细菌病原体转录组的协议, Pseudomonas syringae pv。 番茄 DC3000,在感染早期的拟南芥叶中使用RNA测序(RNA-Seq)。 首先从感染的叶子中物理分离细菌细胞,然后进行RNA提取,植物rRNA消耗,cDNA文库合成和RNA-Seq。 该协议不仅适用于 A.拟南芥-P。 syringae 病理系统,但也适用于不同的植物 - 细菌组合。

【背景】植物已经进化出先天免疫系统以抵御病原体攻击。在过去的几十年中,已经深入研究了病原体识别和免疫信号传导途径的分子机制。然而,植物免疫如何影响病原体代谢以抑制病原体生长几乎不被理解,因为在植物中分析病原体反应很困难。在细菌病原体的情况下,植物叶内的转录组分析很难研究,因为细菌mRNA的量远低于植物的数量;由于植物中细菌的人口密度低,在感染的早期阶段尤其具有挑战性。为克服这一局限性,我们建立了一种从感染的植物叶片中分离细菌并用RNA-Seq分析细菌转录组的方法。该方法已成功用于分析模型细菌病原体 Pseudomonas syringae pv的转录组。 番茄 DC3000在模式植物 Arabidopsis thaliana 中的各种条件下(Nobori et al。,2018). ...

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